康熙皇帝平定三藩用八年時間，最終因為吳三桂病逝而翻盤取得最後的勝利，其後他也對三藩和從叛人員進行了大規模的清算，其中三家禍首都結局悽慘，
吳三桂死後他的長孫吳世藩繼承了帝位，在昆明城破之時，十六歲的吳世藩自盡，而他的兄弟和父親吳應熊等人則在吳三桂起兵之初就已經在北京被斬首示眾，吳三桂家族從此被斬草除根。
而三藩之外，康熙皇帝最恨的就是陝西提督王輔臣，在天下承平後，他也被找到算了總帳，
王是吳三桂的舊部，兩人曾經並肩作戰，後來王輔臣調任陝西，吳三桂起兵後，為了擴大戰果，他親自寫信給王輔臣，要他一起舉義匡復漢室，但王輔臣直接把使者送到了北京，向康熙表示了自己的忠心，他希望以此為投名狀，以換取更大的官位，可惜等來的卻是康熙皇帝派來的陝西經略使莫洛總理軍務，
沒能達到目的，讓王輔臣十分惱火，他和莫洛兩人也水火不容，結果在莫洛率軍支援四川時，王輔臣半路造反，殺死莫洛，並舉兵響應吳三桂，當時兇險的局勢讓康熙皇帝夜不能寐，他也給王輔臣狠狠地記下了一筆帳，
隨著吳軍沒能飲馬長江，局勢開始倒向清廷一邊，王輔臣又選擇了投降清軍，在平定三藩後，康熙皇帝立即下旨讓王輔臣進京，面對這道聖旨，王輔臣清楚這是一道催命符，他招來家人部將，每人發了一包銀子，讓大家四散而去，只留下幾位心腹，他命這幾人將自己捆上，用金紙噴水蒙面自盡，然後讓這幾人上奏王輔臣暴卒而死，康熙皇帝當然明白怎麼回事，看到首惡已死，也沒有株連其他的家人，王輔臣總算保全了族人，但另兩位藩王則沒有那麼幸運了。
康熙二十一年，大學生明珠在皇帝的授意下開始彈劾靖南王耿精忠，這位一直鐵了心追隨吳三桂造反的王爺也終於倒了霉，他被刑部議為凌遲處死，在北京當人質的兒子耿顯祚被判斬首，他手下的大將也都被福建總督逮捕，曾養性、白顯中、江元勛、徐文耀、王世瑜、王振幫、蔣得宏、劉進忠八人也被押送北京凌遲，
其他福建，浙江兩省和耿精忠一起造反還有投降過耿精忠的總兵，巡撫，布政使等十二人也被斬首，以及當過靖封的官員也全被流放，福建，浙江兩省官場幾乎被清掃一空，被押送到北京的耿精忠此時才悔之晚矣，在獄中他自悔當初擁兵二十萬，向東不能和延平王聯合，向西不能打通江西和吳軍聯合，最後被懟回福建，結果導致今日身死族滅，只是世上沒有後悔藥，他也只能引頸就戮。
而平南王尚之信的家族則要幸運得多，尚之信的父親尚可喜一直對清朝忠心耿耿，吳三桂起兵時多次力邀尚可喜都被他拒絕，可是年老多病的他因為要廢去長子尚之信的世子之位，最後被兒子軟禁，他在憂憤中病死，
尚之信起兵後則按兵不動，靜觀雙方死斗，在吳三桂病逝後，他又投降清朝，可康熙幾次下旨讓他助剿，尚之信也仍然是不聽調遣，這位一心只想守住廣東的王爺在戰後也遭到彈劾，他被以延誤軍情，謀叛朝廷的罪名賜死，平南王一系被裁撤，但總算尚氏家族沒被滅門，他們也是三藩之中唯一留下後人的一支。