大寶二年，秋，七月，侯景回到建康。
最開始侯景認為南方人怯弱容易收拾，打算等拿下中原然後再稱帝。
結果巴陵之戰侯景敗歸，在回程途中遭遇伏擊，損失慘重，猛將多死，侯景擔心自己活不長了，於是決定死前過把癮早登大位。
王偉也勸他，戰敗後必須廢帝顯示權威。
回到建康後，侯景方寸大亂，先是逼簡文帝蕭綱退位，扶立蕭歡之子蕭棟登基。
八月，王僧辯前鋒襲於慶於郭默城，於慶與潯陽守將范希榮棄城東走。蕭繹命王僧辯屯兵潯陽，以待上流援軍。
十月初二夜，蕭綱被侯景殺害。
侯景部下、鎮守吳中的東道行台劉神茂，在得知侯景巴陵大敗後，就心生異志。
十月，劉神茂舉起反旗響應江陵。
十一月，侯景派趙伯超、謝答仁等出兵討伐劉神茂。
十一月十九日，侯景命蕭棟傳位於自己，侯景於南郊即皇帝位。
但這種色厲內荏的行為已經無法阻擋軍隊在前線的潰敗。此時王僧辯部已經進入戰略反攻階段，牆倒眾人推，此前名義上支持侯景的地方諸侯也紛紛倒戈。
公元伍伍貳年，西魏大統十八年。大寶三年。
正月，蕭繹傳檄討伐侯景，命王僧辯率諸軍從潯陽出發，對侯景發動全面反攻。
陳霸先率甲士三萬人，強弩五千張，舟艦二千艘從豫章出發，水陸俱下，另有前軍五千由杜僧明統領，已抵達湓口，與王僧辯於白茅灣會師，築壇歃血盟誓。
二月二十六日，諸軍兵發潯陽，順流而下，船艦連綿了數百里。
盟軍進抵蕪湖，侯景守將張黑棄城而逃。
此時侯景部將侯子鑒守姑孰和南洲以抗蕭繹的軍隊，侯景派史安和等帶二千兵前去助戰。
三月初一，侯景發詔書要親自到姑孰前線去，又派人告誡侯子鑒道：「西軍善水戰，勿於爭鋒。往年任約吃敗仗，就是因為和他們拼水戰。如果能想辦法在陸上打一仗，必破之，你可結營岸上，引船上岸以待之。」
侯子鑒隨後舍舟登岸，關閉軍營大門不輕易出來。
王僧辯等人在蕪湖停兵十幾天，沒有繼續東進。
侯景黨徒大喜，告訴侯景道：「西軍害怕我軍強大，肯定是想逃跑，我們再不出戰，就失去戰機了。」侯景聽了，又改變初衷，下令侯子鑒做水戰準備。
三月初九，王僧辯等抵達姑孰。侯子鑒率領步、騎兵一萬餘人渡過水洲在岸上挑戰，又用狹長的船千艘裝載戰士。
王僧辯指揮小船全部後撤，做出要逃跑的架勢，引誘侯子鑒的軍隊追擊，卻將大型戰艦停泊在長江兩岸。
侯子鑒的士兵們發現盟軍的小船後撤，以為盟軍將要逃跑，爭著出來追趕。這時，王僧辯指揮大型戰艦截斷了侯子鑒軍隊的歸路，吶喊鼓譟，從兩邊夾擊侯子鑒的部隊，兩軍在長江江心展開了一場激烈的水戰，侯子鑒大敗，數千叛軍走投無路，士兵跳入江里淹死的有幾千人。侯子鑒隻身一人逃脫，收羅潰散的殘兵逃回建康，據守東府。
王僧辯留下虎臣將軍莊丘慧達駐守姑熟，他親自率領大軍繼續東進，歷陽守軍望風歸降。
侯景聽到侯子鑒大敗的消息，大驚失色，淚流滿面，拉過被子躺下，過了很久才起來嘆道：「侯子鑒，你可把老子給坑了！」
三月十二日，王僧辯率各路水兵抵達張公洲。
三月十三日，盟軍乘潮漲進入秦淮河，挺進到禪靈寺前面。
侯景召來石頭津的首領張賓，讓他集中秦淮河的大小船隻和出海的巨艦，裝滿石頭沉入江里，堵塞住秦淮河口，然後指揮軍隊沿秦淮河防線自石頭到朱雀航築了十幾里長的防線，城牆和守望樓密密相連。
王僧辯向陳霸先請教破敵之計。
陳霸先道：「從前柳仲禮幾十萬大軍隔水而坐，屯兵不前，韋粲駐在青溪，竟然也不敢渡河登岸進攻。這樣，賊兵登高眺望，官軍一舉一動一覽無遺，這也是官軍失敗的原因。如今，要包圍石頭城，一定得渡河到北岸去才能合圍。眾將如果不想擔當此任，我請求先去北岸紮營立柵。」
就這樣，陳霸先通過吸取柳仲禮的教訓，一步步走上了原本屬於柳仲禮們的人生巔峰。
三月十四日，陳霸先在石頭城西落星山搶灘登陸紮營築柵，其他軍隊依次接連修了八個城堡，一直沿伸到石頭城東北，形成包圍之勢。
侯景擔心西州退路被截斷，親自率領侯子鑒等也在石頭城東北面築起五個城堡以扼守大路。以王偉等守台城，自率萬餘人列陣於西州之西。派人挖開王僧辯父親的墳墓，剖棺焚屍。
三月十七日，侯景殺了蕭繹長子蕭方諸和前平東將軍杜幼安。
三月十九日，王僧辯向招提寺北進軍。
侯景率兵一萬，鐵甲騎兵八百嚴陣以待。
陳霸先對王僧辯道：「他現在跟咱們孤注一擲了，我眾賊寡，當年葛榮就是那麼被他抓的！把兵都散開！別跟他玩會戰！」遂命令眾將分散開來。
侯景衝擊將軍王僧志軍隊，王僧志不敵，稍稍向後退卻。
陳霸先見狀，派遣將軍徐度率領兩千強弩手橫截其後，侯景軍驚慌而退。
侯景軍退卻時，陳霸先和王琳、杜龕等以鐵騎衝擊，王僧辯指揮大軍繼進，侯景兵敗退回營寨。石頭城守將盧暉略開北門投降，王僧辯入據石頭城。
副將戴冕、曹宣等隨後攻破侯景所設五座營寨，但很快，侯景再次率軍殺回，將五座營寨悉數奪回。
陳霸先大怒，親自率兵攻之，與侯景的最後的精兵展開了白刃戰以決生死，殺得性起的侯景親率身邊一百多騎兵扔了長矛，手執短刀，左右衝擊陳霸先軍陣，但衝擊不動，侯景的兵眾遂徹底崩潰，陳霸先指揮各路兵馬追擊敗兵，一直追到西明門。
侯景逃進城內，不敢入台城，把王偉叫來責備道：「你勸我稱帝，你看，今天可讓你害苦了！」王偉無言以對，繞著宮闕躲閃。
侯景打算逃離建康，王偉拉著馬韁繩勸諫道：「自古以來哪有叛逃的天子？宮中的衛士尚能決一勝負，離開這裡，又能到哪裡安身立命？」
侯景道：「我昔敗賀拔勝，破葛榮，揚名河朔，渡江平台城，降柳仲禮如反掌，此乃天亡我也！」於是仰頭看著石闕，久久地嘆息不已。
然後，侯景用皮袋子把他到建康後生的兩個兒子裝好，掛在馬鞍後頭，帶著房世貴等一百餘騎兵逃跑了，想去吳地投奔謝答仁。侯子鑒、王偉、陳慶逃走投奔了朱方。
王僧辯命令裴之橫、杜龕屯守杜姥宅，杜期駐紮在台城。
城內的百姓都來歡迎「王師」，然而王師進城後，殺得比侯景更凶。
王僧辯對軍士不加約束，放任他們搶劫掠奪建康居民。本就剩餘不多的建康百姓再次遇到強姦搶劫大隊，從建康東南的東府城一直到西北的石頭城，沿途哭喊之聲響徹京城。
王僧辯聽到石頭城的哭喊聲，還以為是侯景反攻。
當夜亂兵大火燒了太極殿及東西堂，宮廷寶物、儀仗用品、御用輦車蕩然無存，台城裡面成為廢墟，便得都下戶口，百遺一二；大航南岸，極目無煙。
三月二十日，王僧辯下令侯瑱等人率領五千精銳甲士前去追趕侯景。
三月二十一日，王僧辯等人上表勸蕭繹即皇帝位，並建議迎接蕭繹來建康建都。
蕭繹回答：「淮海長鯨（侯景），雖說將要被殺；襄陽短狐（蕭詧），還未洗心革面地歸降。登基之事，等天下真正太平了，四時和暢，玉燭生輝時再說吧！」
三月二十二日，南兗州刺史郭元建，秦郡戍主郭正買，陽平戍主魯伯和，行南徐州事郭子仲，都紛紛獻出自己鎮守的城池歸降。
當初，王僧辯從江陵出發之前曾詢問過蕭繹：「平定侯景亂賊之後，繼承君位的人（蕭繹的哥哥簡文帝蕭綱）仍康強萬福，不知應該奉行什麼禮儀？」
蕭繹回答：「台城六門之內，任你充分發揮兵威。」
王僧辯道：「討伐侯景亂賊的謀略戰術，我義不容辭視為己任；至於象成濟（殺害曹髦）幹過的事情，還請託付別人去辦。」
蕭繹遂密令宣猛將軍朱買臣，要他屆時去簡文帝宮中執行任務。
待到侯景兵敗，簡文帝也死了，豫章王蕭棟和他的兩個弟弟蕭橋、蕭櫻從被囚禁的密室中逃出來，在路上遇到杜期，杜期為他們去掉鐐銬。
兩個弟弟說道：「今天才算免了橫死的災禍了！」
蕭棟道：「禍福難測，我心裡還非常恐懼！」
三月二十三日，兄弟三人遇到朱買臣，朱買臣招呼三人到船上飲酒，酒席還未結束，三人全被沉入水中。
王僧辯遣陳霸先率部向廣陵進發，接受郭元建等人的投降。此時正好是侯子鑒渡江逃到廣陵，他對郭元建等人道：「我們這些人是梁朝的仇人，又有什麼臉面再見到他們的君主？不如投降北齊，這樣還能返回故鄉。」於是，在陳霸先尚未抵達時，郭元建等人就一起投降了北齊。
等到陳霸先到至歐陽之時，北齊行台辛術已經率部接管了廣陵。
陳霸先收編了三千多叛軍，王僧辯命令陳霸先暫時接管京口，命令羅州刺史徐嗣徽鎮守朱方。
王偉在逃亡途中與侯子鑒失散，被直瀆戍主黃公喜抓獲，送到建康。
王僧辯問王偉：「你身為賊人的宰相，不能為賊黨守節，還想在草野間求條活命嗎？」
王偉回答：「朝代的廢興，這是天命。假使漢帝侯景早聽從我的話，不把大人您放歸競陵，大人您豈能有今天？」
尚書左丞虞鷙曾受到王偉的侮辱，趁這機會把唾沫吐到王偉臉上，王偉諷刺他道：「你不讀書，沒資格與我談話。」虞鷙滿臉通紅，慚愧退下。
三月二十四日，侯景逃到晉陵，接管了田遷留下的部隊，劫太守徐永，並驅趕著當地百姓繼續向東南的吳郡逃來。
侯景在松江被梁將侯瑱追上，將其尚有的戰船二百艘、兵卒數千人全部消滅。
侯景在一敗再敗後與身邊數十名心腹乘坐一艘小船逃跑，由於人多船小，侯景把兩個兒子推到水中淹死了。
侯景娶羊侃的女兒為妾，任命羊侃的第三子羊鵾為庫直都督，對他非常優厚，但此時，羊鵾感到大勢已去，與侯景另外兩名親信王元禮和謝葳蕤密謀背叛。
進入大海以後，侯景打算向蒙山而來。
四月十八日，羊鵾趁侯景白天睡覺，對船夫道：「這海中哪裡有蒙山，你只管聽我調度指揮。」於是讓船直接駛向京口。
船行進到胡豆洲時，侯景發現不對勁，羊鵾拔出佩刀，對侯景道：「我們為大王出過不少力，現在到了這個地步一事無成，最後想借你的頭換點富貴。」
話音剛落，沒等侯景說話，亂刀即朝他砍來，侯景想跳入水中，羊鵾一刀砍中了他，侯景慌忙逃入船艙中，用刀猛砍船艙的底部，想鑿沉船隻，羊鵾手持長矛，將其刺死。
南徐州刺史徐嗣徽用鹽填入侯景肚子裡，做成標本送回建康。
王僧辯把侯景的頭顱送至江陵，雙手截下派謝葳蕤送到北齊，把侯景屍體扔在市集上，肉被建康百姓搶走吃掉，屍骨燒成灰後有人將其骨灰摻酒喝下，當初侯景寵愛的溧陽公主也分了一杯羹。
當初侯景有五個兒子留在北齊，高澄曾下令將其長子的臉皮扒皮後用油鍋烹了，其他四個兒子全部閹割為奴。北齊建立後，高洋做了個噩夢後，將其四子也全都下了油鍋。
侯景兵敗時，自己隨身帶著傳國玉璽，命其侍中趙思賢掌管並交代道：「如果我死了就把它扔到江里去，別讓吳兒又得到它！」
趙思賢最終將傳國玉璽輾轉送回了鄴城。
五月十一日，蕭繹下令將侯景的頭顱懸掛在江陵鬧市上示眾，然後又把頭顱煮了，塗上漆，跟當年的王莽的頭一樣永久交付武庫收藏。
五月十八日，侯景所任命的尚書僕射王偉、左民尚書呂季略、少府周石珍、舍人嚴等人被斬首於市。
趙伯超、伏知命餓死在監獄之中。因為謝答仁對簡文帝不失臣子之禮，所以特別下令赦免了他。
王偉在獄中獻了一首五百字的長詩，蕭繹愛他的才華，想寬宥他。
但是有妒嫉王偉的人跑去告訴蕭繹：「前些日子王偉作了一篇檄文，也很好。」
蕭繹讓人找來看看，檄文中寫道：「項羽眼珠中兩個瞳孔，尚且有烏江之敗；湘東王只有一隻眼睛，怎麼能使赤縣民心歸順！」
蕭繹看了大怒，就把王偉的舌頭釘在柱子上，將他剖腹，又一片片切他的肉，就這樣殺了他。
歷時近四年的侯景之亂終於平定。
侯景之亂是南朝歷史的一個轉折點。其禍害，不僅僅局限於事情本身，最主要的是它給南朝社會帶來了無窮禍患和災難。在侯景與梁朝官軍的燒殺搶掠之下，再加上饑荒、瘟疫，江南百姓流離失所，死者枕藉，使富庶的三吳之地千里煙絕，人跡罕見，白骨成聚如丘隴。南方經濟向上的勢頭被斫斷，在以後的一百多年內也沒有完全恢復過來。
其中，侯景是肇禍的罪魁；梁武帝蕭衍引狼入室，養癰遺患，難逃罪責；而蕭正德、蕭綸、蕭繹、蕭詧等人見獵心喜，從中漁利，使戰火升級，同樣也是歷史的罪人。
侯景的被殺並不是故事的結束，而只是另一個時代的開始。