在朝鮮的殘虐行為
在豐臣秀吉的征明妄想之下，有人為擴張領土而踴躍出征，也有人被強制徵兵課役。他們在朝鮮燒殺搶掠，無惡不作，甫一出兵就活捉朝鮮男女送往名護屋，還在船上裝滿人頭以炫耀戰功。軍中人人抓捕朝鮮男女和小孩，當作土特產送給在日本的家人，或者當作奴隸買賣。秀吉雖然發布命令禁止上述行為，卻又同時命令大名，若抓住手藝精良的工匠或裁縫就馬上獻給他。
藤木久志認為上述對人的掠奪（抓捕奴隸）和對物的掠奪，是日本戰場上同樣行為在朝鮮的翻版，因此生動地表現出了內外戰爭的悲慘情況。當時有很多日本奴隸商人渡海到朝鮮，輾轉各個戰場，購買俘虜，甚至親自抓人帶回日本，賣給日本人或葡萄牙商人。在慶念的《朝鮮日日記》中，慶長二年十一月十九日有這樣一條記錄：
有上萬商人從日本來到朝鮮，中有人販，從朝鮮內陸購男女老幼，以繩連首，迫其前行。不能行走者，棍棒相伺，迫其行走，仿如阿防羅剎（地獄獄卒）追打罪人一般。
描述出了被奴隸商人買走的朝鮮人的悲慘境況。
長崎因此成為奴隸買賣的一大市場，據弗洛伊斯記載，慶長元年，他曾在長崎為一千三百名朝鮮人施洗。那些淪為奴隸的人，大多數不是被賣到東南亞去做苦力，就是在日本的村落里代替被征作人夫的百姓種地，或者在町人之家做下人、女傭，再也未能回到故鄉。一般認為，像這樣被強行帶到日本的朝鮮人多達數萬人。第二次出兵時的掠奪比第一次更殘酷。
其中也有像朱子學者姜沆（後返回朝鮮）這樣的人。姜沆對江戶時代朱子學的奠基人藤原惺窩影響極大。另外還有許多陶工。朝鮮的陶瓷器製造技術遠超當時的日本，是朝鮮人給日本帶來了先進的瓷器生產技術，配合茶湯的流行燒制出合用的新茶具，有毛利領的萩燒、鍋島領的有田燒（伊萬里燒）、島津領的薩摩燒等，特徵是大多在西國，也從側面反映出西國大名是出兵主力。除了陶工，還有對書籍和活字等物的搶奪，令人強烈感受到戰爭同時也是對文化的掠奪。
大量士兵、義軍以及非戰鬥人員被殺。島津的下級家臣大島忠泰在信中說，第二次出征時島津軍斬首了三萬餘人，其首級被葬於首冢，自己也殺了四人，還有人從死去的敵人懷中搜到大量金錢，等等。在這場戰爭中，鼻子（或耳朵）被用來代替首級，用作戰功的證明。秀吉所派督軍清點大名們上繳的鼻子數量，發給他們「鼻請取狀」（割鼻清單），然後將鼻子用鹽醃上，裝進木桶，用船運給秀吉。京都方廣寺旁邊的「耳冢」（也叫「鼻冢」），就是集中埋葬這些鼻子的地方。慶長二年九月，秀吉以西笑承兌為導師，為「大明、朝鮮戰死眾人」舉辦了供養法會。然而，對於那些在秀吉的戰爭中無辜被害的人來說，這又有什麼意義呢？
我們的祖先在朝鮮犯下的殘忍罪行，與近代的類似行為一起，至今仍被朝鮮人記憶、講述。
日本人民的苦惱
出兵朝鮮的軍役按大名的知行石高分配。九州大名和水軍大名每百石五人，中國、四國大名每百石四人。但是大名石高中，有以「台所入（家用生活費）」等名目免除軍役的「無役高」（各大名不同），實際軍役按扣除這一部分後的石高計算。毛利一百一十二萬石，扣除無役高后剩七十三萬石，按百石四人計算，共計應有三萬人服軍役，然後再按家臣的石高分配下去。但是，毛利徵集了超出規定的士兵。這一是為了向秀吉表忠，二是想在朝鮮多得領土，所以才向家臣提出了過分要求。比如，蜷川新三郎只有三百三十六石知行，那麼他所承擔的軍役就只有十三個人，但他卻另帶了二十八名「超額」士兵和八名人夫出征。相反，第二次出兵時，秋山九郎兵衛（四百三十石）未能按規定承擔軍役，結果被沒收了知行。這樣看來，渡海前往朝鮮的軍隊人數遠遠超過了豐臣政權的規定。
但是，軍隊的實質卻令人意外。第二次出兵時，島津計劃動員12 433人，其中騎兵只有262人，僅占全體的2%，就算這些騎兵各自承擔的「人數」——4 806人中還有2%是騎兵，那麼全部騎兵加起來也還不到全體的3%。主要從農民中征來的夫丸（人夫）、主要從漁民中征來的加子（水手），這些人快占到全部人數的48%。騎兵所承擔的「人數」中也包括中間、小者、雜務等其他夫丸，所以武士及其奉公人（兵）應該不足全體的一半，而且94%左右是步兵。筑後柳川大名立花宗茂動員的騎兵也僅有4%左右，近一半都是夫丸。
所以參加韓戰的不光是武士，實際上過半軍役都被轉嫁給了農民、漁民、町人等人。而且，為了徵調大量兵糧和武器等物資，年貢徵收也更加嚴格。不僅西國大名領如此，被命令在名護屋待命的東國大名（上杉等人最後也出兵朝鮮）也是同樣情況。以大友領地為例，有人不繳納年貢，也有人一旦被要求「唐入」就提出返還土地，以拒絕承擔夫役。誰都知道一旦去了朝鮮就再也回不了家鄉，於是出現了迴避年貢、夫役並逃亡的人。逃亡百姓增加，大友吉統的改易更是加重了這種情況。雖然政府四處通知百姓說無人耕作的田地可由村落負責耕種，沒有水的田地可以改種大豆、小豆、穀子、蕎麥，借錢、借米可以延期償還，還可以借糧食給百姓，等等，但田地的荒廢還是越來越嚴重。在當年秋天實行的檢地中，名請人一欄登記為「無主」的土地占到了30%到40%。且這種情況還在向全國蔓延。
島津領在第一次出兵時應徵兵一萬人，但一直沒有湊夠。有許多人逃避軍役。後來又發生了以梅北國兼為中心，包括東鄉、伊集院等重要家臣參與的大叛亂，被稱作梅北一揆。這是文祿元年六月的事。一揆攻打肥後佐敷城時，當地的町人、莊屋、百姓等人都同聲相應。雖然這次一揆很快就被殺光政策鎮壓下去，但各地都在流傳將要爆發一揆的謠言，弄得人心惶惶。
那些被趕到朝鮮去的人，其慘狀也難以寫盡。最後，讓我們引用兩段慶念的日記，看一看被動員參加修築蔚山城之人的情況：
左右皆有鐵匠、木匠棰聲。手斧叮咣，吵鬧至曉。上至火槍手、旗手，下至步兵、親衛隊、船子、人足，都撥開濃霧，進山伐木，至傍晚披星而歸，稍有不慎便遭毆打，或遇敵襲被砍頭，因小事被訓斥，可憐百姓，因為各種藉口被砍頭，頭顱立在十字路口。
第一段是說鐵匠、木匠被迫不分晝夜地瘋狂幹活。第二段是說步兵、水兵、百姓一大早就被動員上山伐木，一直干到天黑。不僅被迫幹活，還要被同為日本人的同伴打罵，隨時都處在遭遇敵襲、被殺害的恐怖中。另外，百姓遭受的身份歧視尤其嚴重，會因為很小的事情被定罪、處刑，首級被豎在十字路口示眾。日記中寫道，大名、武士「隨意欺凌百姓，讓他們挨餓」，連食物也很少分給他們，把他們「扔到山裡」。
這真是出兵朝鮮「給無辜的朝鮮民眾帶來慘禍，讓日本人民憔悴不堪」（藤原惺窩），同時也動搖了豐臣政權的統治基礎。
關白秀次的失勢和自殺
天正十九年年底，秀吉將關白職位和聚樂第都轉讓給秀次，自己則在第二年即文祿元年三月入住名護屋城，指揮朝鮮出兵。母親大政所生病（秀吉未到即逝，八月埋葬）時，他曾回京探望，同時命人在交通要衝伏見（今京都市伏見區）修築新城。這裡被稱作秀吉的隱居處。秀吉是一個善於抓住機會、身經百戰、老奸巨猾的暴發戶，通過排擠同輩大名建立起豐臣政權。而這樣的秀吉卻在天正十九年相繼失去了胞弟秀長和幼子鶴松，最後只能將經驗尚淺的外甥秀次（二十四歲）定為後繼者。伏見城距聚樂第很近，方便秀吉作為監護人監督新關白。但是在文祿二年八月，側室茶茶（淀殿）生下了次子秀賴，情況頓時便不一樣了。
藉此機會，秀吉將伏見城作為政權中樞擴建，於永祿三年正月開始動工。除了出征朝鮮的人，他向所有大名徵收普請役，加快了工事。大名們也爭先恐後，在城郭周圍修建自己的宅邸（大部分毀於慶長元年大地震，後重建）。顯然這已經不是什麼隱居處了。秀吉在當年十二月將秀賴接到伏見城，朝廷也派遣了敕使祝賀。如此一來，秀次的地位就變得非常不穩定。秀次自己也陷入了窘境。秀賴出生後不久，秀吉就說要把日本國的五分之四給秀次，剩下的給秀賴，還要讓秀賴和秀次的女兒結婚，等等，提倡二人共存。結果在文祿四年七月，秀次還是因為所謂的謀反罪遭到石田三成和增田長盛等人的嚴厲質詢，被解除了關白和左大臣的職務，放逐到高野山，同月十五日被迫切腹自殺。八月二日，其子女、妻妾等三十九人在京都三條河原被處刑。近臣也遭處刑，聚樂第被拆毀，與秀次有關的一切都被抹消掉了。
這些不幸，都緣於豐臣政權主體結構的不成熟，權力過於集中於專制君主秀吉一人。關白負責傳達天皇的意見，決定官位敘任，下達有關朝廷、官位、國郡制的命令，承擔著特別的職責。秀吉將這些權力都轉讓出去後，自己卻保留了課賦軍役、分封知行等權限。然而，要讓上述權限分屬二人、並行不悖卻是不可能的。結果所有權力還是集中到太閤秀吉一人手中。
這背後存在著想要推進中央集權制的石田三成等奉行的影響。在秀次自殺的一年多以前，前田玄以等三名奉行調查了秀次對藏入地的控制和年貢米的收繳情況。文祿四年二月，會津的蒲生氏鄉死去後，年幼的鶴千代（秀行）雖然被允許繼承領地和知行，但後來又被以家老申報的知行額有誤為由沒收。干預大名領地、試圖正確把握藏入地的收支情況和大名的領知額，這正是眾奉行的志向。
出兵朝鮮時，日本國內也實行了各種集權化政策。秀吉在沒收豐後大友領地並將其變成直轄領後，為了控制該地，派了石田三成的女婿等三成的家臣前去管理。肥前名護屋的領主波多信時和薩摩的島津忠辰也被以「膽小」為由沒收了領地和知行。小早川隆景去世後的第二年，也即慶長三年，其養子秀秋被從筑前轉封到越前，封地減少了。石田三成等人在文祿三年對島津領和佐竹領提出大幅增加年貢的要求，實行了嚴格的檢地，直接掌握了其石高，同時出任其中太閤藏入地的代官，還為自己在當地設置了知行地。可見，集權化與奉行自身力量的強化是密不可分的。
對此，大名們為了保護自己領地的獨立性，開始對中央政權隨意改易和轉封的行為進行抵抗。其中最有代表性的就是德川家康。這種對立在秀吉統一全國的過程中就已經顯露，後來又因出兵朝鮮等事更形尖銳，最後發展到關原合戰中兩大陣營的徹底決裂。
五大老、五奉行制
在逼死秀次一事上，石田三成等奉行要承擔很大責任。秀次切腹自殺的兩天前，石田三成和增田長盛提交了按有血印的五條誓約書，表示將忠於秀賴、遵守太閤的法令和規定。這麼做是為了安撫動搖的大名，並明確表示政權將由秀賴繼承。二十日，織田信雄（常真）等人聯署血印誓約書，秀賴的輔佐前田利家、宇喜多秀家等人也相繼署名血印誓約書，紛紛提交給長束正家、石田三成等奉行。從江戶趕來的德川家康也與毛利輝元、小早川隆景等人聯署誓約書。需要大名們重新起誓忠於、服務於秀吉和秀賴（豐臣家），這說明抹殺關白一事對政權造成了嚴重的影響。
秀吉仍是最高掌權者，是天下之法的制定者。但在此基礎上，又重新確立了以下體制：
坂東之法令、規定、公務，順路憲法，且交由家康代理。坂西之事，則由輝元、隆景處理。
這是將日本分作東、西兩部分，將執法權分別交給德川家康和毛利輝元、小早川隆景。像這樣，失去了關白的政權試圖通過將東、西最有影響力、官位最高的大名重組進朝廷來建立新的權力體制。這也是為將來能把政權安全傳給秀賴而採取的策略。但不僅如此。對於通過關白政權這種形式構建起全國統治體制的政權來說，其骨幹因為關白的缺失而成了在國制上沒有任何官職的人，這對政權來說是一種「異常情況」，而上述策略正是這種「異常情況」的應對法（從秀吉政權的存在方式上來說是異常。信長辭去了官職，所以有可能出現不擔任朝廷官職的政權）。
但是進入八月，秀吉不得不重組政權的框架。在處死秀次妻室子女後的第二天，也就是八月三日，秀吉發布了由家康、秀家、利家、輝元、隆景以及上杉景勝六人聯署的五條「御掟」和九條「御掟追加」。前者的主要發布對象是大名和小名，規定：①大名的婚姻必須取得主君同意；②禁止大名和小名交換契約和誓約書；③鬥毆吵架以忍耐的一方有理；④禁止酗酒；⑤准許乘車的僅限家康、利家、景勝、輝元、隆景（秀家只有二十四歲，還年輕，故除外）以及年老的公家、長老、大名、病人等人，其他人只能騎馬。
後追加的九條以公家、寺社和武士為發布對象。規定：①公家、門跡寺院應精於家道，專心於服務朝廷；②寺社應守寺法、社法，專心於修行、學問；③根據預估收成管理領知，按地頭與百姓二比一的比例分配，不得荒廢田地；④納妾限於一兩人；⑤按知行額奉公；⑥訴狀應先向十位奉行提出，奉行聽取原告（訴人）和被告（論人）各自的說法之後，再由家康等六人商議，若有必要，再向秀吉申訴；⑦衣服上的紋樣，除許可外，不得使用菊紋、桐紋；⑧禁止酗酒；⑨嚴禁蒙面往來。
上述十四條法令的內容，後被江戶幕府的「武家諸法度」以及「禁中並公家諸法度」繼承，是以武家、公家、寺社等統治階級成員為對象的法律之集大成。兩份「御掟」由隨後被稱作「大老」的六位大名聯名發布。雖然說只是再次改編、整理了七月組成的政權框架，但所謂的大老制（六大老制，隆景於慶長二年六月六十五歲時死去，後為五大老）在這裡才頭一次以明確的形式出現。由此，家康等六人在秀吉之下組成新的政府，形成了在六人協商的基礎上制定並執行法律、統轄政務的體制。雖說採取這種形式是為了應對政權的危機，但這種形式本身並不僅是為了克服危機，而且是經過反覆推敲、在這種形勢下所能採取的最好形式。也就是說，這種體制大概是以太政官制為原型，將秀吉和秀賴比作天皇，將家康等人比作公卿（議政官）。既然天皇、朝廷能長期存續，那麼即便秀賴（天皇）還年幼，這種體制也應該能正常運轉。反過來說，為了使體制正常運轉，這也是唯一可行的方式。
同日，長束正家、增田長盛、前田玄以等三名奉行（財政負責人）提交了發誓嚴格執行藏入地審計的五條文書。此時雖然還沒有形成五奉行體制，但包括上述負責訴訟的十名奉行在內，可以認為以大老為核心的奉行眾制度已經整備成型。所以，可以將文祿四年八月三日視作豐臣政權末期新政權體制形成並重新開始的日子。這一體制至少將延續到關原合戰。
太閤臨終
慶長三年三月十五日，秀吉在醍醐寺賞過盛開的櫻花之後，五月便在伏見城臥床不起。意識到自己快要死去，他在八月五日寫下了送交家康等五名大老的遺書：
秀賴順利成長之事，就託付給這份指示書里的各位了。除此之外，我已沒有任何遺憾，以上。再叮囑！秀賴之事，拜託你們各位了！拜託五人眾！詳細事宜我已吩咐五奉行。實在是放心不下！以上。
想到年僅六歲的兒子秀賴的未來，秀吉也不禁流露出真情。他將後事都託付給五人眾（五大老）和五人者（五奉行），說明文祿四年創立的新政權框架運轉正常。五奉行是淺野長政、增田長盛、石田三成、前田玄以、長束正家五人，秀吉吩咐他們負責「日本國中之儀」，並指示他們聯姻。這種五奉行制大概是為了維持豐臣家與政權的集權體制而在不久前創立的。選出的五奉行是既能輔佐五大老、又能發揮獨立性的有能力之人。同日，五大老和五奉行均向秀賴提交了奉公和遵守法度的誓文，後來還被要求提交過幾次類似的誓文。這些行動充分說明豐臣政權並不穩定。八日，秀吉把家康和利家叫到床前，託付了後事。
在此期間，諸寺社都在祈禱秀吉早日康復。十七日，方廣寺的本尊——善光寺如來被送還到原來的地方安置。這尊如來是為代替方廣寺毀壞了的本尊大佛而被搬來這裡。傳說秀吉生病就是因為隨意移動了很靈驗的靈佛，所以遭了報應。然而，次日，秀吉就結束了他波瀾壯闊的一生。辭世之詩據傳提前已經作好，但不知為何，卻令人感到似乎也預言了豐臣家的未來。
露落露消如我身，難波大業夢中夢。
秀吉的死訊被封鎖，一是為了保證從朝鮮順利撤兵，二是因為國內也出現不穩定的跡象。死訊直到第二年一月五日才公開。在四天前的元旦，利家抱著秀賴在伏見城接受了各大名的新年賀禮。十日，遵照秀吉的遺言，秀賴與生母淀殿移居大坂城。但是，以此事為分水嶺，政權內部的權力鬥爭浮出表面。
四月，後陽成天皇賜予秀吉豐國大明神神號和正一位官職。安置在伏見城的秀吉遺體被移送到東山阿彌陀峰的寺院。十八日秀吉的忌日當天，舉行了豐國社（祭祀已成神的秀吉）的正遷宮[9]儀式，家康、輝元等大名也出席了儀式。
元和元年（1615）五月，家康消滅了豐臣家，七月拆毀了豐國社（明治時期再建），廢除了秀吉的豐國大明神神號。後來，家康取代秀吉被封為神。