木秀於林，風必摧之。
監察御史里行何正臣，率先摘引蘇軾《湖州謝上表》中「新進」、「生事」等語上奏，說蘇軾「愚弄朝廷，妄自尊大」，暗譏朝政。
何正臣的彈劾，只是給烏台詩案起了個頭，單憑《湖州謝上表》裡一兩句話，想給蘇軾定罪，那幫御史們，深深知道，這是不可能、也是行不通的。
偏偏湊巧，也活該蘇軾倒霉，當時出版的《元豐續添蘇子瞻學士錢塘集》，給御史台的新人提供了收集材料的機會。監察御史台里行舒亶（dǎn）經過四月潛心鑽研，找了幾首蘇軾的詩，就上奏彈劾蘇軾說：
「至於包藏禍心，怨望其上，訕瀆謾罵，而無復人臣之節者，未有如軾也。蓋陛下發錢（指青苗錢）以本業貧民，則曰『贏得兒童語音好，一年強半在城中』；陛下明法以課試郡吏，則曰『讀書萬卷不讀律，致君堯舜知無術』；陛下興水利，則曰『東海若知明主意，應教斥鹵（鹽鹼地）變桑田』；陛下謹鹽禁，則曰『豈是聞韶解忘味，爾來三月食無鹽』；其他觸物即事，應口所言，無一不以譏謗為主」。
馬上，國子博士李宜之、御史中丞李定前腳後腳殺到，他們紛紛歷數、指控蘇軾的罪行，聲稱必須因其無禮於朝廷而斬首。李定舉了四項理由說明為什麼應當處蘇軾極刑。他說：「蘇軾初無學術，濫得時名，偶中異科，遂叨儒館。」接著說蘇軾急於獲得高位，在心中不滿之下，乃譏訕權要。再次，皇帝對他寬容已久，冀其改過自新，但是蘇軾拒不從命。最後，雖然蘇軾所寫詩之荒謬淺薄，但對全國影響甚大，「臣叨預執法，職在糾察，罪有不容，豈敢苟止？伏望陛下斷自天衷，特行典憲，非特沮乖慝之氣，抑亦奮忠良之心，好惡既明，風俗自革。」
於是，朝廷派出的欽差皇甫遵去湖州拘捕蘇軾。「烏台詩案」，正式立案。
山雨欲來風滿樓，烏台詩案蘇軾慌。
其時，蘇軾的好友駙馬王詵，知道烏台詩案案發這個消息，快馬加鞭派人去南京，給在南京做官的蘇轍送信，蘇轍馬不停蹄派人去湖州告訴蘇軾，朝廷派出的欽差皇甫遵也同時出發，但蘇轍的人先到，蘇軾知道消息，立即請假，由通判祖無頗權攝州事。
皇甫遵到時，湖州太守官衙的人慌做一團，深知天威難測，誰也不知會有什麼事發生，也不知何以應對、何以解憂。蘇軾嚇得不敢出來，與通判商量，通判說：「事已至此，無可奈何，需出見之。」蘇軾一聽，就準備出去。祖無頗連忙提示：「衣服，衣服。」蘇軾說：「既有罪，不可穿朝服。」祖無頗提醒道：「未知罪名，仍當以朝服相見」。於是蘇軾穿上官衣官靴，面見欽差皇甫遵。
蘇軾首先說話：「蘇軾自來疏於口舌筆墨，著惱朝廷甚多，今日必是賜死。死固不敢辭，乞歸與家人訣別。」
皇甫遵淡然道：「不至於此。」命士兵打開公文一看，是份普通公文，不過是以蘇軾以詩文訕謗朝廷，傳喚進京而已；要蘇軾立即啟程。
太守官衙的人全都嚇得手足無措，個個躲躲藏藏。蘇軾途經揚州江面和太湖時，多次想跳水自殺。因不知道要判什麼罪，並且怕他的案子會牽連好多朋友。等再一想，真跳了水，又會給弟弟招致麻煩。家裡燒了他大部分與友人的通信和手稿，家人到了安徽宿縣，御史台又派人搜查他們的行李，找蘇軾的詩，書信和別的文件。後來蘇軾發現自己的手稿殘存者不過三分之一。
蘇軾七月二十八日被逮捕，八月十八日送進御史台的監獄。二十日，被正式提訊。「烏台詩案」，正式查處。
「夢繞雲山心似鹿，魂飛湯火命如雞」。
蘇軾下獄後未卜生死，面對審訊者通宵達旦的審問，巨大精神壓力，一日數驚。在等待最後判決的時候，其子蘇邁每天去監獄給他送飯。由於父子不能見面，所以早在暗中約好：平時只送蔬菜和肉食，如果有死刑判決的壞消息，就改送魚，以便心裡早做準備。一日，蘇邁因銀錢用盡，需出京去借，便將為蘇軾送飯一事委託遠親代勞，卻忘記告訴遠親暗中約定之事。偏巧那個遠親那天送飯時，給蘇軾送去了一條熏魚。蘇軾一見大驚，以為自己凶多吉少，便以極度悲傷之心，為弟蘇轍寫下訣別詩兩首。
其一：「聖主如天萬物春，小臣愚暗自亡身。百年未滿先償債，十口無歸更累人。是處青山可埋骨，他年夜雨獨傷神。與君世世為兄弟，更結來生未了因。」
其二：「柏台霜氣夜淒淒，風動琅璫月向低。夢繞雲山心似鹿，魂飛湯火命如雞。額中犀角真君子，身後牛衣愧老妻。百歲神遊定何處？桐鄉應在浙江西。」
蘇軾自知詩作寫好之後，必定是要上呈給皇帝的。想著只要耽擱了兩天，說不定可以使皇帝收回成命。
烏台詩案遇貴人，蘇軾九死遇一生。
大約從十二月起，「烏台詩案」進入了判決階段。陳睦的「錄問」完成後，交給大理寺審判，大約十二月初，大理寺進行了初判。大理寺的判詞根據《續資治通鑑長編》（以下簡稱「長編」），則其要點概括為： 「當徒二年，會赦當原。」換言之，大理寺官員通過檢法程序，判定蘇軾所犯的罪應該得到「徒二年」的懲罰，但因目前朝廷發出的「赦令」，其罪應被赦免，那也就不必懲罰。
但是，御史台本意欲置蘇軾於死地，御史台當然反對大理寺審判結果，大理寺的初判顯然令御史台非常不滿，《長編》在敘述了大理寺「當徒二年，會赦當原」的判決後，續以「於是中丞李定言」、「御史舒亶又言」云云，即御史中丞李定和御史舒亶反對大理寺判決的奏狀。他們向皇帝要求對蘇軾「特行廢絕」，強調蘇軾犯罪動機的險惡，謂其「所懷如此，顧可置而不誅乎」？不過李定和舒亶的兩份奏狀並不包含司法方面的討論，沒有指出大理寺的判詞本身存在什麼錯誤，只說其結果不對，起不到懲戒蘇軾等「舊黨」人物的作用。
不過，審刑院支持大理寺審判結果。審刑院是幹啥子的呢？其關鍵作用，在案件審核中起到覆核作用。從《重編東坡先生外集》所載「審刑院本」的結案判詞可以看出，審刑院支持了大理寺「當徒二年，會赦當原」的判決，並進一步強調赦令的有效性。其結案判詞可以被梳理為三個要點：一是定罪量刑，蘇軾所犯的罪「當徒二年」；二是強調赦令對蘇軾此案有效，「會赦當原」，也就是免罪；三是根據皇帝聖旨，對蘇軾處以「特責」。
誰也沒想到，生死關頭，當時當朝居然多人為蘇軾求情，宰相吳充直言：「陛下以堯舜為法，薄魏武固宜，然魏武猜忌如此，猶能容禰衡，陛下不能容一蘇軾何也？」王安石也勸神宗說：聖朝不宜誅名士。
但是，關鍵時候，一錘定音者，還是太皇太后曹氏，她把宋仁宗搬出來干預：「昔仁宗策賢良歸，喜甚，曰：『吾今又為吾子孫得太平宰相兩人』，蓋軾、轍也，而殺之可乎？」
最後，宋神宗聽取了太皇太后曹氏的勸阻，沒有誅殺蘇軾。十二月二十九日，聖諭下發，蘇軾貶往黃州，充團練副使，但不准擅離該地區，並無權簽署公文。元豐三年(1080年）二月，蘇軾因「烏台詩案」貶謫黃州（今湖北黃岡）團練副使。
蘇軾，身陷囹圄，誠惶誠恐，本以為自己「兩頭不討好」的性格，定會招致「牆倒眾人推」的悲慘命運，心想新黨定會將自己置於死地，哪成想連王安石都出面保他，這時候，蘇軾恐怕應該會感動得痛哭流涕吧！不過，蘇軾還真應該感謝他們，如果沒有宰相吳充、卸任宰相王安石的求情，恐怕也感動不了太皇太后曹氏，以至於在關鍵時刻，她搬出宋仁宗遺旨來救蘇軾一命。正所謂，「烏台詩案遇貴人，蘇軾九死遇一生」！