出院後的高更，不顧腿傷余痛，急切地要去大溪地島，儘早離開這殘酷的文明社會，卻苦於沒有錢而一再耽擱。無奈之下，他想再開一次作品拍賣會。1895年2月，在朋友的幫助下，展覽如期舉行。但展覽冷冷清清，拍賣會慘遭失敗。幸虧有幾位收藏家買了一些畫，還有兩位畫商答應寄錢給他，以交換他日後的作品。這樣，遠行的計劃才得以實現。
7月3日，高更獨自一人默默乘船離開法國，再次前往大溪地島。這次，沒有人為他送行，他就這麼懷著黯淡的心情，在經費不足的情況下離開了。這一去，竟成永別。
高更漂洋過海，想要投入原始寧靜的大自然懷抱，醫治他那屢遭創傷的心靈。然而，時隔數年，大溪地島的變化令藝術家瞠目，首府帕皮提已用上了電燈，失去往日的神秘和詩意。更令高更難過的是，以前朝夕相處的土著妻子泰弗拉如今已改嫁他人。高更還清楚地記得，上次離別時，她是那麼戀戀不捨，淚流滿面，這一幕仿佛就在眼前。
心灰意冷的高更來到島的西部，在一個叫普納俄亞的村子駐足並蓋起土著風格的小茅屋，再次過上「野蠻人」的生活。為了填補可怕的孤獨和難耐的情慾，高更讓一個名叫帕芙拉的土著女人與自己同住。
儘管這次重返島上，生活比第一次更加困難，但高更仍發狂似的全身心投入到創作中去，仿佛在與殘酷的命運搏鬥。在這期間他畫了《接近戈爾法塔》，表現的是耶穌受刑，其心境不言而喻。另外還有一些較為平和的作品，如《甜美的歲月》《美麗的女王》《王后》《永不再》等。
關於《美麗的女王》，高更在給朋友的信中寫道：「我認為這是一幅最優秀的作品，綠色絨段般的草坪上躺著裸體的女王，侍女正在摘水果，大樹後的兩位老人正在談論著『智慧之樹』的故事，盛開著花朵的樹木旁有條狗，右邊還有兩隻咕咕覓食的鴿子。在色彩方面，似乎還沒有哪幅畫有過像這樣穩重而壯麗如交響樂般的色調。」這幅畫確實構圖嚴謹、色彩絢麗，嬌媚臥姿的女王形象令人聯想到馬奈畫的《奧林匹亞》，整體氣氛是典雅與安定的感覺。
然而，令人遺憾的是，這種內心的平靜很短暫，接下來是一串殘酷命運給高更的打擊。1896年4月，高更舊傷復發，痛苦異常。畫商答應的錢款遲遲沒有寄來，貧困的生活摧殘著他的身體，心臟病、濕疹、踝骨痛一起襲來，日夜折磨著他，使他的心情煩躁消沉。在一封信中，高更發出悲涼的心聲：「今天衰弱無力地倒下，幾乎為我所從事的藝術耗盡了心血，但是卻沒有結果。我悲慘地跪在地上，以往的驕傲消失殆盡，我是一個微不足道的失敗者。」高更這時畫的一幅《自畫像》，正是這種孤寂心志的寫照。
高更經常陷入冥想之中，感懷自己所走過的人生歷程：心高氣傲地執著追求的真諦，卻落到離群索居、朋友疏遠、貧困交加的可悲境地，而且厄運始終在身後窮追不捨。
愛捉弄人的命運並不罷休，又在這受傷的印第安紅人的心上猛戳了一刀。1897年4月，高更突然收到梅特從丹麥寄來的信件，上面赫然寫道：「愛女阿麗娜死於肺炎。」這消息猶如五雷轟頂，高更悲痛欲絕，淚流滿面。他仰天長嘯：「上帝啊！如果你真的存在，我可真要控訴你的無情無理。」他不明白老天為何給他這種殘忍的懲罰，他寫道：「當我接到阿麗娜的噩耗，便開始懷疑周圍的一切，我抗命似的以笑當哭。美德、工作、勇氣和智慧有什麼好處？也許犯罪反而更合邏輯、更有道理。」
高更沉浸在悲痛中不能自拔，每個失眠之夜無時不在想念小阿麗娜：「我剛失去我心愛的女兒，我已不愛我的神。她的墓在這花叢里——一個幻覺——她的墓靠著我，而我的淚就是這些鮮活的花朵。」極度悲傷的高更出現恍惚，繼而轉化成幻覺，好像他的小阿麗娜仍活在人間。
接著，高更把全部的理想追求、思念和愛都傾注在那本《致阿麗娜的筆記》中：「孩子！我相信聖潔的靈魂和藝術的真諦，它們二者合一，不能分離……我相信藝術深植於所有被聖靈感染的人們的心中。我相信一旦嘗到偉大藝術的精髓，以後再也無法抽身，必將永世為它犧牲、為它工作、永不放棄。我更相信任何獻身藝術的人，都會得到幸福。」
「我相信最後的審判，屆時，有膽識歌頌升華，純潔藝術的人，和那些以粗鄙、邪惡眼光鄙視藝術的人，都會得到他們各自應有的賞罰，我深信忠於藝術的人必會得到恩賜，他們將穿上馨香四溢、純美和諧的天賜華衣，回到天國——萬物鳴和之中心，永生永世逍遙其中。」高更還為這本獻給愛女的書精心繪製了許多插圖。
高更又一次病倒，在悲痛與幻覺的不斷轉換中，他的精神瀕臨崩潰，第一次對頹喪無望的生活感到沒有意義。他萬念俱灰，冒出自殺的念頭。從高更給妻子梅特的信中那些隻言片語里，就可以看出死亡的影子和氣息：「任意的死亡」，「精神與肉體的痛苦全面獲得解放」，「自由意志的死亡」等等。
在結束生命之前，高更要畫一幅最後的力作，作為他人生終曲和精神遺囑。他要表現對整個人類生命本質意義的哲學思考，命題是《我們從哪裡來？我們是什麼？我們往哪裡去？》。
高更寫信告訴朋友：「這幅畫的意義遠遠超過以前所有的作品，我再也畫不出更好的、有同樣價值得畫來了。我臨終前已把自己全部的精力都投入到這幅作品中了。這裡有多少我在種種可怕的環境中所體驗過的悲傷之情……整整一個月，我一直處在一種難以形容的癲狂狀態之中，晝夜不停地畫這幅畫。」
這幅作品高139厘米，寬375厘米，是畫在粗麻袋上的。高更解釋道：「右下角沉睡的幼兒旁，蹲著三個女人及穿紫色長袍的兩個人，正談著她們的人生觀。一個被故意誇大透視而蹲伏著的巨人把一隻手臂伸向天空，驚奇地看著那兩個為自己命運嘆息的人。中間有一個人正在採摘水果。小孩的身旁有兩隻貓和黑色的山羊，一尊神秘地、有韻律地舉起雙臂的偶像似乎在指點日後生命的迷津，一個蹲著的女孩好像在傾聽偶像的述說。最後就是瀕臨死亡的老婦，她好像已看破憂煩的往事，坦然地接受自己的命運，而她腳邊抓著蜥蜴的奇異白鳥，則象徵著人類語言的無用。」
畫中人物可以說是高更過去在大溪地島所畫人物的綜合，緊湊而帶有音樂感的畫面給予人的震撼也非寓意性的內容所能比擬。對高更來說，音樂性就是繪畫的本質，夢幻與描繪是一體。他說：「我的靈魂」與「我的裝飾」是等值的。這幅畫快結束時，高更如釋重負地說：「我已完成了一部哲學著作，完全可以與那部《福音》相媲美，我認為寫得還不錯。」
這個心願了結後，高更又把描寫大溪地島生活紀行的書《諾阿·諾阿》全部抄寫完畢。他再也沒有負擔。1898年2月14日，高更爬上一個山頂，在那裡吞服砒霜自殺，但由於服食劑量過大，引起嘔吐，倖免一死。
事後，高更在床上躺了兩個月，終日被劇烈的頭痛困擾，直到4月，才勉強恢復健康。高更拖著虛弱的身子前往首府帕皮提，找到一個繪圖員的差事，靠著微薄的收入償還所欠的債務。5月，銀行強行沒收並以極低的價格拍賣他的財產，其中還有他的作品。就這樣，高更在羞辱下掙扎度日。
到1900年，高更的生活才有所好轉。這是因為畫商魯瓦茲·伏拉爾以高更作品為交換條件，每個月付給他300法郎。此時，高更已經52歲了，身體每況愈下。
高更已將自己完全當成大溪地島的居民，因此當他了解到當地殖民政府損害土著人利益的政策以及一些官員的霸道作風後，便憤憤不平地在《黃蜂月刊》撰文，抨擊時政，後來乾脆自己創辦《微笑報》，專門揭露政府醜聞、繁瑣的法律和邪惡的官吏，為土著人申冤吶喊。報上還畫有諷刺性的插圖。這種正義的舉動受到當地居民的熱烈擁護，後來終因缺乏資金而停刊。高更的文筆犀利，辭藻尖刻，頗有其外祖母弗洛拉的神韻，另外其父也是撰寫時政文章的好手，高更繼承了家傳的稟賦。
在這時期的創作中，高更的風格更加成熟，特有的技法也爐火純青，並融入真誠的情感。主要作品有《大溪地牧歌》《捧紅果的女人》《母性》等，表達了對大溪地女人崇拜之情的虔誠之心。
1901年，病魔纏身的高更，再次受到其印加天性中不安靈魂的驅使，一心嚮往遷移，決定到更遙遠的馬克薩斯群島。他賣掉茅屋，辭別土著女子帕芙拉和孩子，經過10天的航行，登上群島之一的希瓦瓦島，在主要的村子阿圖奧納安頓下來。他在這裡造了一間別致的茅屋，取名為「快樂之家」，還用木刻浮雕裝飾這間屋子，其中有兩塊題為《神秘的女子》和《戀愛的女子是幸福的》。
高更依島上的宗教習俗，和當地居民一樣按時做禮拜。在理想的小屋中，他終日沉迷於自己的夢境和女色中，然後用繪畫表現它們。作品有《她們金色的身體》《蠻荒的故事》《海濱騎士》《拿扇子的姑娘》《召喚》《戀人》等。
在艱難困苦的環境中，高更對自己的藝術追求和信念堅定不移，他說：「我知道在藝術觀點上我是正確的」，「如果我的作品不能流芳百世，但至少世人會記得，在畫壇上曾有這麼一個人，努力從過去許多學院派和印象派的錯誤中解脫出來，開闢了一條新路。
高更隱隱感到時日無多，開始寫半回憶錄式的書《之前之後》，其中包羅萬象，有童年的回憶和夢想，對藝術狂熱的探討；有思想爭論的文章，對法國殖民當局虐待土著的控訴；還有對旅遊、性愛、宗教等方面的論述。筆下流出款款真情，具有雋永恬靜的魅力。
在生命的最後一段日子裡，藝術家身上的高貴血統，仿佛促使他去追隨和重演其外祖母弗洛拉的壯舉。弗洛拉將畢生精力獻給工人運動的事業，而高更則把最後的力量都投入保衛土著人的利益。他嫉惡如仇、不畏強暴、義正言辭地揭露貪官污吏，殖民當局惱羞成怒，於1903年3月31日，以莫須有的罪名將他逮捕，並判以3個月的監禁和500法郎的罰款，心高氣傲的高更至死也沒有屈服。
4月，高更寫了最後一封信，他高傲地說道：「我被擊倒在地，但還沒有被征服。在磨難中微笑的印第安人被征服了嗎？」他還發表了對藝術創作的深刻見解：「近來，藝術被各種科學帶上了歧途。藝術家失去了他們全部的原始野性，沒有更多的直覺，甚至可以說失去了幻象力，他們盲目地想追求一些他們根本沒有能力去創造的內涵。於是只能在騷亂的人群中隨俗沉浮。當他們獨自一人時，會感到惶惶然而產生恐怖。這就是為什麼不必每個人都離群索居的原因，只有那些有膽量，能經受孤獨的人才能做到。」這樣的論斷，即使在今天讀來，仍有其深遠的現實意義。
1903年5月初，畫家雙目失明，兩腿紅腫。他躺在床上仍高更談論他離不開的藝術。8日中午11時，再也聽不見他的聲音。經確診，高更死於猝發性心臟病。
奔涌著印加血液的藝術家高更，從此掙脫了殘酷命運的桎梏，帶著他堅定的信念、美好的夢想飛向天堂，身後留下眾多絢麗繽紛的藝術作品，供人們欣賞、猜測、夢幻。
畫家王衍成與您分享現代藝術之美……