芹菜菌核病屬於真菌病害，主要危害芹菜的莖，葉，種植的芹菜棚內溫度高於20度，濕度大於85%以上，是誘發芹菜菌核病的重要因素。芹菜菌核病發生之後，在芹菜的莖基部出現病斑，病斑呈現褐色，表皮失去光澤，好像被水浸泡過一樣，初感染菌核病的植株，從外表上部葉片，莖稈看不出異樣，葉片照樣是綠色，莖稈也未見倒伏，隨著病菌擴散蔓延，病害逐漸加重，芹菜先是出現生長勢減弱的症狀，葉片逐漸出現淡黃色，此時棚內濕度大，可看到從莖稈基部向上，表面出現的白色菌絲，病株葉片下垂，失水萎蔫，整株感染病重之後，枯死並腐爛，腐爛部位有黑色顆粒菌核出現。
芹菜菌核病，在種植密度過大，通風不良，潮濕，過多的使用氮肥，對芹菜進行澆水時，大水漫灌，雨水過多，受到漬害，這樣的朋友容易發生，同樣的條件下，重茬種植的芹菜，發病率高於新茬地，生長勢弱的芹菜較生長健壯的芹菜容易感病。芹菜植株老化較新植株容易感病。菌核病病菌可以順氣流傳播，在芹菜棚感染菌核病後，常見的有人為的農事操作，造成健康植株感染，相鄰的病株傳染給健康植株，菌核病病菌，可以在殘體上越夏或越冬，也可在土壤中越冬至第2年感染髮病並傳染。
芹菜菌核病的防治方法
1，土壤消毒，育苗的苗床以及定植棚內，每畝地用500~600克70%五氯硝基苯，兌入25~30公斤細土，攪拌均勻後，撒在地表，馬上用旋耕機進行旋耕，翻入土中。
2，種子高溫消毒，挑選籽粒飽滿的芹菜種子，在播種之前將種子放入清水中，淘洗乾淨，然後放入50度的溫水進行浸種半個小時，保持水溫並不斷地攪拌，30分鐘之後，撈出放入新鮮的井水中進行冷卻清洗，接近常溫之後，進行不斷的搓洗，搓開種子的表皮即可。
3，合理栽培，使用的底肥要經過充分腐熟，適當的增加磷肥，鉀肥的比例，芹菜喜歡氮元素，切不可偏施，過量的氮肥施入後，容易引起植株徒長，降低芹菜的抗病能力。芹菜定植不可過密，一般，本芹定植密度行距20公分，株距10公分。西芹一般行距50公分，株距20公分。澆水時，不可大水漫灌，一般應小水勤澆，田間土壤濕度控制在上干下濕的狀態，也就是地表土稍干，地表土下濕潤。
4，藥劑防治，在芹菜苗期以及定植後，噴洒70%甲基托布津800倍液+4000倍液愛多收，促進芹菜生長健壯，提高防病能力。在菌核病發病初期，可用64%殺毒礬600倍液+吡唑嘧菌酯1000倍液+芸苔素內酯，或者是1000倍液65%甲霉靈可濕性粉劑+天達2116，交替使用，每5~7天噴洒一次，連續噴洒兩次，視情況，再重複噴洒一次。