回答這個問題前，可以回答下，牛頓物理學正確嗎？
牛頓物理學在宏觀低速世界正確，或者從工程的角度講許多時候都夠用了，但在高速和量子世界中就不那么正確了。這是科學理論的特點，它們不是宗教的教條，不是絕對正確的，也不會靜止不變。
但許多人對進化論的觀念，其實還停留在幾百年前，不知道達爾文的進化論，伴隨著遺傳學和分子生物學的前進，已經發展到了新綜合進化論的階段，又被稱為新達爾文主義。
反對進化論的人，大概並不知道，每年有多少篇研究生物進化的論文在發表。網絡上經常有類似這樣的問題：為什麼地球幾千年有記錄以來沒有發現物種發生進化？這種問題就是純粹的胡說八道，不知道就說不知道，而不是編造謠言撒謊誤導大眾。要是物種不發生任何變化，那麼這些涉及物種進化的論文，還怎麼發表？事實上，生物教材上就有經典範例，如工業化黑煙導致的蛾類的黑化，善於適應環境的生物進化得十分迅速。
圖示：嚴重煤煙霧霾導致的進化。霜斑枝尺蠖蛾體色的進化。
與此同時，媒體時不時就要說兩句的「超級細菌」，則是來源於人類濫用抗生素，導致的細菌進化。
反對進化論的人，不知道每年有多少本介紹進化思想的科普書在出版，他們也不知道新達爾文主義進化論不僅已經廣泛滲透到了生物學的各個分支中，甚至已經向生物學之外的學科中滲透，並已經開始形成了如進化心理學和進化醫學這樣的新分支。
反對者，大多還糾纏在被人（主要是教徒）灌輸的猴子變人的胡說八道中，這本來是反對進化論的人，用來胡攪蠻纏的例子，但不知怎麼的，這句話反倒變成進化論的核心思想了一樣。
圖示：對科學發動輿論戰是不管用的，連燒死都不管用，更不用說這些醜化圖了。
實際上，作為一個科學家，達爾文非常誠實。他知道自己的學說還有許多漏洞還有許多疑難之處需要修補和再認識，但限於當時的科學基礎，這些漏洞，尤其是關於遺傳學的部分，達爾文在他那個時代無法知道正確答案。
所以，就《物種起源》一書而言，有許多過時的地方，尤其是在遺傳機制方面，達爾文沒有猜對答案。不過，這些瑕疵都不是進化學說的致命弱點。
現代達爾文主義是達爾文進化論的核心思想+現代遺傳學（群體遺傳學）+分子生物學，三個部分組成。
那麼達爾文進化論的核心思想是什麼？
生物隨機變異+自然選擇，結果就是，物競天擇適者生存。
後期，達爾文又特別的提出了性選擇，以解釋雄孔雀的大尾巴進化。
因此完整的達爾文進化論就是：
生物隨機變異+自然選擇+性選擇
這裡要注意，性選擇的方向和自然選擇是可以在一定範圍內相衝突的。
一般來說，自然選擇首先是生存選擇，是生和死的差別。
而性選擇則著重於繁殖度，更容易繁殖還是更難繁殖。
因此，當作死有利於繁殖時，這個物種就會作死，雄孔雀的大尾巴就是作死，雌孔雀自己不長那條大尾巴，因為很明顯那條大尾巴對生存不利，如果只有自然選擇，那麼雄孔雀是不會長出那條大尾巴，但是奈何孔雀妹子喜歡大尾巴，任何把生存看得比繁殖還重要的雄孔雀也許真的能長壽，但是他們註定絕後，這種貪生怕死的基因也就無法遺傳下去。
圖示：兩性差異太大，就需要考慮性選擇。因為性選擇在一定範圍內，可以對抗自然選擇。
達爾文乃至所有進化生物學家，從未說過猴子或者猩猩變人！
猴子、猩猩、人，這些物種之間只是親戚關係，不是互相變化的關係。這事兒就像，你的娃不會是你的表親，或者你的表親不會把你生下來。喔，狗血倫理代孕劇不算數。
更進一步的說，全世界所有生命都是親戚，只是有遠近親疏的差異，這就是進化論的核心思想之一，所有生命共祖，是同一個祖先的後裔，各自踏上了不同的演化道路，形成了不同的物種，而且這個分叉的過程，可以不斷進行。
圖示：自生命起源，最重要的三大生命分枝：細菌、古菌和真核生物。注意，這張圖上沒包括病毒。關於病毒的起源依然不太清楚，但三大生命都有各自的病毒種類。
分子生物學的突飛猛進，從分子水平證明了達爾文的偉大天才，所有生命同源共祖，已經被證實，今天我們可以定量計算不同物種之間的親緣關係。而分子生物學的研究揭示，真核生物是古菌和細菌的雜交產物。而我們肉眼能看到的生命全都是真核生物。
人類和常見動物間的遺傳學親緣關係
伴隨著基因組測序的成本下降，速度加快，一門新興學科崛起，比較基因組學。
現在，科學家終於可以直接用基因測序來從本質上比較不同物種間的親緣關係遠近，而不用再去用肉眼根據解剖學特徵來公說公有理婆說婆有理了，而研究結論即在意料之外，又在情理之中。當然，這是指那些早就知道所有生物本質上是同源的，但在進化了（分道揚鑣了）數百萬、數千萬乃至上億年之後，我們彼此間的相似性依然如此之大，還是很讓人意外的。
- 猿，猴子和人類
人類與人類科的大猿最密切相關。這個家庭包括猩猩，黑猩猩，大猩猩和倭黑猩猩。在類人猿中，人類與倭黑猩猩和黑猩猩共享98.8％的DNA。人類和大猩猩共有98.4％的DNA。然而，如果不是非洲本土猿，那麼DNA的差異就會增加。人類和猩猩共有96.9％的DNA。人類和猴子的相似性下降到93％。這也是為何，大多數進化生物學家支持人類的非洲起源說的重要原因。
- 小鼠、貓、狗和牛
人類和小鼠、貓、狗以及牛大約共享85%~80％的DNA。
這個事實很重要，因為小鼠已經在實驗室中用作多年來研究人類疾病過程的實驗動物。小鼠目前用於遺傳研究以測試基因替代和基因治療，因為它們具有與人類相似的基因類型，並且將對疾病和疾病過程具有類似的反應。
而狗也和小鼠一樣成為研究人類疾病非常有用的動物。研究人員對影響狗和人類的特定疾病特別感興趣。視網膜疾病，白內障和色素性視網膜炎使人類及其犬類朋友失明，科學家們研究和研究這種疾病對狗的治療方法，希望同樣的治療方法對人類有益。狗也正在接受癌症，癲癇和過敏的研究和治療，以尋找更成功的人類治療方法。
- 雞
人類，狗，老鼠和猿會有許多共同的DNA，因為我們都是哺乳動物。
但是，人和鳥差別可就大多了。然而，即便如此，人和鳥之間也分享了多達65％的遺傳信息。了解人類和禽類DNA之間的相似性和差異非常重要。首先，因為雞製造有助於人體免疫的蛋白質，如干擾素，需要進一步研究。其次，因為病毒會導致流感在鳥類和人類之間交叉，需要進行研究，以便可以發明和改進疫苗。如果沒有這麼高的相似度，那我們也就不用如此懼怕禽流感。
- 蟲子
除此之外，我們和蟲子之間的相似性也有大約61%。畢竟雞和我們都是脊椎動物，而蟲子雖然也是動物，但它們沒有脊椎，這個差別是巨大的 。
- 植物
一般來說，人類與植物平均共享50％以上的遺傳信息。比如，一篇論文指出，人與香蕉的相似性大約為50％！這甚至引發了媒體的報導興趣。
最後，要提醒一句。DNA有一半相似，並不是說表現型就會有一半相似。顯然，人和香蕉之間找不到這一半相似，除了我們都由細胞組成，都需要氧氣生存，都能代謝糖類以及都搞有性生殖等等外，要數出一半的相同可實在不容易。這是，因為許多共享的DNA，在不同的物種中是否表達，以及表達多少，是有很大差別的，除此之外，許多DNA序列可能本身沒有作用，它們沒有意義的序列或者是垃圾序列。
不過，無論DNA序列是有用還是沒用，這些相似性是達爾文理念的完美證明。
即所有生命同源共祖已經是不爭的事實，在生物學界內部，幾乎沒有人還會對此有任何疑問。
讓我們打開眼睛，看看新東西吧，比如：進化心理學和進化醫學
在這樣的時代，還在糾纏達爾文進化論的正確和錯誤，簡直就是故意蒙上眼睛的愚蠢行為，因為進化論正在剖析人性的演化過程，包括我們的自私、殘忍、善良和愛的來源。這些知識只要具備高中生物學常識，靜下心來就能讀懂，或至少有所收穫。增進自己的見聞和智慧，了解自己也就能了解別人。而如何才能了解自己？胡思亂想嗎，那是靠不住的。
《進化醫學原則》，只有搞清楚人類進化的過程，醫學才能進一步造福人類，並真正深刻的理解人類的疾病。有本翻譯版叫《我們為什麼生病》就是這種思想指導下出版的第一本科普書。