呂思勉有多部史學名著，他在上世紀四五十年代寫過四部斷代史：《先秦史》《秦漢史》《兩晉南北朝史》《隋唐五代史》。通史類的作品他在1940年到1944年之間完成了《中國通史》上、下冊，然而就社會影響力而言，他所作的《白話本國史》最為人們所熟知。而其中的原因，乃是跟該書的查禁風波有直接的關聯。
關於《白話本國史》的出版情況及史學地位，王萌在《呂思勉<白話本國史>查禁風波探析》一文中寫道：「《白話本國史》於1923年9月由商務印書館出版，共分為4冊，約60萬字，上起遠古時代，下至民國十一年。此書為呂思勉任教於當時的瀋陽高師期間寫成，出版時書名上方題有『自修適用』字樣，說明了該書的出版意圖和使用對象。該書出版後長期被用作大學教本和青年自修讀物，並不斷再版重印，成為上世紀二三十年代發行量最大的一部中國通史。」
十字街入口
對於《白話本國史》為那個時代發行量最大的一部中國通史的結論，按照王萌在小注中的所言，這個結論本自張耕華所著《人類的祥瑞：呂思勉傳》。查張耕華的這部專著，此書中的原話為：「《白話本國史》是當時最完整的一部通史著作，全書約60萬字，分4冊，上起遠古時代，下至民國十一年華盛頓會議。1923年9月由商務印書館初版發行，其後不斷再版，僅1933年4月至1935年4月的兩年間，《白話本國史》（國難後的修訂本）就重版了4次，是二三十年代發行量最大的一部中國通史，長期以來被用作大學的教本，並作為青年『自修適用』的讀物，對當時的史學界有著廣泛而深遠的影響。」
其實《白話本國史》一書所創造的第一不僅僅是發行量方面，該書同樣是中國第一部白話本的通史。這個結論同樣出自張耕華的專著，本專著中還談到了呂思勉撰寫史書的緣由：「在瀋陽期間，他在歷年教學講稿和史學研究的基礎上，寫成了我國第一部白話本的通史著作：《白話本國史》。本世紀初，在社會上較有影響的歷史著作有日人那珂通世的《支那通史》、曾鯤化的《中國歷史》、夏曾佑的《中學中國歷史教科書》和劉師培的《中國歷史教科書》。這幾部歷史著作，雖然以通史或中國歷史命名，但實際上都是未完成的通史。《支那通史》原是為日本讀者而寫，下限只寫到南宋；劉書只寫到西周，實在只是上古史；夏書寫到隋朝，只能說是半部通史。這既難以適合學校教學的要求，也難以滿足一般讀者的需要。」
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正是因為該書的特殊性和通俗性，使得《白話本國史》風行天下，可是這部學術性的專著在暢銷了12年之後突然遭到了查禁，而其被禁的主要原因，乃是此書中講述到的南宋初年岳飛抗金與秦檜媾和的評價問題。
按照慣常的說法，岳飛主戰，堅決要搗毀金人的老巢，以此迎二帝還朝。而高宗趙構擔心真做到了這一點，他的皇位將不保，秦檜理解趙構的心情，故他以莫須有的罪名將岳飛殺害。由此使得岳飛成為了著名的民族英雄，而秦檜則是千年以來遭人唾棄的奸臣。然而呂思勉經過仔細的研究史料，發現事情並沒有人們想像的這樣簡單，他認為南宋和金朝的講和乃是出於當時形勢的不得以，主要原因是宋朝沒有一支有戰鬥力的軍隊：「宋朝南渡之初，情形是很危險的，其原因：……這時並無一支可靠的兵。當徽宗時候，蔡京等利用諸軍缺額『封樁其餉，以備上供』。北宋的兵力，本靠不住；這一來，便連靠不住的兵力，也沒有了（靖康時入援，以陝西兵多之地，竭力搜括，只得萬五千人）。南北宋之際，大將如宗澤及韓、岳、張、劉等，都是招群盜而用之，既未訓練，又無紀律，全靠不住。而中央政府既無權力，諸將就自然驕橫起來，其結果，反弄成將驕卒惰的樣子。」（《白話本國史》）
不知裡面情形
如此說來，南宋初年著名的大將包括宗澤、韓世忠、岳飛等人通過招降盜賊來擴充軍隊，這樣的軍隊無組織無紀律，當然難以跟金人作戰。在這種狀況下，只有講和是唯一的辦法。於是呂思勉在《白話本國史》第二節《和議的成就和軍閥的剪除》中寫道：「我說秦檜一定要跑回來，正是他愛國之處，始終堅持和議，是他有識力、肯負責任之處，能看得出撻懶這個人，可用手段對付，是他眼力過人之處，能解除韓、岳的兵柄，是他手段過人之處，後世的人卻把他唾罵到如此，中國的學術界真堪浩嘆了。」
呂思勉把秦檜的講和視之為愛國行動，並且說他有膽有識有責任心，而他解除主戰派韓世忠和岳飛的兵權也正是他具有高超的管理技巧，這樣一位全才式的人物，在後世卻始終受到唾罵，為此呂思勉為秦檜大感不平。而對於韓世忠、岳飛的能征善戰，呂思勉通過查證史料也發現了問題：
韓世忠江中之捷，是乘金人不善用水兵，而且利用大船的優勢，幸而獲勝；然亦終以此致敗。大儀之戰，只是小勝；當時金人以太宗之死，自欲引歸，和世忠無涉；參看《金史》便知。岳飛只郾城打一個勝戰。據他《本集》的捷狀，金兵共只一萬五千人；岳飛的兵，合前後的公文算起來，總在二萬人左右，苦戰半日，然後獲勝，並不算什麼稀奇。《宋史》本傳，巧於造句，說「兀朮有勁兵號拐子馬，是役以萬五千騎來」，倒像單拐於馬就有一萬五千，此外還有無數大兵，岳飛真能以寡擊眾了。以下又鋪張揚厲，說什麼「磁相、開德、澤潞、汾隰、晉絳，皆期曰與官軍會」；「自燕以南，金人號令不行」；真是說得好聽，其實只要把宋、金二《史》略一對看，就曉得全是瞎說的。十二金字牌之召，《本傳》可惜他「十年之功，廢於一旦」，然而據《本紀》所載，則還軍未幾，就「諸軍皆潰」了。進兵到朱仙鎮，離汴京只四十多里，更是必無之事。郾城以外的戰績，就全是莫須有的。最可笑的，宗弼渡江的時候，岳飛始終躲在江蘇，眼看著高宗受金人追逐；《宋史》本傳，還說他清水亭一戰，金兵橫屍十五里，那麼，金兵倒好殺盡了——韓、岳二人，是最受人崇拜的，然而其戰績如此。至於劉光世，則《宋史》本傳說他的話，就已經夠了。依我看，倒還是張俊，高宗逃入海的時候，在明州，到底還背城一戰。
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這裡所說的宗弼就是世人所熟悉的金兀朮，呂思勉說金兀朮打過長江時岳飛躲到了他處，而宋高宗趙構東躲西藏，岳飛並不去救駕。
這樣的敘述方式，當然使得岳飛的英雄形象大為受損，然而這種說法並非是呂思勉刻意立異，他在書中先引用了《文獻通考·兵考六》上的說法：「建炎中興之後，兵弱敵強，動輒敗北，以致王業偏安者，將驕卒惰，軍政不肅所致……張、韓、劉、岳之徒……究其勛庸，亦多是削平內寇，撫定東南耳。一遇女真，非敗則遁，縱有小勝，不能補過。」而後才寫出了上面那一大段話。
這段史實顛覆了人們慣有的認識，於是不斷有人向當局舉報這件事，《呂思勉全集·呂思勉先生編年事輯》在「民國二十四年乙亥(一九三五）五十二歲」有「三月，上海市國民黨黨部命令商務印書館修改《白話本國史》」，此條先引用了《白話本國史》中有問題的原文，而後稱：「按武穆之精忠與秦檜之奸邪，早為千古定論。該書上述各節摭拾浮詞，妄陳瞽說，於武穆極醜詆之能，於秦檜盡推崇之致，是何居心？殊不解際此國勢衰弱，外侮憑陵，凡所以鼓勵精忠報國之精神、激揚不屈不撓之意志，在學術界方鑿交相勸勉，一致努力。乃該書持論竟大反常理，影響所及，何堪設想。擬請貴會嚴飭該書著作人及商務印書館，限期將上述各節迅即刪除改正。在未改正以前，禁止該書發售，以正視聽而免淆惑。除令本市社會局嚴禁該書在本市銷售，並通飭各級學校禁止學生閱讀外，相應函請查照核辦見覆為荷。」而對於這段引文，王萌在文中亦有部分引用，然其小注稱這段引文出自「《禁止呂思勉著白話本國史於在未刪正以前在本市銷售案》，《南京市政府公告》第151期，1935年3月，第50-51頁。」
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為什麼《白話本國史》在暢銷12年後才被禁？王萌認為這跟當時的社會環境有直接的關聯：「事實上，在『九·一八』事變之後，有不少知識分子喜歡借歷史上南宋抗金的故事，來表達對時局的擔憂和對國民黨消極禦侮的不滿。例如1932年又發生了日軍進攻上海的『一·二八』事變，當時思想學術界的許多著名人物，都借南宋抗金事例來批評國民黨中央政府的消極抵抗政策。陳寅恪、吳必等公開致電國民政府，稱今日之事『不用岳飛，即用秦檜。若用秦檜，則請斬蔡廷鍇以謝日本，萬忽陽戰陰和，以欺國人』。王造時甚至將國民政府比作通敵賣國的秦檜，指其只知對內，不知對外。與此同時，《清華周刊》發表了一篇署名『西傑』的文章，將呂思勉『貶岳稱秦』的觀點稱為『新秦檜論』，藉此諷刺國民政府的消極抵抗態度。受當時思想界的影響，一些青年學子還將南宋抗金人物作為研究方向，例如當時考入北大史學系的鄧廣銘，就由此開始了自己的學術事業。」
《白話本國史》被禁之後，有人對此鳴不平，1935年3月12日，南京《朝報》主筆趙超構刊發了《從秦檜說起》一文，趙超構認為呂思勉在文中所寫乃是學者研究的結果，不應當把學術研究跟政治掛起鉤來，而相關部門同樣不能把現在的國家形式跟南宋相提並論。趙超構在文中寫道：「岳飛之主戰論當然易於譁眾媚俗，秦檜之有勇氣主張宋金提攜，打開宋金間之僵局，其忍辱負重的精神，即在目前看來，也未可厚非。作史者不說岳飛唱高調，偏說秦檜是漢奸，難怪呂思勉不服氣。」
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趙超構的這篇文章發表後不久，南京《救國日報》主編龔德柏對趙文予以駁斥，他在該報的社論中寫出《漢奸世界》一文，龔指責當局對日本委曲求全，而呂思勉的《白話本國史》乃是「希圖迎合意旨」，而趙超構所寫該文竟然支持這樣的言論。趙看到此文後，在3月20日和21日的《朝報》上連載了《辟某報之漢奸論》一文，趙在此文中強調了學術自由的觀念：「一個治學者(尤其是史學家)應有的自由，和他的責任，社會上是把他分析得非常清楚的，為秦檜作曲解者，在呂思勉以前，早已有之，雖不能免於責難，然其應負的責任，也自有相當的分際，從來沒有人拿漢奸一類的太苛刻的惡名硬加在一名純粹著書人的身上的。」
到了1935年5月，龔德柏將《白話本國史》的出版方商務印書館著作人呂思勉以及《朝報》的經理王公弢和主筆趙超構一併告到了江蘇高等法院，法院經過審理，最終認定《白話本國史》中的所言「不過一種史評就古代人之減否加以論列，其以現代事實推想古代事實之說，系與研究歷史之結果與見解而發，既無通謀外國，危害民國獨立與領土完整之事實，既不構成刑法第一百零八條之罪。」故決定對這些人不予起訴，而對於本書是否違反了出版法，一個月後，法院再判無罪，同時要求商務印書館收回該書舊版，撤掉書中「宋金和議」一節。於是商務按此辦理，插入修改後的文字重新裝訂出售。之後龔德柏又拿到了該書的不同修訂版，其再次告到江蘇高等法院，而後法院作出終審判決，維持原判駁回龔德柏的請求。
正是因為這場風波，使得《白話本國史》更受世人矚目，刪改後的該書在社會上更加暢銷，但呂思勉本人認同這樣的刪改嗎？王萌在文中說：「在《白話本國史》的修改版刪去了原版有關『將驕卒惰』的批評，並將有關郾城大捷的評價，由原來歸於金兵的『輕敵』和岳軍的『僥倖』，轉而改為肯定宋朝的勝利，且對秦檜堅持議和及殺岳飛之事提出了批評。還刪去了原版個人色彩濃厚的評論性語言，而只是羅列正史中所載的一些史實。但在1944年出版的呂著《中國通史》中，作者仍然堅持了原來的觀點。由此看來，此次《白話本國史》的修改很可能只是商務印書館的行為，呂思勉本人並不認同。」
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從呂思勉的家族情況看，他也是出自書香世家，呂思勉在《中國史籍讀法》中講到過他的先祖：「我清初的祖宗呂宮，乃是明朝一個變節的士子。他入清朝便考中了狀元，官做到大學士。其時年事尚輕，正可一帆風順，大做其清朝的偽官，卻忽然告病回家了。而其時實在並沒有什麼病。這是何緣故呢？我們族中相傳有一句話：說是由於當時的皇太后要和他通姦，他知道嫪毒是做不得的，將來必遭奇禍，所以趕快託病回鄉了。」
呂思勉的先祖呂宮乃是清初的狀元，雖然有這樣的故事在，但狀元的身份還是令世人所矚目。呂思勉的高祖呂子珊是嘉慶十五年的舉人，曾祖呂佑遜是道光二年的舉人，祖父呂懋先為國學生，而父親呂德驥少有文名，曾任江清縣學教諭。這樣的家庭氛圍當然對呂思勉有較大影響力，呂思勉對史學的偏好始自幼年，他在《少年得益於父母師友》一文中自稱：「我和史學發生關係，還遠在八歲的時候：我自能讀書頗早，這一年，先母程夫人始取《綱鑑正史約編》為我講解。先母無暇時，先姊頌宜亦為我講解過。約講到楚漢之際，我說我自己會看了，於是日讀數頁。約讀至唐初，而從同邑魏少泉先生讀書。先生命我點讀《綱鑑易知錄》，《約編》就沒有再看下去，《易知錄》是點讀完畢的。」
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但是，呂思勉對正史的偏愛卻是受屠寄的影響，清光緒三十年左右，常州人於定一、莊俞等在常州鐵市巷租房創建了「讀書閱報社」，此社除了供人閱讀書報之外，還時常邀請一些學者來講課。光緒三十一年，屠寄返鄉一個階段，他被閱報社請去講元史，呂思勉也前去聽講。呂思勉在《我學習歷史的經過》一文中說道：「年二十一歲，同邑屠敬山先生在讀書閱報社講元史，我亦曾往聽，先生為元史專家，考據極精細，我後來好談民族問題，導源於此。」
其實在此呂思勉已經開始讀正史：「我讀正史，始於十五歲時，初取《史記》，照舊方評點，用五色筆照錄一次，後又向丁桂徵先生借得前後《漢書》評本，照錄一過。《三國志》則未得評本，僅自己點讀一過，都是當作文章讀的，於史學無甚裨益。……四史讀過之後，我又讀《晉書》《南史》《北史》《新唐書》《新五代史》，亦如其讀正續《通鑑》及《明紀》然，僅過目一次而已。」正是受屠寄的影響，呂思勉開始讀前四史，但讀完之後，他又再接再厲地讀其他幾史：「始讀遼、金、元史，並將其餘諸史補讀。第一次讀遍，系在二十三歲時，正史是最零碎的，匆匆讀過，並不能有所得，後來用到時，又不能不重讀。人家說我正史讀過遍數很多，其實不然，我於四史，《史記》《漢書》《三國志》讀得最多，都曾讀過四遍，《後漢書》《新唐書》《遼史》《金史》《元史》三遍，其餘都只兩遍而已。」