關於十二釵的排序歷來爭議頗多，關於上榜人員的選定和排序名次的安排，無論用哪種法則來解釋似乎都不能全然合理。最重要的是，對於預測這些上榜人物的判詞、畫、曲等關鍵性的命運籍冊，脂批卻呈現出了非常罕見的冷淡。這又加深了十二釵排名次序標準的難度。
甲戌本僅存十六回，脂批卻高達一千六百餘條，而在十二釵登場的第五回，雖然批語也有一百多條，但對於十二釵關鍵性的詩曲暗示，脂批卻僅寥寥數語。比如王熙鳳的判詞「一從而令三人木」，迄今為止，想解此謎的討論文章多到數不勝數，然脂批卻僅三字「拆字法」。由此我們不難推斷，在十二釵的排序方面，作者肯定暗示了玄機或者另有深意。
余英時認為，十二釵的排序應該多重性，不宜抽象討論，也不應孤立、個別處理，須全面的研究，他以「通部情案，皆必從石兄掛號」為出發點，認為最重要的標準該是各女子與賈寶玉的親疏關係。我認為這一點是可取的，畢竟，整部石頭記，或者說，十二釵能產生榜單都要從神瑛侍者攜帶這塊石頭下凡說起，這是故事產生的起源，所有的問題該以他為中心才對。
我們先來看一下十二釵的排序，林黛玉和薛寶釵並列第一，元春第三、探春第四，後面依次是史湘雲、妙玉、賈迎春、賈惜春、王熙鳳、賈巧姐、李紈、秦可卿。這十二個人里，秦可卿很早就去世了，並且也沒有入住過大觀園，巧姐是個孩子，前八十回只有劉姥姥來的那次來了一次大觀園，結果被園子裡的花神給撞客著了。而這兩個人居然也上榜了金陵十二釵主冊，這到底是為什麼呢？
紅樓夢整部書，其實最核心的部分就是大觀園裡那些事，大觀園也基本就是模擬太虛幻境的一個理想世界，上榜的這些女子基本都跟大觀園有關。林黛玉和薛寶釵不用說了，並列雙女主，不僅是大觀園最耀眼的兩個女主，還是影響賈寶玉命運最重要的兩個女性。兩人排首位無可非議。
元春排第三也很好理解，正是因為賈元春才有了大觀園的出現，換句話說，元春也可以算是大觀園的締造者。更重要的是，元春這個人物對於賈寶玉來說，亦姐亦母，是帶有母性光輝的一個姐姐的形象。她離賈寶玉看似很遠，但實則，賈寶玉的任何事情都跟她有關，就連賈寶玉的婚姻大事，她都在宮裡遠遠的掌控著。她排在雙女主薛林之後理所應當。
探春是賈寶玉的異母妹，血緣關係稍遜於賈元春，但在大觀園中，探春也算是賈寶玉血緣上最親近的一個妹妹。不僅如此，探春的人生似乎也在高仿元春。壽怡紅群芳開夜宴的時候，李紈就曾對探春說：「我們家已有了個王妃，難道你也是王妃不成」。這一點說明，探春和姐姐元春的命運非常相似。
更甚至，在判詞和曲子裡，探春和元春這姐妹倆也是非常像。元春的曲子是：望家鄉，路遠山高。故向爹娘夢裡相尋告。而探春的曲子是：一帆風雨路三千，把骨肉家園齊來拋閃。姐妹倆的命里似乎都在為了父母和家族在割捨自己，這姐妹倆命運的悲劇多多少少都被家族所累，而對於賈寶玉來說，這一姐一妹的人生似乎都為他在付出。所以探春排名僅次於元春，排在第四位。
很多人說，探春之後，接下來就該是迎春和惜春了。但作者給出的榜單排名，湘雲和妙玉卻排在了迎春、惜春姐妹之前。對於這一點我們該怎麼理解呢？其實這正是紅樓夢八十回之後殘缺留下的遺憾。迎春和惜春跟賈寶玉有血緣關係是不假，但這兩個人雖然也住大觀園，平時也跟賈寶玉姐姐哥哥妹妹的叫，但按實際的血緣關係來說，其實兩人都不算太近了，尤其惜春，幾乎已經出五伏了。
而對於賈寶玉來說，湘雲和妙玉對他的影響比迎春和惜春姐妹大多了。但至於湘雲和妙玉對賈寶玉有什麼影響，八十回之前，關於史湘雲的在「因麒麟伏白首雙星」這一回有暗示。賈寶玉的金麒麟和史湘雲的金麒麟是一對，這一點巧合肯定在八十回之後大有文章。因為紅樓夢裡借物暗示人和事是最常用的手法，比如賈寶玉的玉和薛寶釵的金鎖就是一對，從而生出來金玉良緣的美談。八十回之後，史湘雲和賈寶玉的命運一定是有交集的，兩人肯定會因為這對麒麟生出一段故事。這對賈寶玉的命運是有影響的。
妙玉同樣如此。紅樓夢中帶玉的人，都會和賈寶玉有點聯繫。並且妙玉的判詞裡出現的：又何須，王孫公子嘆無緣，這裡的公子大概率就是賈寶玉。前八十回中，賈寶玉用妙玉的杯子喝茶，向妙玉討紅梅等，這些微妙的事件中都在暗示，妙玉日後會和賈寶玉有交集，當然兩人最後肯定是「嘆無緣」的結局，但妙玉對賈寶玉的命運肯定是有影響的。
這也是她為何會排在迎春和惜春之前的原因，而至於妙玉為何排在湘雲的後面，大概率是因為，妙玉和賈寶玉的關係沒有史湘雲和賈寶玉的關係近，史湘雲和賈寶玉用青梅竹馬，兩小無猜來形容太合適了，相比之下，妙玉就稍遜一些了。
除去這些和賈寶玉命運有交集的女子，就該是賈寶玉兩個血緣關係比較遠的姐妹了，迎春在前，惜春在後，不論從長幼論還是從和賈寶玉的親疏論，惜春都該排在姐姐迎春之後。因此，迎春排第七，惜春排第八。
排第九位的是王熙鳳。王熙鳳是賈府的管家，大觀園同樣也在她的管理範疇之內。要論血緣關係，王熙鳳和賈寶玉的血緣關係比薛寶釵還要近一點。但在人倫關係方面，王熙鳳要遠一層了，比李紈還遠，算是賈寶玉的堂嫂。然而王熙鳳排在李紈之前，我想大概率就是因為賈寶玉和秦鐘的一場緣分是王熙鳳的功勞。
賈寶玉和秦鍾能認識，得益於王熙鳳和秦可卿的深交，而賈寶玉和秦鍾能日夜相伴讀書，也是得益於王熙鳳的相助。並且大觀園的日常管理和運營，都有王熙鳳這個幕後管理者的功勞。把王熙鳳排在四春之後合情合理。
李紈和王熙鳳的角色差不多，都算是大觀園的一個管理者，論和賈寶玉的親疏，李紈要比王熙鳳近。但是李紈是個孀居的寡婦，在榮國府的大業面前，她尚且退居在了王熙鳳之後，對於賈寶玉的影響自然也該排在王熙鳳後面。然而不解的是，巧姐和秦可卿這兩個和大觀園似乎沒有聯繫的人居然也上榜了，並且巧姐還排在了李紈之前。
巧姐排在王熙鳳之後，李紈之前，大概率和她的恩人劉姥姥有關。劉姥姥遊玩大觀園的時候，她命中注定的孫媳婦巧姐也就出現了，並且還用柚子和板兒交換了佛手。八十回之後，巧姐肯定會和劉姥姥一家人有重頭戲，她的判詞和插圖里早就有暗示。
但是巧姐和劉姥姥一家人的命運和賈寶玉不經意間的一個舉動很可能產生巨大聯繫，那就是賈寶玉無意間為劉姥姥討來妙玉的那個成窯小蓋盅。這個小蓋盅引發的事件究竟是福是禍很難說，但肯定對劉姥姥一家日後的命運軌跡有影響，從而間接在影響巧姐。所以巧姐和賈寶玉的連帶關係和母親王熙鳳類似，都屬於無意間的一個舉動，卻釀成了一段說不清好壞的緣分。因此巧姐排在母親王熙鳳後面也說得過去。
至於秦可卿為何上榜又排在末尾，這個問題還是要以賈寶玉本人為出發點來看待。紅樓夢中幾乎所有的事件都講究對稱，比如晴為黛影，襲為釵副，有十二釵正冊就副冊和又副冊相對稱。林黛玉和薛寶釵居首位，兩人合二為一，同用一首判詞和曲子，而末尾歸引到太虛幻境的時候，兩人還是二合一，那就是「兼美」秦可卿，鮮艷嫵媚有似寶釵，風流裊娜，則又如黛玉。
並且秦可卿也的確是讓賈寶玉情竇初開的第一人，不僅讓他明白了男女之情，也領略了男女之事，這正好是林黛玉和薛寶釵人生的合併，一個在靈魂一個在肉體，一個在理想一個在現實。所以秦可卿雖然沒有入住過大觀園，但她卻是大觀園的總結，排在末尾合情又合理。