經歷了2012賽季的低谷後，納達爾在2013年上演了「王者歸來」的大片。12賽季，西班牙人在紅土賽季拿下法網、羅馬、蒙特卡洛和巴塞隆納四站冠軍後，在溫網爆冷不敵世界排名第一百位的羅索爾，止步次輪。 隨後，拉法的膝蓋又爆發出新傷，除了原本的左膝髕骨肌腱炎，髕骨後方脂肪墊也得到了霍華式病變（Hoffa disease），這讓西班牙人不得不退出2012年倫敦奧運以及包括美網在內的整個北美硬地賽季。九月， 納達爾聽從醫生建議在家鄉靜養膝傷，選擇無限期停賽，退出本賽季剩下的所有賽事，提前結束2012賽季。
2013賽季，因為病毒性胃炎，西班牙人又缺席了包括澳網在內的整個一月比賽。二月初，納達爾選擇在比尼亞德爾馬站復出，儘管決賽不敵澤巴洛斯，無緣復出首冠。但接下來，經過一站熱身的西班牙人滿血復活，連續打進八站賽事決賽，並拿下包括法網在內的七站冠軍，上演了「王者歸來」的神話。巴西聖保羅站和墨西哥阿卡普爾科站，納達爾先後擊敗納爾班迪安和費雷爾等名將，帶著背靠背奪冠的戰績來到北美春季硬地賽。在沙漠小鎮印第安維爾斯，拉法在1/4決賽和半決賽連續直落兩盤擊敗費德勒和伯蒂奇，與阿根廷名將德爾波特羅會師決賽，面對賽會7號種子，納達爾4-6，6-3，6-4完成逆轉，拿下復出首項大師賽冠軍，贏得個人生涯第22座大師賽冠軍，在當時超越費德勒而位居歷史第一！不過在復出獲得三冠一亞後，西班牙天王退出隨後的邁阿密公開賽，選擇休息，以全力備戰接下來的歐洲紅土賽季。
在自己的後花園蒙特卡洛大師賽，納達爾開啟了歐洲紅土賽季。連續擊敗迪米特洛夫、特松加等名將後，與另外一位天王德約科維奇會師決賽。然而，蒙卡大師賽決賽，納達爾連丟兩盤不敵塞爾維亞名將，無緣冠軍。雖然無緣自己的第九個蒙特卡洛大師賽冠軍，但接下來納達爾的表現再次證明自己是當之無愧的紅土之王。在家鄉巴塞隆納連勝五場奪冠後，納達爾又在馬德里和羅馬連續擊敗費雷爾、瓦林卡、弗格尼尼、伯蒂奇和費德勒，背靠背奪得兩站紅土大師賽冠軍。帶著一波15連勝的西班牙人來到羅蘭加洛斯，再次擊敗弗格尼尼、瓦林卡後闖入半決賽，與此前在紅土上擊敗過自己的賽會頭號種子德約科維奇隔網相對。 兩位選手都渴望能夠本屆法網創造歷史，德約渴望斬獲職業生涯的首個法網冠軍，成為網球歷史上第8位完成全滿貫壯舉的球員。而納達爾則可望在巴黎第八次奪冠。經過4小時37分鐘的五盤大戰後，納達爾頂住對手反撲， 6-4 3-6 6-1 6-7(3) 9-7險勝德約科維奇，完成復仇的同時，闖入決賽。決賽中，面對同胞費雷爾，納達爾直落三盤輕鬆獲勝，奪得自己第八個火槍手杯。
整個草地賽季，納達爾僅僅只參加了溫網一站比賽，首輪連丟三盤不敵達爾西斯，草地賽季未嘗一勝。來到北美秋季賽，經過短暫調整後的西班牙人又再次展現出絕佳的競技狀態，在蒙特婁與辛辛那提有完成背靠背奪冠，帶著兩個大師賽冠軍的美網系列賽成績登陸法拉盛。美網，拉法連續擊敗包括多羅布雷多和加斯奎特在內的多位好手，再次在決賽中與德約科維奇隔網而站。經過四盤爭奪後，納達爾本賽季第三次擊敗德約科維奇，奪得自己第二座美網冠軍獎盃。亞洲賽季與巴黎大師賽，納達爾先後被老對手完成復仇，在北京舉行的中國網球公開賽，納達爾在決賽中連丟兩盤不敵德約科維奇，屈居亞軍。上海勞力士大師賽，納達爾不敵德爾波特羅止步四強。來到巴黎，納達爾又被同胞費雷爾阻擊，無緣決賽。賽季最後一站比賽，ATP年終總決賽，納達爾先後擊敗費雷爾、瓦林卡、伯蒂奇以小組三勝排名第一晉級半決賽。半決賽面對瑞士球王費德勒，納達爾7-5，6-2輕鬆獲勝，將與德約科維奇爭奪最後的冠軍。決賽中，面對狀態出色的塞爾維亞人，納達爾在此連丟兩盤敗下陣來，與總決賽冠軍擦肩而過的同時，就此結束自己輝煌的2013賽季。
2013賽季，納達爾一共14次闖入決賽，拿下其中10站賽事冠軍，其中：
大滿貫：法網、溫網
大師賽：印第安維爾斯、馬德里、羅馬、蒙特婁、辛辛那提
ATP500：阿卡普爾科、巴塞隆納
ATP250：聖保羅、
年終世界排名：第一
（文、編輯：牛奶君，圖：李建藝、視覺中國）