提起南懷瑾，有人標榜他為國學大師，但也有人認為他是學術騙子，真可謂是譽滿天下，謗滿天下。但是不可不承認，是他將中國傳統文化喚醒的，是他興起了社會各界對中華文明的重新認識。
南懷瑾的祖先南宋時因躲避戰亂遷居到浙江溫州樂清縣。他的父親南正裕，母親南趙氏，他們夫妻倆在樂清縣地團葉村開了雜貨鋪，做點小買賣。但是夫妻結婚多年未能生個一兒半女，聽說樂清城隍廟求子很靈，於是夫妻倆就到城隍廟求子，之後不久，南趙氏就懷孕了，於1918年3月18日，農曆二月初六亥時生下了南懷瑾。
小時候的南懷瑾一點大師的樣子沒有，六歲時讀私塾，十一歲時到縣裡的公立小學讀書，但是由於不好好學習，十二歲時學校給了他一個肆業證書，意思是學業不合格。父親看他不是讀書的料，於是讓他去學門手藝，到他的一個親戚家的商店當學徒，回來好傳承家業，怎料南懷瑾就是不干。父母拿他沒轍，於是逼他讓他學習，請來了當時博古通今的老學究葉公恕。葉老先生一來，沒想到南懷瑾還真認真學了。
過去結婚都是父母包辦，而且結婚早，南懷瑾也不例外。十七歲時，南懷瑾聽從父母之命，跟比他大三歲的姨表姐王翠鳳結婚了，之後王翠鳳給南懷瑾生了個兒子。
在家學習期間，他無意中看了武俠小說，被深深迷戀，無法自拔，因此經常想，自己要有那些工夫該有多好。再由於從小就體弱多病，於是他想到了練武術強身健體。1935年，他第一次遠離家鄉，來到杭州，在杭州一家國術館學習武術。
一日，南懷瑾在杭州西湖練功，偶然邂逅聖士法師，二人交談甚歡。聖士法師給他引到一處廟裡，是《申報》總經理史量才的家廟，後門直通給他的姨太太沈秋水修建的秋水山莊。一進秋水山莊，看到許多書，還有道家功法秘籍，於是經常來這裡看書。一日，聖士法師讓他看看《金剛經》，這一看還了得，他後來回憶說：「感覺自己經也念不下去了，身體也看不到了，沒有念頭可起了。」聖士法師見此情景很高興，認為他在得道的路上走出了重要的一步。
根據聖士法師的指引，南懷瑾尋訪得道高人。他來到城隍山，這高人很難見，一日，高人同意見他，南懷瑾很高興。但是高人對他說：「我不能教你，你另有名師，但是我還是囑咐你兩點。一是看什麼都要放鬆，要讓東西進入眼睛裡。二是把心裡的東西通通丟掉。」南懷瑾通過習武，體弱多病的身體大有改進，雖然還是看起來瘦弱，但是從這以後再也沒生過大病。
1937年5月，南懷瑾和聖士法師去四川青城山訪道，但是不到兩個月，全面抗戰爆發，南懷瑾看到山河國破，滿目瘡痍，大量逃難的國民，有感而發，於是改了一首清朝的詞，表達了他此時此刻的心情：
收拾起山河大地一擔裝
去後方
歷盡了
渺渺途程
漠漠平林
壘壘高山
滾滾大江
似這般寒雲慘霧和愁苦
訴不盡國破家亡帶怨長
雄城壯
看江山無恙
誰識我一瓢一笠走他鄉
他於是決定要報效國家，到中央軍校學習，不久畢業，還當了教官。1942年，南懷瑾在都江堰偶遇當時的「開悟」人士袁煥仙居士，二人交談甚歡。於是南懷瑾辭去工作，專門跟袁煥仙研習佛法。袁煥仙曾三次會見虛雲法師，他們之間的交談內容被南懷瑾記錄了下來，後來整理成書，定名為《靈岩語屑》。
1943年，聽聞峨眉山大坪寺珍藏有《大藏經》，於是前往要讀閱，但是在那裡不是出家人不讓看。於是，南懷瑾剃度出家，取法號「通禪」。南懷瑾用三年讀完了1669部7168卷的《大藏經》。之後，他來到峨眉山山谷間，問了普賢菩薩兩個問題：
一，我見所悟對不對？
二，我所做的降伏法，施食，對不對？
又發願將文化斷層接續起來。突然黑夜亮如白晝，天空響起猶如獅子吼的聲音。
之後，南懷瑾下山還俗，為的是完成他一生的夙願。離開大坪寺時作詩一首：
不二門中有發僧，聰明絕頂是無能。
此生不上如來坐，收拾河山亦要人。
1949年2月，南懷瑾去往台灣。剛到台灣時，居住地附近一家小旅館失了火，由於南懷瑾心善，便讓那些人到他這裡住，這其中就包括來自吉林長春的妙齡少女楊向薇。二人一來二去產生了好感，不久就結了婚，婚後育有二子二女。
婚後迫於生計，他跟溫州老鄉做起了船運生意，但是賠的血本無歸，成了窮光蛋。就在這困頓時期，他完成了著作《禪海蠡測》，1955年出版，但是一本也沒賣出去。但是他依然筆耕不輟，憑著驚人的記憶力完成了《楞嚴大義今釋》、《楞伽大義今釋》兩部著作。但是放在書店、書攤上很少有人購買。窘迫的生活曾一度靠典當生活。1960年，胡適偶然讀到《楞嚴大義今釋》，認為很有道理，於是向朋友推薦，從這以後，南懷瑾才逐漸為世人所知。
1963年，南懷瑾引起了台北中文大學創辦人張其昀的注意，主動邀請南懷瑾當教授，南懷瑾接受了聘請，但是不去學校授課，而是在他家裡。
隨後，他在輔仁大學開設《易經》課，古今中外，天南地北，人情世故，都能融匯進去。。每次講課，學生都排到窗外。雖然南懷瑾講《易經》，但不倡導年輕人研究《易經》，凡事未卜先知，其實並不吉利。
1966年，蔣氏父子邀請南懷瑾到三軍各駐地宣講中華傳統文化，此後，台灣一些政要都拜在他門下。他每周四給這些政要開設特別班，這個班大約延續了四年。每天都是門庭若市，街上停滿了轎車，站滿了警察。
1977年，南懷瑾的演講錄《論語別裁》出版，用簡潔的語言為我們講述了鮮活生動的孔子。到1988年連續印行了18版，香港、新加坡也爭相翻印，聲名傳至台灣島外。
除此之外，南懷瑾還做了許多實事，例如為災區捐款，成立基金會，修建學堂，創辦獎學金等等。
1988年，南懷瑾移居香港，同年推動金溫鐵路的修建。上世紀九十年代初為兩岸交流作出較大貢獻，同時其著作在大陸不脛而走，形成了「南懷瑾熱」，讓大家重新認識了中華傳統文化，人們親切的稱南懷瑾為「南師」。
1994年，廈門普陀寺住持妙湛法師邀請南懷瑾前來講禪，離開大陸四十五年，轉眼間已經七十七歲的老人，南懷瑾又踏上了這片熟悉的土地。
2000年，南懷瑾正式在大陸定居，居住在上海。2002年，南懷瑾定居在江蘇省蘇州市吳江區。並修建太湖學堂，旨在傳播中國傳統文化，同時與現代自然科學、人文科學相結合，發展認知科學與生命科學研究。
2012年，南懷瑾身患肺炎，他選擇不與病魔抗爭，從容面對，十分淡定。這一年農曆二月初六，南懷瑾九十五歲生日，來了許多好友為他慶祝，面對這些友人，南懷瑾說道：「以後再也沒人批評你們了。」有人問南懷瑾什麼是養生，南懷瑾回答：「忘掉身體，忘掉自己。」
2012年9月29日，農曆八月十四，南懷瑾乾咳不止，弟子們和孩子們執意要送他去醫院，南懷瑾同意。在醫院經過醫生的檢查後，醫生說沒有辦法了，於是又送回了太湖大學堂。回太湖大學堂後，下午4點，他坐了起來，叫來弟子和孩子們，並在兒子南一鵬手上寫了兩個字「平凡」。之後說：「我累了，我要休息了。」這時他的心臟停止了跳動，弟子們和孩子們以為是打坐入定，但是不久卻定已去世，享年九十五歲。
南懷瑾的喪事從檢，第二天中秋節就火化了，網上流傳他有舍利子，其實是騙人的。驚聞南懷瑾逝世的消息，不少樂清家鄉的民眾前來送別，並有人手扯橫幅，上書：「家鄉人民懷念南懷瑾先生。」之後，靈骨被安放在了四川成都文殊院。
南懷瑾認為：「儒家是糧店，飯是天天要吃的；道家是藥店，平時可以不去，但是關鍵時候必須去；佛家是百貨商店，應有盡有，有錢有時間，就可去逛逛。逛了買東西也可，不買東西也可，根本不去逛也可以，但是社會需要它。 」
上下五千年，縱橫十萬里；
經綸三大教，出入百家言。
這，就是南懷瑾！