明孝陵的修建時間距離今天並不久遠，明史中對朱元璋葬於此處也有些許的記載，然而，歷史上，對於朱元璋是否葬在明孝陵曾有不同的說法。
根據南京民間傳言，朱元璋自知殺戮太重，深怕死後不得安寧，因此明孝陵只是「疑冢」，朱元璋真正的壽陵在南京朝天宮的三清殿下，這個說法自清初便已流傳。民間還流傳著「十三疑棺」的說法。據說在下葬當日，十三口棺材同時從南京十三個城門口抬出城外，真假莫辨。就普通百姓而言，真相是什麼是無關緊要的，他們也樂得添油加醋一番，所以，後來人只會離真相越來越遠。
對於古人來說，只有挖開封土才能得到真相。好在今時不同往日，即便不挖開陵山，先進的儀器也能探測出地底下的大概情況。
自1997年起，耗時6年，考古學家最終確認了紫金山獨龍阜玩珠峰下，距離地表十幾米深的位置有地宮痕跡，其大小大約為南北90米、東西50米，未被盜掘。據探測，獨龍阜山體表面有60%的人工動土痕跡。
明孝陵地宮，也就是如今明孝陵景區的「寶城（寶頂）」，位於方城明樓之後，是偏離明樓中軸線的，地宮入口的墓道也是偏的，並且墓道還不是直的，這與以往帝陵地宮的設計有很大的不同。這一看似簡單的改變卻能很大程度上起到防盜的作用，因為盜墓賊很難找到墓道的位置，更不要說挖到地宮所在了。
其實，從明孝陵的地面建築就可以窺見它的與眾不同了。明孝陵的修建未完全按照唐宋帝陵規制，而是開創了一番帝陵新氣象。
首先，明孝陵廢除了方上、靈台、方垣、占卜宮的制度，新創了圜丘、方城、明樓、享殿等一套建築體制。
其次，明孝陵陵區採用了「前方後圓」的布局，「前方」即以享殿為中心的供後世子孫祭奠供奉的場所，「後圓」指的是地宮所在的寶城，這或許是為了迎合古代「天圓地方」的思想觀念。
此外，有學者指出明孝陵陵區的主要建築從下馬坊起，經大金門，望柱、欞星門、金水橋、享殿至寶城，連起來是一個北斗七星的形狀，此說略微勉強，但也不能完全否定。因為朱元璋生前確實很在意天象，皇城也取名為「紫禁城」，「紫」便是代表紫微星，意指「天帝」所居。1956年，當定陵地宮內萬曆帝後的棺木被打開時，萬曆帝後入葬的姿勢也是很奇怪的，有人分析是「北斗七星式」，或許這是有明一代天子的傳統。
正是因為有諸多的創新之舉，才讓民間盜墓賊摸不著頭腦吧。加之明孝陵本身是從山腰橫向陶洞，但又在地宮頂部，封土之下鋪了厚厚的鵝卵石，既能抵抗雨水對陵墓表面長年累月的沖刷，又能迷惑盜墓賊，這樣的設計，實在是妙。
自古盜墓分「官盜」與「私盜」，官盜如董卓、曹操一類發動大軍掘墓者，私盜多出自民間。像帝陵這樣具有龐大的規模的墓葬，只要營建得法，一般盜墓賊是很難得手的，但對於官盜來說，就是小菜一碟了。而朱元璋的人格魅力，不但讓清朝統治者對其保護有加，就連太平天國的頭領也對其加以守護。
滿清尚未入關之時，多爾袞就遣大學士馮銓祭拜明孝陵，多鐸也曾親往拜謁。順治皇帝更是認為「歷代賢君，莫如洪武」。其對朱元璋的評價之高亦或影響了後來的清朝皇帝，如康熙。歷史上康熙多次拜謁明孝陵，在第三次祭拜時親書「治隆唐宋」，認為朱元璋智勇謀略，制度周詳，皆在唐宋帝王之上。乾隆似乎又受康熙影響，也曾數次親往明孝陵祭奠，行三跪九叩之大禮。其中固然有討好南方士人之意，但也卻有幾分真心。所以，清朝統治者對包括明孝陵在內的明帝陵保護有加。
明孝陵內的地面建築雖很多毀於太平天國時期，但太平天國頭領洪秀全對朱元璋也是很崇敬的，他曾率領太平天國百官祭奠朱元璋，在祭文中洪秀全自稱是「不肖子孫」，發願指日北征，驅除異族，上慰朱元璋在天之靈，下救百姓於水火之中。正是以洪秀全為代表的太平天國領袖對朱元璋有明一代的認同，這在很大程度上杜絕了其內部對明孝陵的盜掘，如果不是因為這一點，明孝陵地宮是極有可能在此時被盜一空。
清朝之後，由於明孝陵地面建築又多已被毀，加之明孝陵特殊的修建方式，像這樣的大墓，一般的盜墓賊是很難偷盜成功的。所以，歷經600多年，明孝陵地宮依舊完好。2003年，明孝陵、十三陵被列入《世界遺產名錄》，彰顯了明代帝陵的重要地位。