劉裕得知青泥慘敗的消息，又不知劉義真的死活，愛子心切，下令整頓軍隊，準備再次北伐。侍中謝晦等大臣苦苦相勸，劉裕就是不聽。不久，段宏回來了，而且還帶回了劉義真。
劉裕登上懸崖峭壁的石頭城，遙望西北，慨然淚下。
一萬多名跟隨自己出生入死的將士，拋骨西北群山之中，長安得而復失，北伐大業化為泡影，此恨難消。強行北伐，能有十足把握嗎？一旦有所差池，一生的心血豈不白費，自己已是五十有四的人了，折騰下去，老天爺留給自己的時間還夠嗎？劉裕嘆了一口氣，無奈地自語：「此恨難消也得消，還有更重要的事情要辦呢！」劉裕所說的更重要的事情是——取東晉王朝而代之。
劉義真回到彭城，晉廷將他降為建威將軍兼任司州刺史，提拔段宏為黃門郎，兼領太子右衛軍。不久，劉裕又將劉氏子弟安排到各地任方面大員：劉義真為揚州刺史，鎮守石頭城；三兒子劉義隆為荊州刺史；弟弟劉道憐為徐、兗州刺史；劉道憐的兒子劉義慶為豫州刺史，各地軍政大權牢牢地掌握在劉氏家族手中。
隨之，劉裕又召回劉遵考，命毛德祖前去接替，退守虎牢關，以保潼關以東地區。此時，赫連勃勃在關中稱帝，消息傳來，劉裕雄心驟增，躍躍欲試：赫連勃勃能在關中稱帝，我劉裕就不能在江南當天子嗎？
義熙十四年（418年）十二月，彗星從天津星穿出，進入太徽星，過北斗，聯結紫薇星，歷時八十多天才消失。北魏皇帝拓拔嗣相信天文術數，對這次星變驚恐萬分，徵召名儒、術士，問道：「天下四分五裂，各自為主。這次星變所暗示的災難，會應在哪一國？我很害怕啊！」
崔浩回答說：「天災異變的發生，通常照應人間的大事，如果人間的統治沒有發生問題，又有什麼值得畏懼呢？當年王莽篡漢，彗星出入的方位正與今天相同。咱們魏國主尊臣卑，百姓安分守己，應無大事，但晉室日趨沒落，恐危亡不遠矣！彗星出現，預示著劉裕將要篡位稱帝。」
「一百五十多年的晉王朝，難道真要壽終正寢、被一個賭徒破落戶接管嗎？」拓跋嗣將信將疑地問，「南朝不是講究門閥身份嗎？崔浩:「那都是老皇曆了。」
「不可思議，太不可思議了。」
崔浩：「那我們就拭目以待吧！」
劉裕確實要篡位，但卻不敢貿然行動，因為晉王室氣數未盡，不可逆天而行。劉裕所說的氣數未盡，指的是當時盛傳的「昌明之後有二帝」這句讖言。
昌明指的是孝武帝司馬曜。上天告訴世人，司馬曜死後，東晉王朝還有兩任皇帝。司馬曜之後是安帝司馬德宗，而依讖言所示，安帝之後還有一位皇帝。司馬德宗正當壯年，簡直就是一個白痴，白痴無憂無慮，壽命長很，而他的後面，還有一位司馬家的皇帝。
劉裕實在是等不及了，安排心腹王韶之賄賂內侍，讓內侍找機會對晉安帝下黑手，改立皇弟司馬德文。
晉安帝的弟弟司馬德文，謁陵回京都後，似乎看破了劉裕的心事，成天待在皇帝哥哥身邊，寸步不離左右，連皇帝的飲食，他也總是自己先嘗，然後才讓晉安帝進食。
王韶之等人無機可乘，晉安帝得以多活幾天。也許是晉安帝命數該絕，司馬德文竟然無故生病了，不得不到宮外的府邸休養。
王韶之趁司馬德文出宮之機，立即進宮，命跟班抓起皇帝平常穿的衣服，將晉安帝活活勒死了。晉安帝暴斃的消息立即從宮中傳出來，喪事還沒有辦，遺詔也隨之頒布：奉請司馬德文繼位。司馬德文明知有變，無奈宮廷內外都是劉裕的人，想理論也找不到對象，只得無奈地接受事實。
劉裕立即依「遺詔」之命，立司馬德文為帝，以應讖言帝數，司馬德文就是東晉最後一個皇帝：恭帝。
第二年，司馬德文改年號，稱元熙元年（419年），立王妃褚氏為後，依歷代故例，大赦天下，加封百官。再進封劉裕為宋王，又加給十郡采邑。
劉裕這次照單全收，並將幕府遷到壽陽，又命朝臣代他向恭帝申請加賜殊禮。恭帝只是一個傀儡，對於劉裕的要求，不敢怠慢，立即允准劉裕佩戴帝王禮冠，建天子旌旗，擁有天子規格的儀仗。
劉裕當即封王太妃為太后、繼母蕭氏為太后，稱世子劉義符為太子，竟然與晉廷無二。
勉強過了一年，劉裕已五十七歲了，自思時日不多了，急欲篡位，卻又不好啟口，只得宴集群臣，向他們暗示自己的心思。元熙二年（420年）正月，人們熬年守歲，期待來年吉祥如意。劉裕在石頭城宋王府舉行了一場盛大的晚宴，文武百官該來的都來了。
酒過三巡，劉裕捋著鬍鬚，若無其事地說：「當年桓玄篡位，晉國大權旁落。是我首先提倡大義，復興皇帝宗室，南征北討，平定了天下，可謂大功告成，業績卓著，這才敢接受九錫禮。但是，我現在已經老了，地位又如此尊崇，無以復加，天下的事最忌諱裝得太滿而盈溢出來，我想將這爵位奉還給皇上，回到京師頤養天年，你們覺得怎麼樣？」
劉裕主動請退，大出所有人的意料，群臣沒有摸清他到底想要做什麼，不敢亂表態，官場上混的人，都是一些老油條，大家紛紛讚頌劉裕的功德，奉承話說了一大堆。
正話反說，劉裕心機深沉，心中的秘密隱藏得很深，滿朝文武竟然無人能理解劉裕的真實意圖。想做皇帝便是謀反。作為臣子，這樣的事情當然說不出口。既然別人不懂他的心事，只能自己講，要講就得有策略。我要退休了，言外之意，如果想留我，就得加官，王上再加官，那就是皇帝了。
劉裕聽到大家的奉承，不但沒有一絲喜悅，反而流露出一種惆悵的情緒。
酒宴罷，夜幕已降臨，群臣散去，中書令傅亮剛走到門外，突然靈光一閃，恍然大悟，驚叫道：「我懂了！我懂了！」
傅亮領會到了劉裕的意圖，急忙返回，此時宮門已閉，傅亮叩門請見。劉裕召他入殿。傅亮進殿後，只說了一句話：「我想我應該回京一趟。劉裕終於笑了，終於有人明白他的意思了，面露喜色。傅亮知道自己猜中了劉裕的心事，當即告辭出門。
劉裕只說了一句話：「需要多少人護送你？」
「數十人就足夠了。」
傅亮出宮的時候，已是半夜時分，只見彗星划過夜空，傅亮拍腿嘆道：「我以前不信天象，今天看來，天象真能應驗啊！」劉裕遣走傅亮後，安靜地等待好消息。
幾天之後，果然有聖旨召劉裕回京。劉裕命四子劉義康鎮守壽陽。劉義康年紀還小，劉裕便任命參軍劉湛為長史，幫助決策和處理日常軍政事務，然後帶著親軍，起程回京。劉湛有做宰輔之志，常以管仲、諸葛亮自比，博覽書史，卻不喜做文章，不愛空發議論，劉裕很器重他，將壽陽交給他打理，很放心。
這一天，司馬德文在偏殿接見傅亮。傅亮行過叩拜禮後，單刀直入地說：「宋王功德隆重，人心久歸，願陛下效法堯禪舜，以應天命。
劉裕來到建康後，晉恭帝司馬德文已預感到司馬家的好日子就要到頭了，但他心裡並不慌亂，因為他心裡明白，自己的皇位是撿來的，得之太易，失之也不必太過悲傷，因為本來就不屬於自己。因此，很坦然地回答說：「我隨時都做好了準備，如果你認為時機到了，那你們就拿去吧！」
傅亮是有備而來，他從袖中取出早就起草好了的詔書，呈上，說：「臣擬好了一份禪位詔書，陛下如果沒意見，那就請抄一遍吧！」
該來的總是要來，不屬於自己的總要失去，晉恭帝司馬德文早就料到有這一天，看完傅亮呈上的禪位詔書，對左右侍臣說：「桓玄之亂，我晉朝已經失去天下了，全仗劉公仗義興師，才得以延續將近二十年，今天禪位給他，我是心甘情願的。」於是提筆將詔書抄寫一遍，隨之詔示天下。
禪位詔書既下，群臣請晉恭帝司馬德文出宮。
「我連天下都不戀，還戀宮嗎？」晉恭帝司馬德文說罷，隨即退出皇宮，回到舊宅居住。
晉王朝從晉武帝司馬炎代魏，到晉恭帝司馬德文禪讓帝位給劉裕，前後經歷兩晉155年的歷史。
劉裕得到禪位書，裝出一副謙恭的樣子，假意推辭一番。然後才在南郊登壇，祭告天地。回宮後，駕臨太極殿，接受百官朝賀，大赦天下。改晉元熙二年為宋永初元年（420年）。封晉帝為零陵王，遷居故秣陵城。劉裕即帝位，定國號為宋，改年號為永初。
新皇帝登基，照例要大赦天下，向天下宣布，凡行為不道德、受過輿論抨擊的人，一律清除罪名，使之改過自新，這就是新皇帝的大赦天下。大赦天下是歷朝歷代新皇帝登基表示仁政的一項舉措，但大赦的範圍還是有所講究，比如十惡不赦的死刑犯就不屬於赦免對象，等等。劉裕的這項赦免，似乎欠考慮。
裴子野議論說：當年虞舜姚重華接受國家大任，流放共工、歡兜、三苗、鯀等四凶；武王征服殷商，將頑劣的遺民遷到洛陽。任何時候，天下的善惡標準都是一樣的，劉裕一概免除觸犯眾怒的人的罪名，做得太過分了。
劉裕登上帝位，國號為宋，南朝第一個皇朝誕生，劉裕成為開國武皇帝，中國歷史上正式進入南北朝時代。
劉宋開國沒有發生動亂，尋常百姓為劉裕北伐中原的赫赫戰功所折服，戰功滿足了人們的虛榮心。江南的門閥士族們也被鬧市口砍殺胡人血淋淋的場面所震懾，沒有人有膽量站出來唱反調。
有人將劉裕比作曹操，但曹操除詩詞文章超過劉裕之外，無論是自身才幹、事業、性格，還是政治、軍事上的作為，都要遜劉裕一籌。就像崔浩評說的那樣，劉裕出身微賤貧寒，沒有一寸土地可以憑藉。曹操呢？雖說是官宦之後，難與袁紹等世族豪強相比，但東漢宦黨勢力熏天，曹操陳留起兵，得到曹氏、夏侯氏、衛茲等地方豪強的鼎力相助，遠非劉裕可比。
劉裕登基之後，追尊父親劉翹為孝穆皇帝，母親趙氏為孝穆皇后，奉繼母蕭氏為皇太后。
追封亡弟劉道規為臨川王，劉道規沒有子嗣，劉裕將劉道憐的次子劉義慶過繼給劉道規。晉封弟弟劉道憐為長沙王。
追冊亡妃臧氏為皇后。立長子劉義符為皇太子，封次子劉義真為廬陵王，三子劉義隆為宜都王，四子劉義康為彭城王。加封尚書僕射徐羨之為鎮軍將軍，右衛將軍謝晦為中領軍，領軍將軍檀道濟為護軍將軍。那些迎奉新主的晉室舊吏，基本上也都得到封賞。
晉臨川王司馬寶降為西豐縣侯。始興、廬陵、始安、長沙、康樂五公變為縣侯，允許他們仍然供奉晉室舊臣王導、謝安、溫嶠、陶侃、謝玄的宗祀。追封王鎮惡為龍陽縣侯，劉穆之為南康郡公。
劉穆之的兒子劉邕承襲父親劉穆之的爵位，但卻沒有得到重用，有些人不理解，詢問劉裕這是為什麼。劉裕回答說：「我不知道劉邕是劉穆之的兒子嗎？但此人有奇癖，太不近人情，給他一個實職，還不知他會捅出什麼大婁子呢！」
劉裕所說劉邕的奇癖，指的是劉邕嗜食瘡痂的癖性。劉邕初到南康郡上任時，下屬吏員有二百多人，不問有罪無罪，每人都用鞭子痛打一頓，直到見血為止，這些被打的人傷口結的痂，都要送給劉邕。劉邕要這些痂做什麼呢？吃，他認為這些血痂就是人間美味，食之其味無窮。這件事傳到劉裕耳朵里，覺得非常噁心，故而不重用他。
封雍州刺史趙倫之為安北將軍，徐州刺史劉懷慎為平北將軍，征西大將軍楊盛為車騎大將軍，西涼公李歆為征西大將軍，西秦主乞伏熾磐為安西大將軍，高句麗王高璉為征東大將軍，晉升百濟王扶餘映為鎮東大將軍。
西涼公李歆，相傳是漢朝將軍李廣的後裔，父親名叫李暠，曾在北涼擔任敦煌太守。後來，李暠自稱西涼公，與北涼脫離關係，攻取沙州、秦州、涼州等地，在酒泉建立都城。李歆繼位以後，曾派使者到江東向晉廷朝貢。當時，晉朝還沒有滅亡，封他為酒泉公。
劉裕受禪後，加封李歆為大將軍。後來，北涼主沮渠蒙遜攻打西涼，擊斃李歆，李歆的弟弟敦煌太守李恂也以身殉國。李歆的兒子李重耳逃往江左，因路途遙遠，便投入北魏，傳到第五世，有子孫叫李淵，就是後來的唐高祖。這是後話。
劉裕是一個愛面子的人，西涼被滅，按理說應該出兵討回面子。但事實卻不是這樣。因為他既是一個愛面子的人，同時還是一個明白人，他知道，自己老了，兒子們都還小，宋室初創，江山並不穩固，如果此刻出兵，有可能找回了面子，卻讓里子破了，只得停止遠征，先鞏固國內。當時晉朝雖滅，但零陵王還在，萬一將來零陵王死灰復燃，豈不是貽禍子孫？劉裕左思右想。決定再下辣手，斬草除根。
晉恭帝司馬德文也是一個明白人，有了兄長的教訓，退位之後更加謹慎，與結髮妻子褚靈媛形影不離，為防止被人毒殺，一湯一水都是褚靈媛自己動手。前面已經說過，該來的總是要來，不屬於自己的總要失去。司馬德文的性命，早就不屬於他自己了。
琅邪郎中張偉接到劉裕的命令，讓他帶上一罐毒酒去給司馬德文送行。張偉感嘆地說：「毒死君王以求自保，只能是遺臭萬年，這樣的事情我能幹嗎？」張偉不敢違抗劉裕的命令，但不願自己背負弒君之罪而遺臭萬年，於是他毅然決然地做出決定：自己「享」用了那罐毒酒。
劉裕當然不會善罷甘休。永初二年（421年）九月，劉裕再一次派褚皇后的兄弟褚淡之和褚叔度攜帶毒酒前往零陵。
褚淡之和褚叔度到零陵後，先把姐姐叫出來，名義上是拉家常，實際是引開褚皇后。三名隨行的士兵乘機跳牆入室，向恭帝司馬德文進毒酒。
司馬德文是一個信佛的人，看著毒酒搖頭說：「佛教教義，自殺的人不能轉投胎為人身，我怎麼能做這種事呢？」意思是說，要我的命你們自己拿。幾個士兵聽了司馬德文的話，也不猶豫，抓起床上的被子，蓋在司馬德文身上，幾個人壓在上面，活活把他給悶死了。司馬德文死時年僅三十六歲，只做了半年皇帝。篡位而殺前朝皇帝，從劉裕開始。一報還一報，日後南朝末帝基本都是非正常死亡，幾乎都是被新皇帝派人弄死的。
把人弄死就算了，可劉裕還要假充好人，「朝率百僚舉哀於朝堂」，大開 「追悼會」。劉裕篡晉自立，後世史家卻極少有微言相加，什麼原因呢？因為劉裕武功蓋世，莫可倫比：東滅慕容超，西擒姚泓。甚至野心勃勃如赫連勃勃、覬覦得利如北魏拓跋氏這兩個強悍的政權，對劉裕都懷有畏懼之心，不得不說劉裕真是個頂天立地的男子漢！
從劉裕起頭，開始屠害前朝帝君，南朝北朝相蹈此習，龍子風孫連根深除，嬰孩不免。以劉裕的赫赫戰功，得天下也是水到渠成之事，但「其為人神所憤怒者」，則是篡位弒君的下流陰毒行為。晉恭帝「欣然」讓出皇位，劉裕仍忍心誅除，而殺人者要想自己後代子孫免於被殺，就未免流於天真可笑了。
劉裕當了皇帝，一心想治理好國家，無奈歲月不饒人，精力逐漸衰退，加之在戰爭年代身上留下的傷痛，疾病越來越多。永初三年（422年）春，劉裕病了，臥床不起。
長沙王劉道憐、司空錄尚書事徐羨之、尚書僕射傅亮、領軍將軍謝晦、護軍檀道濟等入宮探視，見劉裕經常發出囈語，請求向神靈祈禱。劉裕不許，只派侍中謝方明到太廟焚香，把病情向祖先報告。經醫官的精心診治，加之靜心調養，病情才逐漸好轉。
劉裕身體痊癒之後，命檀道濟鎮守廣陵，督管淮南各軍。
太子劉義符向來喜歡與下人嬉戲親昵，劉裕得病後，更是如此。謝晦頗為憂慮，劉裕病好之後，便對劉裕說：「陛下年事已高，應為萬世江山作想，好不容易得了天下，應該交給穩妥的人。」
劉裕聽後問道：「廬陵王怎麼樣？」
謝晦說：「臣還不大了解，讓我前去看看再說吧！」
廬陵王劉義真得知謝晦的來意，盛情接待。謝晦與其天南地北聊過之後，回來向劉裕報告：「廬陵王才華有餘，德量不足，沒有人君之氣概。」
劉裕於是命劉義真鎮守歷陽，督管雍、豫等州軍事，兼任南豫州刺史。不久，劉裕再次病倒，病勢比上次更嚴重。有時蒙頭睡覺，竟然看見無數冤魂前來向他索命，甚至連晉安帝、晉恭帝也常來光顧，經常被噩夢驚醒。劉裕嚇得汗流浹背，暗想連鬼魂都常來光顧，看來是劫數難逃。
於是將太子劉義符召到病床前交代後事：「看來朕的陽壽已盡，有些事情必須向你交代 清楚。」「父皇不必多想，」劉義符安慰道，「您的身體定能康復。」
「你聽著。」劉裕吩咐說，「檀道濟這個人雖然有才幹，精於謀略，但他沒有野心，不像他的哥哥檀道韶，有一種難以駕馭的氣質；徐羨之、傅亮追隨朕多年，當然不會有其他企圖；謝晦多次隨我南征北戰，善於隨機應變，將來如果有問題，一定是謝晦。我死之後，你立即將他調往會稽、江州等郡，這樣才能免除後患。」
隨後，劉裕親自寫下遺詔：「後世如果出現年幼的君主，朝中政事一概委託宰相，皇太后不得監朝。」徐羨之、傅亮、謝晦、檀道濟共同接受遺命。
永初三年（422年），縱橫天下的宋武帝劉裕僅僅做了兩年皇帝，便因病與世長辭，時年六十歲。歷史永遠會記住這位雄圖大略、用兵如神、氣吞萬里如虎的平民大英雄。劉裕為人，本性節儉，稱帝之後，也常穿著木屐，在神虎門外散步為樂。
他一生中兩次北伐，撐起了整個南朝時代的立國基礎，對於漢民族文明最終不為鮮卑等異族君主的野蠻暴力所殘滅，應該說立下奇勳。此外，由於他出身寒門，深知民間疾苦，當皇帝後採取了諸多行政措施，相對減輕了當地人民的負擔，並對世家大族的橫暴侵占進行了嚴厲打擊，抑制了豪強勢力。
劉裕的財產全放在國庫里，宮內沒有私藏。嶺南曾經進貢過一種細布，一筒竟能容納八丈長。劉裕認為這種布太精美，耗費人力，於是命有關部門彈劾嶺南太守，把進貢的細布還給當地，並下令嶺南禁止生產這種細布。劉裕最大的遺憾是未能平定中原。人們把原因歸結為稱帝野心，這只是一面之詞。東晉的北伐軍激起征服地區人民的反抗才是統一大業遲遲不能完成的最根本的原因。
歷史期待一位真正的英雄，一位融合天下各民族的大英雄。太子劉義符即位，史稱少帝，尊皇太后蕭氏為太皇太后，生母張夫人為皇太后，冊立皇妃司馬氏即晉恭帝的女兒海鹽公主為皇后。命尚書僕射傅亮為中書監、尚書令，命他與司空徐羨之、領軍將軍謝晦同心輔政。
長沙王劉道憐病逝，少帝劉義符追封他為太傅；太皇太后蕭氏已八十餘歲高齡，因劉裕去世，過於悲傷，沒過多久，也與世長辭，新皇帝追賜諡號 孝懿。宋廷接連遇到大喪，忙得不可開交。新皇帝劉義符只有十七歲，童心未泯，只知道嬉戲玩耍，一切居喪禮儀，全都交給輔政大臣們去辦。
特進致仕范泰實在看不下去了，上書規諫，卻引來一頓臭罵。徐羨之、傅亮、謝晦等幾位輔政大臣也是隨時勸導，少帝劉義符仍然是左耳進，右耳出，根本不當一回事。大臣都認為劉義符是一個扶不起的阿斗，格外擔心，不料北方強敵又乘隙入侵，河南各州郡遍遭兵革之禍。宋廷調兵遣將，又惹起一番戰爭。這就是劉宋和北魏交兵的開始。