「藤原將軍」賴經
承久元年（1219）正月二十七日，在源實朝遭到暗殺的一個月之後，幕府方面邀請後鳥羽院的皇子赴鎌倉承繼源實朝的將軍之位。接下來，筆者將詳細介紹一下具體經過。
首先，二月中旬，北條政子意欲迎後鳥羽院的皇子六條宮或冷泉宮至關東。二階堂行光為此專程趕赴京都，幕府的宿老及御家人也都聯名上奏，表示有相同的意願。《愚管抄》稱，將軍麾下的武士失去主人後難免心生憂慮，為了安撫眾人心緒，迎皇子坐鎮鎌倉可謂合情合理。
但是，幕府與朝廷的交涉並不順利。在奔赴京都約一個月後，二階堂行光向朝廷方面表示，雖無須即刻動身，但務必送出一位皇子前往鎌倉。隨後三月上旬，內藏頭藤原忠綱作為後鳥羽院的使者抵達鎌倉，在一番弔唁後，藤原忠綱向北條政子提出，欲罷免攝津國長江莊、倉橋莊的地頭。隨後，鎌倉幕府的北條義時、北條時房、北條泰時等北條氏成員及大江廣元，就此事在北條政子的府邸展開商議。十五日，北條政子派北條時房率領千騎兵力奔赴京都。可後鳥羽院依然拒絕派遣皇子。
最終，經雙方妥協，藤原兼實之孫藤原道家的兒子、年僅兩歲的三寅（後來的藤原賴經）被送往鎌倉，他是源賴朝的妹妹與一條能保所生的兩個女兒的後代，即無論父系還是母系，三寅都可算得上是源賴朝的親族。因此，人們認為三寅繼承將軍之位具有一定的合法性。
那麼，後鳥羽院為何不允許皇族就任將軍之位，卻允許藤原氏這樣做呢？後鳥羽院曾表示：「日本國將會一分為二。」因此，如果藤原氏就任將軍之位，不管其如何專權，都將不具有取代天皇的合法性，但如果是皇族乃至皇子就任將軍之位，那麼他們則有可能取代天皇。誰也不能保證兩個血統相同的皇子是否會為了爭權而將日本分裂為東西兩半。所以，當時便已想推翻幕府的後鳥羽院，決不能容忍這樣的風險發生。再者，藤原氏本就具備輔佐天皇執政的身份，所以根據實際的權力關係，藤原氏甚至有可能將幕府重新規制於朝廷的控制之下。
六月三日，天皇正式下令派遣藤原賴經前往鎌倉。於是，藤原賴經於六月二十五日從京都出發，七月十九日抵達鎌倉，成為所謂的「藤原將軍」。由此，新任幕府將軍的政所開始運轉，不過由於將軍年幼，實際政務仍交由北條政子打理。其後，直至嘉祿二年（1226），藤原賴經才正式就任將軍一職。
關於指定藤原賴經的經過，據《增鏡》的記述稱，北條政子曾向西園寺公經表示想迎一名皇子坐鎮鎌倉，於是西園寺公經便遵照北條政子的想法，開始著手操辦此事。在此過程中，西園寺公經的女婿藤原道家建議，可以讓其子藤原賴經擔任幕府將軍，西園寺公經認為此事亦可，於是選了藤原賴經。
不過，這件事對西園寺公經和藤原道家來說或許是千載難逢的好機會，但對於北條政子和北條氏來說情況就有所不同了。藤原賴經雖是攝關家與源家的後裔，但他卻與北條氏毫無血緣關係上的糾葛。如此一來，源賴朝至源實朝三代將軍的外戚——北條氏，將喪失其原有的地位與權力。不僅如此，如果藤原賴經與源氏的相關勢力結合，那麼北條氏將陷入更加不利的境地。
而且，僅憑源賴朝遠親的身份，在武士社會中，藤原賴經將難以主張其具有繼任幕府將軍的絕對合法性。據《明月記》的記載稱，嘉祿二年（1226）正月，佐佐木信綱作為使者前往京都，申請任命藤原賴經為征夷大將軍，他來到藤原氏守護神所在的春日社，詢問神明是否可以讓藤原賴經改姓為源賴經，結果天意不允，故而藤原賴經無法改姓。恐怕天意即為抽籤的結果吧。不過，我們亦可從中窺見，幕府希望藤原賴經改源姓的訴求，以及藤原氏方面礙於臉面所持有的反對態度。不過，經由此事，我們可以看到幕府方面對藤原賴經的合法性多少持有些危機意識。正是為了彌補這種合法性上的缺陷，藤原賴經的名字才與源賴朝、源賴家保持一致，取了其中的「賴」字。此後，由於天氣無常的寬喜二年（1230）鬧災荒，人們對將軍合法性的懷疑也好像煙消雲散一般，藤原賴經與源賴家之女、源實朝妻子的養女竹御所成婚。也就是說，藤原賴經以源氏養子的名義繼承了將軍之權。
承久之亂的導火索
另一方面，隨著源實朝的離世，源賴朝一脈絕嗣，幕府的向心力也開始減弱。於是，後鳥羽院決定趁機推翻幕府。如此一來，鎌倉初期政治史的分水嶺式事件——承久之亂爆發了。
承久之亂爆發的直接原因，前文亦有提及，即承久元年（1219）三月，後鳥羽院在弔唁源實朝之際，向幕府提出撤銷其賜予寵妾白拍子龜菊的攝津國長江、倉橋兩處莊園的地頭職務，因為這些地頭拒絕服從龜菊的命令。但北條義時卻斷然拒絕了後鳥羽院的請求，他認為縱使下達院宣，亦不可收回源賴朝作為戰功獎勵賞賜給功勳者的地頭職務。另一方面，被賜予這兩處莊園的龜菊又稱伊賀局，據說她曾是平安時代淀川與神崎川交界處繁華的江口、神崎碼頭的一名妓女，故而可能與該地區有著千絲萬縷的聯繫。但是，筆者認為不論後鳥羽院如何寵愛龜菊，單單此事也似乎很難成為後鳥羽院決意推翻幕府的契機。我們稍後將會討論，在此事件背後，恐怕還隱藏著某些尚未浮出水面的理由。此外，如果將此事作為承久之亂的導火索，那麼從此事發生直至舉兵，中間間隔了近兩年的時間，筆者認為這樣的時間間隔未免過長。
總之，在此事之後，後鳥羽院開始實施倒幕計劃。首先，他喚來藤原秀康，命令他制訂計劃討伐違背院宣的北條義時。藤原秀康受命，並建議拉攏在京都的三浦胤義加入，三浦胤義是相模三浦氏之人。於是，藤原秀康便假借酒宴之名邀請三浦胤義，並一面向三浦胤義打聽其留守京都的真實目的，一面向其不經意地透露後鳥羽院的決定以尋求配合。由於三浦胤義原本就受後鳥羽院之命，企圖在幕府中掀起叛亂，故而此院宣可謂正中下懷。於是，三浦胤義向藤原秀康提議：「如果你寫信給我的兄長三浦義村，三浦義村必會響應，待到那時討伐北條義時，將會變成小菜一碟。這種計劃不能耽誤，事不宜遲，你們應該儘快展開商議。於是，藤原秀康把這些情況稟報了後鳥羽院，後鳥羽院火速下令，召開軍事會議。
就這樣，承久三年（1221）四月二十八日，朝廷一方面宣稱要在伏見的城南寺舉辦騎射比武大會，並以此為名召集了各地的武士，另一方面又向坊門忠信、葉室光親、源有雅、中御門宗行、一條信能、高倉范茂、僧正長嚴、法印尊長等人直接傳達了旨意。據通行本《承久記》記載，共有大和、山城、近江、丹波、美濃、尾張、伊賀、伊勢、攝津、河內、和泉、紀伊、丹後、但馬十四國的武士，共計一千七百騎參加了此次騎射比武大會。據慈光寺本《承久記》記載，則有大和、近江、丹波、美濃、尾張、伊勢、攝津、紀伊、丹後、但馬、播磨、三河、伊豫十三國，共計一千餘騎加入其中。其中的主要人物有藤原秀康、佐佐木廣綱、大內惟信、後藤基清、三浦胤義、河野通信、大江親廣等。
在此之前，後鳥羽院向金峰山供奉了一件淡綠色絲線的腹卷以祈禱計劃成功。與此同時，四月二十日，基於與後鳥羽院齊心迎戰的考量，順德天皇悄悄將皇位讓與仲恭天皇。於是，以後鳥羽院為首，包括土御門、順德在內的三位上皇，以及六條宮、冷泉宮皆聚於高陽院之中，他們命諸國士兵把守四面大門，準備迎接戰鬥。
盲目樂觀的京都一方
戰鬥伊始，後鳥羽院命令藤原秀康討伐北條義時的親族——身處京都的京都守護伊賀光季。於是，藤原秀康前去跟三浦胤義商議，伊賀光季十分勇武，若是直接沖入其住所，恐難實現將其剿滅的目的，於是二人決定，先將伊賀光季喚至高陽院，然後再在前庭將其殺死。萬一伊賀光季不從，則視情況而動。藤原秀康與三浦胤義將行動日期定為五月十五日。到了那日，伊賀光季三次無視了院宣傳召，據說是因為佐佐木廣綱無意間向伊賀光季走漏了風聲，又或者是因為西園寺公經曾因後鳥羽院不尋常的動向提醒過伊賀光季要提高警惕。總之，最後藤原秀康、三浦胤義、大江親廣等後鳥羽方面的軍隊，為了剿滅伊賀光季，全部湧進了高辻京極的住所。
因為身負京都守護的身份，伊賀光季放棄了逃往鎌倉的念頭，他決心以不足三十人的兵力迎戰。據說，後鳥羽院方面來了八百騎到一千餘騎的士兵，抵達戰場後，雙方展開激戰，大概過了兩刻鐘時間，伊賀光季手下的兵將幾乎全軍覆沒，伊賀光季本人也身負重傷。最終，被逼入絕境的伊賀光季與次子伊賀光綱一起，點燃居所自殺了。此外，在此之前，朝廷中的親幕府派——西園寺公經、西園寺實氏父子也被召入宮中軟禁。伊賀光季的手下為了把消息送往鎌倉一路疾行，但三浦胤義在結束戰鬥後便依照商議結果，遣使給兄長三浦義村送了一封信，勸他投靠後鳥羽院一方。此外，後鳥羽院又再次命令藤原秀康，向五畿七道諸國下達追討北條義時的院宣，尤其是對鎌倉的武田信光、小笠原長清、小山朝政、宇都宮賴綱、足利義氏、北條時房、三浦義村等實力派武將，為了傳達後鳥羽院的旨意，還特地派遣了部下押松趕往鎌倉。
此時，後鳥羽院問：「在關東有多少人會與北條義時同生共死？」三浦胤義回答說：「不會超過一千人，因為恐怕無人願與朝廷的敵人結盟。」然後，恰好也在場的另一位武士卻直言道：「恐怕不止一千人，無論如何也不會少於一萬人，倘使我也置身關東，應該會加入北條義時一方。」此番發言引得後鳥羽院大為不快。該故事表明京都方面的認知不過如此。
五月十九日，伊賀光季的信使到達鎌倉，西園寺公經派遣的信使幾乎同時抵達，京都方面的嚴重事態也都為鎌倉眾人所知。於是，幕府方面在鎌倉搜尋押松，並成功將其擒獲，沒收了其所持之宣旨。另一方面，三浦義村並未給三浦胤義的使者回信，而是將其直接趕了回去。而後，三浦義村拿著三浦胤義寄來的書信去找北條義時，以示對鎌倉方面的忠誠。京都方面企圖通過懷柔政策籠絡鎌倉幕府的實力派將領，來從內部瓦解鎌倉幕府，實現倒幕大業。然而，這一設想卻將京都方面盲目樂觀、過於天真的姿態暴露在大眾眼前。
此時，鎌倉諸將集中在北條政子處共商對策。北條政子歷數了源賴朝自開創幕府以來對諸位將領的恩情大義，她指出了京都方面下達「不義」的綸旨，討伐幕府的不公，並敦促御家人們決定到底是投靠京都，還是留在鎌倉戰鬥。在北條政子慷慨激昂的陳詞之下，沒有一人表示願意投靠京都一方，於是眾人同仇敵愾，前往北條義時的宅邸共商軍務。在會議中，諸位將領各抒己見，其中「固守足柄、箱根兩個關口，靜待京都方面進攻」的意見占據了絕對的優勢。但是針對此意見，大江廣元表示，如果不團結一心，只一味守關，不出幾日，鎌倉方面定會敗北。所以，大江廣元積極主張應火速派遣軍隊攻進京都。於是，北條義時就「應該採取哪一種方案」向北條政子徵詢了意見，北條政子贊同大江廣元的看法，她任命北條泰時為大將，待武藏國軍隊到達，便即刻出兵京都。
東國武士十九萬騎開拔
據《吾妻鏡》記載，這一天，北條義時頒布指令，要求東國諸國率領族人參加遠征軍，指令下達的對象包括遠江、駿河、伊豆、甲斐、相模、武藏、安房、上總、下總、常陸、信濃、上野、下野、陸奧、出羽等。
二十一日，軍事會議再次召開，出兵京都的積極對策又一次遭到了部分與會人員的質疑。大江廣元表示，都已經決定派兵且已過了一段時間，又重新出現這樣的反對意見，即說明等待武藏軍隊本身，就是一個錯誤的決策，而且如果再這麼繼續等下去，武藏軍隊也難免會心生變節。如果北條泰時獨自一人出兵，東國勢力必定匯聚、跟隨。北條義時認為大江廣元言之有理。而後，北條義時又向幕府宿老入道善信（三善康信）徵求了意見，結果入道善信與大江廣元的意見高度統一。
既然如此，北條義時便下定決心讓北條泰時率兵在深夜開拔，無論如何，當日之內先趕往稻瀨河的藤澤清近家即可。第二天即二十二日，北條泰時大軍總算正式向京都進發。那時，北條泰時的主要追隨者有包括其子北條時氏在內的十八名將領。而後，北條時房、足利義氏、三浦義村等人也相繼出兵，朝京都方向進發。另一方面，北條朝時也作為北陸道大將挺進京都。
承久之亂：幕府軍的進攻路線
二十三日，北條義時、大江廣元、入道善信、小山朝政、宇都宮賴綱等宿老留守鎌倉，負責部署軍隊並為前線將士祈禱，而其他的東國武士，在二十二日至二十五日清晨之間，也都陸續出發。一時間東國兵力總計約達十九萬人。他們兵分三路：東海道由北條泰時、北條時房、足立義氏、三浦義村帶領，有十萬餘人；東山道以武田信光為大將，由小笠原長清、小山朝長、結城朝光帶領，有五萬餘人；北陸道由北條朝時、結城朝廣等人帶領，有四萬餘騎。據古活字本《承久記》記載，當時幕府軍隊的組編已存在「父親前往京都則兒子留守東國，兒子前往京都則父親留守東國」的趨勢，換言之即已有父子兄弟各自分離以留下「人質」的設置，不過該記載真偽不明。
另一方面，攜帶院宣而來的後鳥羽院部下押松，被幕府暫時扣留，有人建議先讓押松看看東國軍隊的壯觀場面，隨後再令其返回京都，恐怕更為妥當，所以押松並沒有被立即釋放。終於到了二十七日，押松帶著北條義時回應院宣的信，踏上歸途。據慈光寺本《承久記》記載，在這封信中，北條義時無所畏懼地表示：「每年進貢兩三次染絹、金銀、鷲羽及馬匹，朝廷有何不足，需要頒布此等院宣？倘若朝廷想要召見武士，吾將派遣東海道、東山道、北陸道共計十九萬武士與西國武士戰鬥，以供御覽，倘若如此仍不足夠，請再次派遣押松這樣的官吏前來送信，到時北條義時自會再領十萬武士參見。」
在此之前的十九日，為了防備鎌倉方面的進攻，京都方面在各處排兵布陣。二十六日，被派遣至美濃的藤原秀康之弟藤原秀澄向京都報告說，東國軍隊猶如黑雲壓城之勢襲來。院中眾人頓時慌作一團。二十八日，清水寺的僧人將後鳥羽院的祈願文放入新造好的勝軍地藏、勝敵毗沙門像內供養，以祈禱戰爭能夠獲得勝利。
六月一日，押松回到高陽院。他帶回了北條義時的回信，並將鎌倉的情況及歸途中所見無數東國軍隊的情景傳達給眾人。此時，院中「上下萬人，皆俯首，目光低垂」，人人垂頭喪氣，被嚇得魂飛魄散。縱使如此，萬般無奈下，京都方面仍然不得不想辦法部署防衛。於是，藤原秀康受後鳥羽院之命開始部署，他將大內惟信、藤原秀康、藤原秀澄、三浦胤義、佐佐木廣綱等主力軍一萬二千人派往東山道、東海道，將宮崎左衛門尉等七千人派往北陸道，京都方面兵力總計一萬九千人。剩下約七百人則負責固守宇治、勢多。較之此前以城南寺騎射比武大會為名召集而來的兵力，此時京都方面的兵力還多出了增援部隊，但目前增援部隊的人數、出身地域均不詳。只不過，在追討伊賀光季的戰鬥結束後，後鳥羽院方面也仍不放棄召集兵力。據《吾妻鏡》記載，宮中曾派遣過五名使者前往但馬的法橋昌明處，召集武士奔赴京都，但法橋昌明將其全部斬首，表示自己誓不從命。為此，法橋昌明遭到了但馬國內追隨京都方面勢力的襲擊。
美濃、尾張三川地區的攻防戰
六月五日，東海道幕府軍的先頭部隊抵達尾張一宮，幕府軍向木曾川、長良川等多處渡河地點派兵布陣：鵜沼渡方面由毛利季光等人負責，池瀨方面由足利義氏負責，板橋方面由和狩野介入道負責，大豆戶方面由北條泰時、三浦義村等人負責，墨俁方面則由北條時房和安達景盛等人負責。另一方面，與東海道軍並行、向偏北方向進發的東山道軍，則於木曾川的河合、大井戶等渡口處與京都方面軍交戰。當日晚，大井戶之戰吹響了戰鬥的號角，東西兩軍在周邊各渡口展開激戰，戰鬥持續至第二日。京都方面的山田重忠等人雖一度浴血奮戰，但大多數的京都軍仍選擇不戰而逃。於是，幕府軍長驅直入、勢如破竹。
據慈光寺本的《承久記》記載，當時藤原秀澄曾提出可以將一萬二千人的大軍分別布置在大井戶、板橋、伊義、大豆戶等十幾處戰略要地，但山田重忠卻反對該計劃，他認為這一萬二千人的軍隊應該橫渡墨俁，一口氣打下尾張國的國府，拿下東海道軍的首領北條泰時和北條時房，繼而突入鎌倉。藤原秀澄素來膽小，因害怕山田重忠這種積極應戰的策略會遭到北陸道軍和東山道軍的包抄，他最終還是選擇堅持自己的持久戰策略。不過，由於此事並無其他的史料記載支持，所以事實如何，真假難辨。但是，考慮到該地區的戰事對整個承久之亂而言極為重要，所以上述記載恐怕也並非無稽之談。
從地勢上看，東山道軍及東海道軍都受到了木曾川、長良川及揖斐川這三大河及其中小支流的阻擋，所以在這一地區幕府軍難以擺開陣勢。然而，只要通過墨俁，便會有能讓東山道軍、東海道軍匯合後排開陣勢的地理條件。所以，對於京都方面軍而言，想要更加有效地守住西側，比起將兵力分散至各個中小渡口，不如集中全力死守墨俁。此外，若是想用少量兵力進攻東側，就應該趁東山道軍和東海道軍匯合前，選擇其中一路軍，將其擊破。撇開山田重忠的策略不談，藤原秀澄這種兵分幾路的做法，反而更容易讓敵方逐個擊破。因此，無論怎麼考慮，藤原秀澄的計謀都不是上策。
從兵力上看，縱使數據存在一定的誤差，但東國方面的兵力毫無疑問占有絕對優勢。但是，東國大軍果真如我們所見這般團結嗎？例如，在美濃東大寺的對話中，東山道的大將武田信光就曾向小笠原長清表示，身為武士自當是京都和鎌倉哪一方獲勝了就跟隨哪一方。由此可見，武田信光的自我盤算可謂相當清晰。正因抱著這種「識時務」想法的人影響力十分巨大，所以大江廣元、入道善信和北條政子等人及經歷過治承壽永之亂的人才會不約而同地主張早日攻打京都。
正如後續章節將會提及的，京都方面軍幾乎全都來自畿內近國，若是來自中國、四國及九州的兵力支援能夠及時趕上，想必承久之亂的結局也就不如今天這般了。因而，為了爭取時間，在美濃和尾張的三川地域打一場漂亮的攻防戰，對京都軍而言本就十分重要，但相當遺憾的是，京都軍的第一道防線，很快就被幕府軍攻破了。六月七日，東山道軍、東海道軍兩軍合流，共同駐紮在野上和垂井。兩軍在當日即舉行了軍事會議，商討攻打京都的人員配置問題。最終會議決定：勢多由北條時房負責，手上由安達景盛和武田信光負責，宇治由北條泰時負責，芋洗由毛利季光負責，淀由結城朝光、三浦義村等人負責。
最終防線——宇治川渡河
八日，京都方面的藤原秀康、筑後有長等人，身負戰傷，返回京都，並帶回了六日戰敗的消息。院中聞訊之後，一片騷動。仲恭天皇與三位上皇及二位親王，移駕法印尊長的押小路河原宅邸，緊接著又藉助比叡山的力量，轉移至坂本。然而，比叡山的兵力並不足以抵禦幕府方面軍。十日，他們不得不再返高陽院（或四辻殿）。
十二日，京都軍將兵力分散配置到以宇治為中心的三穗崎、勢多、真木島、芋洗及淀等地，以迎接幕府方面軍的攻擊。可以說，這已經是京都軍的最後一道防線了。
在小路上稍作休息後，幕府軍在十三日的大雨之中，按照計劃奔向了各自負責的地點。山田重忠及其手下將橋上的木板拆了做盾牌，他們與比叡山僧眾組成的軍隊聯合，和幕府軍方面負責勢多的北條時房軍隊展開對峙。毛利季光與三浦義村等人則分別前往芋洗和淀，北條泰時也在栗子山布下了軍陣。
然而，負責宇治的足利義氏和三浦泰村並未徵得北條泰時的同意，便在宇治橋周邊開戰，該決定導致多人喪命於京都軍的箭雨之中。當日深夜，收到宇治戰報的北條泰時大為震驚，於是連夜冒著大暴雨趕赴宇治，命令幕府軍停止戰鬥。次日即十四日，整夜的暴雨使得宇治川水位上漲，眾多準備渡河與京都軍展開戰鬥的幕府軍將士被湍急的河水沖走，一時間死者超過八百人。身著鎧甲一路殺向京都的幕府軍，原本就已經十分疲勞，再加上糧草補給的不足，一旦喪失士氣，劣勢必將逐漸擴大，甚至將會面臨潰不成軍的危險。一面猶豫是否要渡過宇治川，一面眼睜睜地看著湍急的水流沖走士兵，北條泰時甚至一度做好了「大將軍將葬身於此」的思想準備。
距離承久之亂已過了半個多世紀時，高僧日蓮這樣記述在承久之亂中前往宇治和勢多的東國軍隊：「同年六月十三日夜晚戌亥時，烏雲壓頂，宛如車軸聲般轟鳴的雷聲在武士的頭頂響起，隨即大雨如注，從天而降。十九萬士兵長途跋涉，已然兵荒馬亂、彈盡糧絕，鄉間的屋舍皆不見人，頭盔被大雨淋濕猶如棉花一般。」作為後世之人，日蓮對那時發生之事不可能知道得如此詳盡，毫無疑問這些內容應該都來自傳聞，不過其中對東國將士的描寫，應該寫得八九不離十。正如日蓮所言：「過了今日，將士之心恐生叛變。」當時，若是再過數日仍無法橫渡宇治川，那麼龐大的軍隊將被層層瓦解，甚至如雪崩般四散分裂。因此，幕府軍的勝利並不是易如反掌的。
北條泰時為了闖出一條新路，決意渡河。於是，他派芝田兼義先去探明各處河水的深淺。在此基礎上，佐佐木信綱、中山重繼及其率領的武士得以成功渡河。而後，幕府軍拆了許多民房，做成木筏，並憑藉這些木筏成功渡河。一時間兩軍局勢發生逆轉。京都方面，源有雅、高倉范茂及安達親長等將領，紛紛逃竄。剩下的藤原朝俊、八田知尚等人不是被殺，就是潰敗而逃。於是，承久之亂中規模最大的戰事，就此落下帷幕。
毫無大義可言的戰爭結果
京都軍全線潰敗後，藤原秀康、三浦胤義、山田重忠等將領返回上皇御所門前，報告了戰敗的情況。誰知得到的卻是無情的回答：「若武士皆聚於此處，鎌倉方面定將圍攻此處，爾等還是儘早散去罷。」聽聞此言，三浦胤義不禁自嘲，當初自己為何要背叛幕府，跟隨一個毫無責任感的主君。隨後，京都方面的將士各自散去，三浦胤義在木島自殺，山田重忠在嵯峨的般若寺山自盡，而藤原秀康則被敵軍擒獲並處死。
六月十五日巳時，北條泰時、北條時房等人進入六波羅，從北陸道進軍的北條朝時也於十七日午時，抵達六波羅。而早在北條泰時等人尚未進入六波羅之前，後鳥羽院便已經派遣敕使大夫史國宗，前往樋口河原解釋：「此次戰爭，絕非吾之計謀，而系謀臣之意。吾已命人下達院宣，望東國軍隊絕不要在京都尋釁滋事。」北條泰時和北條時房等人抵達六波羅後，一面搜查、處死京都軍餘黨，一面派遣使者火速趕回鎌倉傳達戰報，以便詢問北條義時如何論功行賞，如何處置後鳥羽院等上皇及仲恭天皇。雖說承久之亂中的死傷者人數並不確定，但根據慈光寺本《承久記》記載，約有一萬三千六百二十名從東國出發進攻京都的幕府軍將士戰死或溺亡。而之所以會有這樣慘烈的結果，全是因為專橫的後鳥羽院引發了這場毫無大義可言的戰爭。
謀劃了承久之亂的公卿和僧侶：葉室光親、中御門宗行、源有雅、高倉范茂、坊門忠信、一條信能、長嚴、觀嚴等人在被送往六波羅後，皆被處以死刑或流刑。後鳥羽院的寵臣葉室光親，因為是下達追討北條義時院宣的責任人，因而遭到問罪。但實質上葉室光親曾多次勸阻後鳥羽院，放棄這種輕率魯莽的計劃，無奈後鳥羽院依然一意孤行，葉室光親只得被捲入其中。據說，後來當北條泰時看到留在御所中的葉室光親的數十通勸諫奏摺，一度為當初自己所下之決斷感到分外後悔。
七月七日夜，關東派出的使者二階堂行盛抵達藤原基通的宅邸，向其傳達了鎌倉方面的請求，即罷免九條道家攝政一職，並讓前關白近衛家實擔當攝政和氏長者。於是第二日即七月八日，近衛家實就任攝政一職。七月二十日，根據幕府的奏請，朝廷給予前內大臣源通光、權大納言源定通、權中納言源通方、參議藤原親定、參議藤原信成、前權大納言藤原定輔、前權中納言藤原教成等人「禁閉」處分。另一方面，素來親近幕府的西園寺公經，在這樣的新朝廷體制下，成為內大臣，手握實權。
另一方面，搜查在逃的尊長、藤原秀康、大內惟信等人的工作仍在繼續。藤原秀康與藤原秀澄兩兄弟在逃往奈良後一度銷聲匿跡，後來當他們逃到河內時被擒獲，隨即就地處決。大內惟信則在隱姓埋名近十載之後，因假扮僧人藏身於日吉八王子的庵室之事暴露，於1230年12月被比叡山惡僧擒獲，送交武家。最終，大內惟信死罪得免活罪難逃，被判流放西國。至於尊長的結局，此處暫且不說。
而這一連串事件的焦點，毫無疑問落在了如何處置後鳥羽院等三位上皇及仲恭天皇的問題上。幕府在這一點上態度十分強硬。縱使後鳥羽院在院宣中宣稱：「此次戰爭，絕非吾之計謀」，幕府也沒有讓後鳥羽院免除問責。最終，後鳥羽院被流放隱岐，土御門院被流放土佐（後稱阿波），順德院被流放佐渡，而被迫退位、年紀尚小的仲恭天皇則被交由九條家撫養。後鳥羽院的寵妾龜菊，一度被視為承久之亂的禍首之一，直至延應元年（1239）後鳥羽院離世，龜菊一直侍奉左右。
此時，高倉院的皇子，即安德天皇之弟、後鳥羽院之兄——守貞親王，逐漸步入舞台的中心。守貞親王原本是隨安德天皇去了平家一方，並且從一開始他就沒有被列入安德天皇的繼承人候選之列。所以，當他平安返回京都時，人們幾乎已經忘了他的存在。然而，在突如其來的情況下，已被人們遺忘的守貞親王之子，當時僅有十歲的茂仁親王，卻於承久三年（1221）七月九日，經鎌倉幕府批准後，即位成為新任天皇。其已經出家的父親守貞親王，也由此直升為上皇（法皇）。而此處的茂仁親王即是後來的後堀河天皇，其父守貞親王便是後來的後高倉院。