元代的軍事戰爭一是元軍平金；二是民眾起事。
一、金元交兵
貞佑五年（1217年）「八月……乙丑，宋人掠沈丘，殺縣令」。同年閏十二月「壬寅……陳、亳等州，鹿邑、城父諸縣，盜蜂起，趣樞府遣官討之。捕盜軍所過殘民，遣御史一人按視。軍所獲牛，有司以官錢收贖」《金史•宣宗紀下》。
金正大九年（1231年）正月，元騎兵自鄧州（今河南鄧州市）北上至亳州，包抄鹿邑（治今鹿邑縣試量鎮西北），駐紮在衛真（治今鹿邑縣城）西北50里處。鹿邑縣令高昂霄得悉太康已降，便夜間繞道亳州，到達衛真，與衛真縣令楚珩一同逃奔亳州，衛真、鹿邑降元，兩縣遂被元軍占據。《金史•粘哥荊山傳》記載：正大「九年正月己丑，游騎自鄧至亳，鈔鹿邑，營於衛真西北五十里。鹿邑令高昂霄知太康已降，即夜趨亳，道出衛真，呼縣令楚珩約同行。珩知勢不支，即明諭縣人以避遷之意，遂同走亳。丁未，二邑皆降。」
金開興元年、元太宗四年（1232年），蒙將薛塔刺海「取鄢陵、扶溝」(《元史•薛塔刺海傳》)。
元太宗五年、金哀宗天興二年（1233年），蒙軍攻占汴京後攻打睢陽，蒙將劉斌駐軍於杏堆。杏堆距陳州70里，劉斌聽說金軍屯兵於陳州近郊，乘夜突襲，大敗金軍。蒙軍乘勝攻克太康，金兵望風披靡，守將被擒。據《元史•劉斌傳》記載：「歲壬辰，（劉斌）攻河南，以功授中翼都統。攻睢陽軍，軍杏堆，距陳州七十里。聞陳整軍於近郊，斌率眾夜破之。又擊走太康守兵，擒其將，三日，太康陷。榮言于帥阿術魯曰：『太康之平，摧其鋒者，斌也。』」又據《新元史•劉斌傳》記載：劉斌「從攻歸德，軍杏堆，距陳州七十里，聞金兵屯州城外，斌率眾夜破之。又襲敗太康兵，拔其城。」
金哀宗天興二年（1233年），蒙古軍攻破汴京，金哀宗逃至蔡州（今河南汝南）。蒙金戰爭以河南區最為激烈，而周口一帶地處汴京、蔡州之間，所受破壞最為嚴重。蒙古軍「所過無不殘滅，兩河山東數千里，人民殺戮幾盡，金帛子女牛羊馬畜皆席捲而去，屋廬焚毀，城郭丘墟」(《建炎以來朝野雜記》卷19《韃靼款塞》)。金亡後，蒙古軍「西起穰、鄧，宿重兵與襄陽制閫騎角，東連陳、亳、清口、桃源，列障守之」（蘇天爵：《元朝名臣事略》卷8《萬戶張忠武王》)。
蒙古軍攻略周口一帶時大肆殺戮，社會經濟遭嚴重破壞。除屠殺外，蒙古軍還擄掠包括周口地區在內的河南人口，蘇天爵《元文類》卷57《中書令耶律公神道碑》載：「河南初破，俘虜者不可勝計」。蒙古統治者曾行「徙遺民實北邊」之策，把河南、淮北居民遷徙河北，淮北人口散亡，「餓浮盈道」(《元史•宋子貞傳》)。
元朝取得政權前實行「落兵制」，即本部落15歲至70歲男子全部當兵，上馬作戰，下馬畜牧。本族人編為蒙古軍，其他少數民族合編為「探馬赤軍」。進入中原後，抽調20歲以上漢人，編為漢軍，作為守衛當地的地方軍。中統元年（1260年）五月，詔漢軍萬戶屯駐各地，「扶溝馬軍奴一百二十九人」，太康駐紮弩軍2800人。中統二年（1261年）三月「辛酉，詔太康弩軍二千八百人戍蔡州」(《元史•世祖紀一》)。
二、民眾起事
金興定五年（1221年），宋攻打沈丘，殺死沈丘縣令。
金貞柘三年（1215年），太康人劉全等進入衛真境內活動，劉全自稱「愛王」，醞釀起事，由於事泄，劉全等人被捕殺。興定二年（1218年），亳州人孫學究等假說劉全未死，「愛王終當奮發」，衛真百姓王深等人皆信之，密議起事，被官府發覺，52人被殺。興定五年（1221年），鹿邑、衛真、城父（今安徽渦陽）等縣農民紛紛反抗官府，官兵以緝拿為藉口，濫殺無辜，搶掠財物，殘害百姓。據《金史•世宗諸子•永中傳》記載：「貞佑三年，太康縣人劉全嘗為盜，亡入衛真界，詭稱愛王。所謂愛王，指石古乃。石古乃實未嘗有王封，小人妄以此目之。劉全欲為亂，因假託以惑眾，誘王氏女為妻，且言其子方聚兵河北。東平人李寧居嵩山，有妖術。全同縣人時溫稱寧可論大事，乃使范元書偽號召之。寧至，推為國師，議僭立。事覺，全、溫、寧皆伏誅。貞右四年，潼關破，徙永中子孫於南京。興定二年，亳州譙縣人孫學究私造妖言云：『愛王終當奮發，今匿跡民間，自號劉二。』衛真百姓王深等皆信以為誠然。有劉二者出而當之，遣歐榮輩結構逆黨，市兵仗，大署旌旗，謀傈立。事覺，誅死者五十二人，緣坐者六十餘人。」
開興元年（1232年）正月，扶溝民錢大享、李鈞起事，殺死縣令王浩、主簿劉坦、縣尉宋乙等人。《金史•哀宗上》載：開興（1232年）「壬寅，扶溝民錢大享、李鈞叛，殺縣令王浩及其簿尉。」《金史•王浩傳》載：「開興元年正月，民錢大享等執縣官送款於北，大享以浩有恩於民，不忍加刃，日遣所知勸之降，浩終不聽，於是殺之，無血。主簿劉坦、尉宋乙並見害。棄屍道路，自春徂夏，獨浩屍儼然如生，目且不瞑，烏犬莫敢近，殆若有神護者。」
魏琰，字子浩，以父恩授秘書省正字，為吏強敏。「嘗通判陳州，適歲飢，百姓相率強取人粟，坐死者甚眾，琰曰：『此迫於窮餓，豈得已者。』坐其首黥之」(《宋史•魏琰傳》)。
元末，政治黑暗，統治階級內部政局動盪。蒙元政府橫徵暴斂，土地高度集中，社會經濟衰敗，階級矛盾和民族矛盾激化。元順帝至元三年（1337年），棒胡在信陽、陳州、鹿邑等地發動領導農民起義。棒胡，名胡閏兒，陳州（今淮陽縣）人，善於使棒，因稱「棒胡」，是河南很有影響的一個白蓮教主。陳州、鹿邑、信陽等地都有他的徒眾。至元三年（1337年）春，他以燒香聚眾，在信陽州（治今河南羅山）起義，稱李老君天子，置彌勒佛小旗、紫金印、量天尺等，其他部眾攻破歸德府鹿邑縣，焚燒陳州，震動河南。次年為元將慶童所敗。
至正十一年（1351年）五月，白蓮教領袖韓山童及其門徒劉福通發動和領導的農民起義爆發，起義者頭裹紅巾，故稱紅巾軍。紅巾軍占領潁州（今安徽阜陽），據攻克上蔡（今河南上蔡），元朝派遣大軍鎮壓，被起義軍打敗。紅巾軍繼克亳州（今安徽亳州市）、項城（今沈丘槐店）等地，砸牢獄，釋冤囚，開倉濟貧，農民多響應，隨之轉戰南北。九月，克汝寧府（今河南汝寧），進而克息州（今河南息縣）、光州（今河南潢川）。江淮各地百姓紛紛響應，起義軍隊伍迅速發展到10餘萬人。
至正十六年（1356年）十二月，元政府派樞密院大臣托歡至亳州督師鎮壓紅巾軍。河南行省平章答失八都魯與其子孛羅帖木兒率軍與劉福通起義軍交戰。一天，元軍主力由陳留進逼太康，夜襲高柴店（在扶溝、太康兩縣之間），擊退義軍500餘騎，拂曉前追至太康，乘勢攻城，經8個小時的激戰，元軍攻占太康，義軍將軍張敏、孫韓等被俘。
紅巾軍遭到了元軍和沈丘人察罕帖木兒等地方武裝的殘酷鎮壓。察罕帖木兒（?～1362年)，字廷瑞。漢姓李，又稱李察罕，祖籍北庭（今新疆吉木薩爾北，即元之別失八里）。他的曾祖闊闊台，元初隨軍攻取河南，以探馬赤軍戶留居。他的祖父蠻台、父阿魯溫皆居河南，遂為潁州沈丘（今安徽臨泉西北）人。察罕帖木兒自幼攻讀儒書，曾應進士舉，名聞鄉里。至正十二年(1352年），察罕帖木兒率先組織地主武裝，糾集當地數百人，號稱義兵，並與羅山縣典吏李思齊組織的地主武裝聯合，以計襲破羅山。時元廷官軍破紅巾軍無方，忽有地主武裝收復城池，因而大加讚賞，授察罕帖木兒為中順大夫、汝寧府達魯花赤，李思齊為汝寧府知府。元廷非常重視利用地主武裝，在河南、淮南等地立義兵萬戶府、毛胡蘆（鄉人自相團結之意）義兵萬戶府等，「免其差役，令討賊自效」(《元史•百官志》)。察罕帖木兒義兵在元廷支持下發展到萬人，自成一軍，屯駐沈丘，與劉福通部紅巾軍屢戰告捷，迫使北方紅巾軍一度處於低潮。
至正二十六年（1366年），起義軍奪取潁州，察罕帖木兒的外甥擴廓帖木兒竭沈丘城中軍民北遁，沈丘城空遂廢。