一九一三年國民黨「二次革命」失敗後，孫中山、黃興先後到達東京，國內即有「孫中山黃興分家」之謠。
孫中山黃興二人再度亡命到東京後，對於戰爭失敗的責任問題，國民黨今後應如何加強整頓的問題，乃至外交策略，都存在著嚴重的分歧。他們雖同在東京，甚至不能平靜地坐下來，面對面地進行同志式的研討，而只能在往來書信上大打筆墨官司。
孫中山認為，「二次革命」失敗，非由袁氏兵力之強，而是黨人自由散漫，不肯聽黨魁的話，特別埋怨黃興自以為是，獨斷獨行，以致坐失良機，受制於人。他打算「毀黨造黨」，將國民黨改組為中華革命黨，然後致力於「三次革命」。對於「三次革命」，他認為日本為中國緊鄰，應當主動爭取日本的援助，「日助袁則袁勝，日助我則我勝」。
黃興則認為，「二次革命」失敗並非真正的失敗，不過是金錢暴力暫時戰勝公理正義而已。他承認自辛亥革命以來，革命黨人虛矯成風，為國人所不諒，今後只要端正黨風，培養一支德才兼備的隊伍，最後就一定能夠戰勝袁世凱，沒有毀黨造黨的必要。對於孫中山的嚴厲指責，則列舉一系列的事實為自己辯白。他對孫中山始終表示忠誠，認為無論維持舊黨或組織新黨，均應推孫中山為領袖，但又反對採取種種足以引人誤會的形式，大搞個人崇拜，影響民主、 自由。
孫中山黃興二人的意見分歧，迅速擴大到黨員與黨員之間的相互關係。國民黨的前身同盟會本由興中、華興兩大革命組織合併而成。其中以同鄉、私交或工作關係，孫中山黃興二人各有一批信徒。過去孫中山黃興二人合作無間，這種同志之間的親疏關係，並不影響黨的團結。此次孫中山黃興有了裂痕，過去的親疏關係就成了產生黨內宗派主義的溫床。
曾任滬軍都督的陳其美，原為上海青幫頭目之一。其人素以「四捷」出名，即口齒捷、主意捷、手段捷、行動捷。
他原與黃興接近。「二次革命」失敗後，一九一三年十一月應孫中山之召赴東京。即有排斥黃興而躍為黨內第二號人物的野心，他對孫中山極盡吹捧之能事：當面捧孫中山為「世界上最偉大的人物」，「無論在中國在日本，誰都比不上你」；並說：「由你出面來領導中國革命，這是天經地義的事。他與戴季陶等包圍孫中山，極力挑撥孫中山黃興二人的關係，成了促進孫中山黃興分家的關鍵性人物。
國民黨元老譚人鳳、周震麟（均接近黃興）、胡漢民（接近孫中山）等和某些日本友人，深以黨的分裂為慮。他們奔走於孫中山黃興二人之間，提出調和折衷意見，孫中山黃興二人均表示讚賞。但由於陳其美對孫中山如影隨形，這種調和沒有取得效果。
當時在東京的還有一批思想較激進的中下層黨人，他們身外無長物，而孫中山黃興二人又均無力及時救濟，因此經常處於饑寒交迫的狀態中。他們認為，「二次革命」失敗，主要由於國民黨人「知於駁人而疏於謀己，輕於作始而乏于堅持，惑於小善而懼於小嫌，沉於聲色而溺於貨利」。由於黨內領袖的失和，加上自身的困窘，革命前途的渺茫，他們意識到：「異地不能久處，領袖不能長靠，革命又不可中斷，唯有自己結合組織團體，再回內地去進行革命」
一九一四年一月，湘籍黨人楊王鵬、鄒永成等在東京組織了「民義社」，作為在湖南進行「三次革命」的領導機關。這是離開國民黨而另樹一幟的一種傾向。
當此之時，孫中山黃興二人雖有隔閡，但對反袁的大目標上還是一致的。一九一四年二月，黃興在東京郊外大森創辦了軍事學校「浩然廬」，為準備「三次革命」培養軍事幹部。孫中山黃興二人又在日本友人的贊助下，籌辦了「政法學校」，設立政治、法律、經濟等科，以培養「三次革命」的文職幹部。
一九一四年三月，胡漢民向黃興建議辦一機關報來宣傳反袁鬥爭，黃興請章士釗主持其事。不久，由於黨內裂痕繼續擴大，五月十日有兩個刊物同時問世，一個是胡漢民主編的《民國》雜誌，成了孫中山派中華革命黨的機關報，一個是章士釗主編的《甲寅》雜誌，成了黃興派「歐事研究會」的喉舌。《甲寅》第一期發表的時事述評，在抨擊袁政府頒布的「報紙條例」上，引起孫中山派的誤解，中華革命黨人夏重民率部搗毀了《甲寅》社，雙方矛盾由此越來越尖銳了。二孫中山制定「中華革命黨」黨章，黃興表示反對。
孫中山允許黃興不入黨，但仍要求合作。黃興由日赴美孫中山一到日本，即開始籌劃重建新黨，至一九一四年春天，籌備工作基本就緒。為了純潔黨的隊伍，孫中山親自製定了新黨章程。
新黨定名為中華革命黨，以實行民權主義、民生主義為宗旨。以「掃除專制政治、建立完全民國」為目的。黨章規定：在將來革命政府成立到憲法頒布前的整個革命時期，全部國家權力都歸中華革命黨黨員所有，一切非黨員都沒有公民資格。
黨員按入黨時間的先後，分為三等，在革命時期內各享有不同的政治權利：凡在「三次革命」爆發前入黨的，稱「首義黨員」，在革命時期人黨的，稱「元勛公民」，均享有一切參政、執政的優先權；凡在「三次革命」爆發後，革命政府成立前入黨的，稱「協助黨員」，在革命時期內為「有功公民」，享有選舉權和被選舉權；凡在革命政府成立後入黨的，稱「普通黨員」，在革命時期內稱「先進公民」，只享有選舉權而無被選舉權。
黨章還規定，黨員入黨，必須立下「願犧牲一己之生命、自由、權利，附從孫中山先生再舉革命」的誓約，並要按上指模，表示「永守此約，至死不渝，如有二心，甘受極刑」。
孫中山擬出黨章草稿時，曾分送一份給黃興參看。黃興認為，將黨員分成等級，許以不同的利益，是「以權利相號召」，與袁世凱以金錢、地位誘人的作法相差無幾，已失去革命本旨。至於立誓約、按指模，更是培養個人專制、侮辱黨員人格。黃興建議孫中山修改黨章，不要因噎廢食，使黨分化。
孫中山同意修改黨章。但陳其美、戴季陶等表示堅決擁護中華革命黨黨章，並四出拉人入黨，誰對黨章表示有意見，就攻擊誰，甚至對黃興也進行了人身攻擊。陳其美的言行激起了許多國民黨人的反感，他們都拒絕入黨。於是胡漢民提出折衷辦法，將誓約中「附從孫中山先生」改成「附從總理」，老同盟會員入黨可免除立誓約、打指模等手續，想以此縮小黨內的分歧，爭取黃興等人人黨。這個方案，由於孫中山反對而作罷。
陳其美等的挑撥離間，助長了孫中山黃興關係的進一步分化。一九一四年五月二十九日，孫中山致函黃興，歷數對黃興的不滿，諒解黃興不人黨（中華革命黨），但要求黃興配合，讓他當真黨魁，不要加以干擾。黃興復函孫中山，表示癸丑年南京失守，自己應負責任，但孫中山的其他一些指責，則認為與當時事實不符，對此有所辯解。接著陳述了自己對中華革命黨的看法，表達了整頓國民黨的意見。最後申明決不妨礙孫中山的計劃。
六月三日，孫中山復函黃興，仍堅持自己的主張，希望黃興「靜養兩年」，並與黃興相約今後只論私交，不談公事。
六月二十二日，中華革命黨在東京召開第一次大會，到會代表僅八省，孫中山當選為總理。黃興因自己一心護黨，反受毀傷，很覺灰心，此時如再留在東京，恐同志間誤會更多，遂決定離開日本。六月二十七日，他在寓所宴請孫中山話別，席間「未談國事」。孫中山集成語贈以一聯：「安危他日終須仗，甘苦來時再共嘗」。從孫中山黃興分手的情況看來，兩人均有依依惜別，黯然神傷之感。
六月三十日，黃興由李書城、石陶鈞陪同，乘船前往美國。七月八日，中華革命黨在東京築地精養軒正式成立。孫中山宣誓就職，以陳其美為總務部長，居正為黨務部長，張靜江、廖仲愷為財政部正副部長，許崇智、鄧鏗為軍務部正副部長，胡漢民、楊庶堪為政治部正副部長。孫中山在總理之下特設協理一席以待黃興。
不過黃興直到逝世前始終沒有入黨，而終中華革命黨之世，協理的位置也一直空著，沒有另推人擔任。孫中山下令原國民黨的國內外支部、分部、交通部，一律改組為中華革命黨，黨員一律按規定手續重新入黨，並作了海外支部負責籌款、國內支部從事武力討袁的分工。不久又任命了一批各省支部長，如廣東夏重民，江西劉士毅，吉林陳楷，湖南陳家鼐（後改 覃振）等。
中華革命黨自誕生之日起，就一直處於困難的境地，國內外支部的改組工作，進展得均不順利，籌款工作也收效不大。後來雖然黃興派的覃振離開「歐事研究會」加入了中華革命黨，原先因反對立誓約、按指模而拒絕入黨的朱執信也改變態度宣誓入黨，但中華革命黨仍無多大起色。
三黃派組織「歐事研究會」，主張暫停討袁，團結一致對外。孫中山命陳其美函邀黃興早日回到反袁陣營
第一次世界大戰爆發後，在東京的黃興派國民黨人李根源等，於一九一四年八月發起組織「歐事研究會」，以集合同人討論歐戰對中國局勢的影響，探求救時的良策為目的。人會的有李根源、胡瑛、李烈鈞、熊克武、殷汝驪、林虎、程潛、程子楷、陳炯明、李書城、沈鈞儒、陳獨秀、章士釗、張耀曾等。黃興此時在美國，事前並未與聞，九月三日才復函同意加入該會。
歐事研究會對中華革命黨所採取的態度，與會者後來的說法並不一致，有的說取名為「會」，就是為了「避免發生和中華革命黨對立的誤會」；有的說，組會的目的就是要別樹一幟，與孫中山大異其趣；有的則說這是一種「祛除黨見，集中人材」的作法歐事研究會在對付袁世凱和「二十一條」等問題上，與中華革命黨存在明顯的分歧。
不管歐事研究會諸人的主觀願望如何，該會的成立，在客觀上標誌著國民黨已經從思想上的分歧進一步發展成組織上的分裂。
中華革命黨在《宣言》中指出：「列強因歐戰無力東顧，世界金融已經紊亂。袁政府財源已竭，餉糈自空，正是進行革命倒袁的大好時機」。歐事研究會則認為：「二次革命」後，「國民黨在國內的軍政勢力損失殆盡，袁氏氣焰正熾，若無歐戰，討袁幾無從下手。今乘歐戰之機，方可從事討袁的準備工作。必待袁氏倒行逆施，橫加誅求，引起民怨沸騰，才能舉事倒袁」。「如僅憑少數人一時之激烈心理，搞些暗殺和暴動，只能損失革命實力，而絕無成功的 希望＂
黃興派的這種觀點，孫中山派指為取媚袁世凱，阻礙革命的進行。
日本向袁政府提出「二十一條」後，歐事研究會主張，在外有異種人侵，內有專制政府的非常情況下，當以國家利益、民族利益放在第一位，暫時停止國內的一切反袁活動，使袁政府能集中精力，一心對外，達到團結禦侮的目的。
半月之後（二月二十五日），黃興、陳炯明、柏文蔚、鈕永建、李烈鈞等又聯名發表了「有電」，進一步闡述了他們的觀點。此電首先自承國民黨在南北議和之後，對於袁政府「誠有所抨彈牽掣」，「吾黨叫囂凌厲之氣，亦誠不免」，應向國人表示引罪。接著表明「二次革命」是因國政不修被迫舉行的。當時「可戰之卒且復累萬，可據之地何止一省」，因「不欲以驟難克敵之師，重生靈塗炭之禍」，「不肯負固以困民生」，所以「一擊不中，即復戢兵」。哪怕「從此受同志之責，居恇怯之名」，也在所不顧。今天，我們手中「無尺土一 兵，安敢妄言激進」。
電文接著申述：「竊覽世界諸邦，莫不以民族立國，一族以內之事，縱為萬惡，亦惟族人自堇理之。倚賴他族，國必不保，殷鑑不遠，即在平西。」隨後鄭重宣布：「自後非有社會真切之要求，決不輕言國事」，甚至「國政是否必由革命始獲更新，亦願追隨國人，瞻其效果」。「有」電的下半段，對袁世凱的專制獨裁有所抨擊。
歐事研究會的成員大多為國民黨的高級軍人，文事非其所長，所有文電，包括以上兩電，均由《甲寅》主編章士釗執筆。兩電顛倒錯亂，矛盾百出。（如論政治與國家的關係）更使人難於諒解的是，袁氏何人，同他講團結禦侮，豈非與虎謀皮？
此時黃興在美國進行反袁活動，與「有電」的論點正是背道而馳。有人認為，黃興為了團結國民黨人，且已列名於歐事研究會，不得不勉從眾議。不論怎樣，這不能不是黃興一生中最大的一次失策。
袁氏當然不會因敵黨的兩個通電而放棄其做皇帝的野心，停止其投降賣國活動。不久他就接受了亡國條約。以交換日本不干涉中國改行帝制。五月中旬，亡國條約簽定後，黃興、李根源等十七人
才又發表另一通電，痛罵袁世凱喪權辱國的罪行。由於孫中山黃興二人分道揚鑣，中華革命黨的組黨、籌款等工作受到很大的阻力。孫中山認為有團結黃興派之必要，乃於一九一五年二月四日，命陳其美自東京寫信給黃興，邀請他早日回來，共同致力於討袁鬥爭。但陳在信中繼續醜詆黃興，大有咄咄逼人之勢。此信對黃興迎頭痛擊，不為稍留餘地，黃興置之不理。於是孫中山又於是年三月親自函黃興，促其早日歸來。此函黃興亦未得復。
袁世凱得悉「孫中山黃興分家」的情報，不覺喜不自勝，他立即使出種種惡劣手段，企圖徹底分化國民黨而消滅之。
一九一五年元旦，袁政府頒布了《亂黨自首特赦令》，規定凡在一九一五年年底以前犯有「附和亂黨罪」而能自首者，均可受到特赦。還可量才錄用，給以官職。袁世凱不斷派遣特務潛往海外，伺機暗殺革命黨人，同時還迫令流亡黨人在國內的親友寫信到國外勸降。
袁又開動宣傳機器，肆意造謠污衊，以敗壞革命黨人的聲譽。如鈕永建早在一九一四年三月離開日本到英美去了，袁方報紙卻無中生有地報導說，一九一五年一月十七日，鈕在橫濱致電馮國璋，表示自首投誠。袁政府污衊革命黨領袖窮途末路，競至效法吳三桂，勾引日本，侵略中國。
一九一五年六月二十二日，袁政府拋出了《懲辦國賊條例》同時又授意爪牙炮製了專門攻擊孫中山的書，對孫中山進行了惡毒的 污衊。
袁世凱最厲害的一招，是用金錢收買變節黨人，他派同盟會叛徒蔣士立攜帶巨款到東京，與駐日公使陸宗輿配合，進行收買活動。蔣士立公然設辦事處，無論孫派還是黃派，前來辦理自首手續，一律按質論價，或補給留日官費，多少不等；或資遣回國，予以官職；或厚饋款項，送往歐美休養。當時亡命黨人麕集東京，大多生活困難，因而墮志喪節者不乏其人。
在東京的中華革命黨人深以袁世凱的銀彈為慮。
於是，湖南支部長覃振召集湘西同鄉開會，決定暗殺蔣士立以除害群之馬。當指派刺客時，覃振的外甥吳先梅毛遂自薦。當場被批准入黨。
吳化裝來到蔣宅，自稱是叛徒周鰲山之弟，有要事需面見蔣士立。蔣出面接待時，吳對準他連放兩槍，即返身逃出。蔣受傷未死，但也嚇得要命，從此消聲匿跡，這個自首辦事處也就關門大吉。
袁世凱在派蔣士立公開招降的同時，又派另一同盟會叛徒彭淵恂前往東京秘密收買革命黨領導人物，把黃興派胡瑛拖下了水。胡自卸任山東都督後，袁世凱任他為有名無實的青海屯墾使。「二次革命」前，胡在日本考察墾政，其後也未參加討袁，袁也沒有撤他的職。不久，孫中山黃興二人流亡到東京，胡也陪同留下，不再返國，後來又加人了「歐事研究會」。
彭淵恂誘惑胡瑛說，你未參加「二次革命」，又未罷職丟官，回國復職有何不可。胡對革命前途早已失去信心，又厭倦艱苦的亡命生活，就信以為真，決定回國投袁。胡到北京後，袁根本不把他放在眼下。胡已上了賊船，欲罷不能，只得跟著楊度發起了籌安會，為袁世凱稱帝搖旗吶喊，從一個革命者墮落成為受人唾罵的帝制犯。
黃興自同盟會成立以來，赤膽忠心，抵制來自黨內外的分裂活動，捍衛孫中山的領導地位。辛亥革命後，南北議和成立，同盟會上層惑於西方國家的議會政治，在國會競選方面獲得重大勝利，在軍事上則因軍費不足而大舉裁兵，以致形成了「北強南弱」之局這是國民黨「二次革命」失敗的根本原因。
一九一三年宋案發生後，袁決心以武力平定南方，國民黨內部主戰主和，意見不一。其實，大錯鑄成，補苴乏術，和固不成，戰亦無幸。國民黨理應採取機動戰術，集中力量向西南大後方轉移，然後待機反攻。乃黃興不此之圖，提出所謂「政治解決」，「法律解決」，誠為痴人說夢，而孫中山的孤注一擲的軍事冒險計劃，亦非策之善者。黃興不願苟同孫中山的廢黨組黨計劃，又不能留在日本與孫中山唱對台戲，當然只有遠走高飛之一途。
黃興離日赴美時，袁政府請求美國拒其人境，美國置之不理。迨黃興等一行到達美國西海岸時，袁政府又請將他引渡回國，也被美國拒絕。相反，美總統威爾遜命美國官方對黃興熱情招待並妥為保護，因此登岸時未受人身檢查，在美國各地進行反袁宣傳也未受到干擾。
黃興赴美後，國民黨軍人陳炯明、李烈鈞、柏文蔚、熊克武、林虎等奉原討袁軍大元帥岑春煊為領袖，一九一五年在新加坡成立「中華水利促成社」作為反袁鬥爭的掩蔽體。當時中華革命黨總部在東京，「水利社」在南洋，因此有「東洋派」「南洋派」之稱。
在此時期，國民黨元老周震麟、譚人鳳、劉承烈等經常奔走商談孫中山黃興合作問題，孫中山黃興二人均表示讚賞，只因黨的問題無法解決，合作成為空談。
黃興在美國時，除在言論上反袁外，行動上也有所表現，其最成功之一舉，就是派出多人協助蔡鍔脫離北京，安抵昆明。發動護國討袁之師。與此同時，黃興又命其長子黃興一歐赴東京面見孫中山，告以「第三次即將發動，請其及時配合進行。此時孫中山黃興二人雖仍不談黨務，但對國事已完全恢復合作了。
一九一六年年初，孫中山、蔡鍔等紛紛電促黃興回國。是年四月二十二日，黃興由舊金山啟程，五月九日到了東京。此時孫中山已先期歸國，約黃興在瀘相見。七月八日，黃興由日本啟程回國。他與孫中山戰友重逢，悲喜交集，從此和好如初。
黃興回國後，富貴功名逼人而來，北京政府授以勛一位，黎元洪聘為總統府高等顧問，湖南省議會舉為湖南督軍，黃興均堅辭不受。黃興在「二次革命」的討袁通電中曾經慷慨激昂地說道「興一無能力，尚有心肝，此行如得死所，乃所尸祝。若賴祖宗之靈，民賊一去，興即解甲歸田，國中政事，悉讓賢者。如有權利之想，神明殛之。」此番海外歸來，他又發表了「不入政界」的宣言。
黃興奔走國事，操勞過度，又因飲食無節，曾患胃出血症。十月十日他在上海舊疾復發，三十一日在福開森路（今武康路）逝世，年僅四十二歲。
蔡鍔討袁勝利後，因病赴日就醫，過滬時曾與黃興氏父子相見。十一月八日，蔡也病逝於日本福岡醫科大學病院，年僅三十五歲。旬日之間，雙星隕落，國人追念賢勞，悲悼同深。北京政府先後下令予以國葬。黃興蔡二人生前本為好友，死後長眠於長沙城外湘江對岸之嶽麓山，從此馨香俎豆，永垂不朽。
一九一九年，孫中山取消了中華革命黨，恢復了國民黨的名稱。原國民黨軍人及一般黨員均復歸於孫中山。