時間來到第二紀元末期，因為努曼諾爾帝國沉沒，索倫最大的威脅解除了。於是他開始重新崛起，並且先發制人，進攻南方剛鐸王國的城市米納斯伊希爾，這是該城的第一次陷落，後來這座城市又被剛鐸收復回來了。
到了第二紀元的3434年，人類和精靈組成了最後聯盟，向魔多進軍，最終在戰爭中擊敗了索倫，包圍了巴拉多要塞。之後索倫親自迎戰，在埃蘭迪爾和吉爾加拉德雙雙戰死後，擊敗了索倫。
到了第三紀元初期，剛鐸王國怕索倫捲土重來，於是在魔多附近建造了三座高塔和一座堡壘，用來監視魔多。第一座高塔叫奇立斯烏苟斯高塔，它位於魔多的西側，位於魔多附近的群山之中，在《指環王》電影中佛羅多就曾經被獸人捉進這座高塔之中，後來被山姆解救。後來二人前往戈鍋羅斯荒野，直到魔戒被徹底摧毀。剩下兩座高塔叫尖牙之塔，它位於魔多黑門兩側，建在陡峭的山坡之上，剛鐸建造它們是為了監視魔多的入口。最後的一座堡壘叫杜爾桑，他位於烏頓山谷的斜坡之上，它也是剛鐸在最後聯盟之戰後，用於監督魔多入口動靜的工事。在《指環王國王歸來》電影中，一支來自於杜爾桑要塞的獸人軍隊與來自魔多的獸人軍隊相遇，此時的佛羅多和山姆正喬裝打扮隱藏在這伙向東行進的獸人之中，他們被迫與來自杜爾桑要塞的獸人軍隊前行了一段距離，最終得以逃脫。
時間來到第三紀元中期，一場大瘟疫自東方席捲到剛鐸境內，大瘟疫造成了大量的剛鐸人民死亡，嚴重削弱了剛鐸國力。因為人手不足，又疲於奔命，剛鐸不得不放棄了對魔多的監視，守衛魔多周圍的堡壘也被廢棄了，這一切都是索倫願意看到的局面。
到了第三紀元的1980年，索倫派安格瑪巫王回到無人監視的魔多繼續招兵買馬，沒過多久，他就指揮著軍隊攻陷了米納斯伊希爾，這是這座城市的第二次陷落，此後更名為米納斯魔古爾。
從那以後，剛鐸和魔多的戰爭不斷，魔多正是宣布崛起。到了第三紀元的2951年，索倫公然現身，重建了巴拉多要塞。他再次在魔多聚集起黑暗大軍，索倫之眼便成了力量和恐怖的象徵。直到魔戒聖戰期間，西方大軍進攻黑門，佛羅多摧毀了魔戒。自此魔多的黑門和巴拉多要塞倒塌，末日火山再次噴發。並且戈鍋羅斯荒野發生了劇烈的地震，這片平原被徹底摧毀。
魔多的勢力被推翻後，阿拉貢解放了米納斯伊希爾，解放了努爾能的奴隸，將那裡的所有土地都分配給他們自由耕種。從那以後魔多的大部分區域都荒廢了。