金田起義時，拜上帝會眾大多舉族或全家參與，鑑於當時錯綜複雜的鬥爭形勢，為了加強軍隊的紀律和戰鬥力，保護單身婦女，洪秀全、楊秀清等研究決定，將男女分開，建立了女營，亦稱女軍、「姊妹營」、「女館」或「姐妹館」。
據記載，在太平軍轉戰南北時，這些不纏足、吃苦耐勞的兩廣婦女和男子一樣參加戰鬥。太平天國定都天京（今南京）後，太平軍日益壯大，兵多將廣，因此女軍大都擔任守衛任務。據《太平軍戰紀》記載 ，女兵的裝束和男兵差不多：
「當腰橫長刀，窄袖短衣服，騎馬能怒馳，黃巾赤其足」。
史載，太平女軍每軍設軍帥一人，下統轄二十五卒長，每個卒長節制四個兩司馬，共一百兩司馬，每個兩司馬管二十五名女兵，共兩千五百人；女軍總共設四十軍，以前後左右中和一到八數字編排，軍帥四十人，卒長一千人，兩司馬（又稱館長、牌長）四千人，共有女戰士十萬之眾；和男營稍不同的是，女營不設師帥、旅帥。
太平軍女軍以廣西婦女為骨幹，不僅和男兵一樣肩負作戰任務，還擔任大多數的領導職位；其他地方的婦女一般不直接參加戰鬥，大多從事運輸軍糧、鹽巴、砍柴、挑水、炊事、挖壕、燒磚瓦、建築、割稻麥、紡織、搓麻繩、劈竹籤等辛苦勞作。
清咸豐四年（公元1855年，太平天曆甲寅四年）十二月，太平天國撤銷了男女分館，恢復家庭制度後女營並未因此廢除，後來在一些新占領區，初期仍設女館，待秩序穩定後即行解散。
金田起義後，太平軍分設男營、女營。規定「男女授受不親" ，就算是夫妻也不得同居，但天王及東、北、翼、燕諸王除外。令廣大太平軍將士不能理解的是，夫妻以及戀人近在咫尺卻常年不得相聚，而諸王卻妻妾成群，朝夕不離。
東王楊秀清對大夥解釋，說實行男女分館的目的是為了杜絕淫亂，保護婦女的人身安全及合法權益。分離是暫時的，將來攻取北京，滅掉滿清政權後，一定恢復正常的家庭生活，使夫妻團聚，享天倫之樂。
天國 早期這種解釋還能為人們所接受。但時間久了，天國軍民開始無法忍受，不免怨聲載道。楊秀清違反天道人倫的做法，強行拆散家庭的粗蠻舉措，遭到太平軍將士和占領區民眾的強烈反對。
1855年初，東王楊秀清不得不下令解散女館，恢復家庭，允許夫妻團聚，父母子女團圓。
太平女軍自建立後參加過許多場惡戰，也湧現出好幾位能征善戰、不遜鬚眉的女將，最出名的當屬洪宣嬌、蘇三娘 。洪宣嬌、楊雲嬌或許是同一人。洪宣嬌是洪秀全的小妹，後嫁給蕭朝貴為妻，為」西王娘「。蕭朝貴死後她曾率女兵作戰，參與過攻克武昌、南京之役。《盾鼻隨聞錄》說她能」騎馬臨陣「，剽悍異常。此後關於她的傳說很多，成為太平天國的女英雄。
廣西靈山人蘇三娘本是天地會首領，活動於靈山、橫州、 欽州、連州一帶，與清軍為敵。史載她」兩臂曾經百戰余，一槍不落千人後「，驍勇多智，不輸男子，屢次挫敗清軍圍剿。1851年1月，和另一位會黨領袖羅大綱一起率眾兩千人到桂平大湟江口參加了太平軍，後隨軍轉戰各地，為女軍軍帥之一，她騎射皆精，」矯健絕倫，屢挫兵鋒「，參與過桂林、長沙、武昌之役，直至天京。
1853年3月底，率女軍隨水師大將、殿左一指揮羅大綱等大軍一舉攻克鎮江。後不詳（一說後嫁給羅大綱，於1855年6月夫妻雙雙戰死於安徽蕪湖）。
1864年7月19日，湘軍曾國荃部用」穴地法「轟塌南京（太平天國天京）城牆二十餘丈，湘軍士卒魚貫殺入城中，城中斷糧已久，飢疲無力的太平軍連續組織了幾次反擊，但都未成功。巷戰持續到申時，南京九門皆被攻破，太平天國宣告覆亡。
湘軍在南京城下苦撐兩年多，等的就是這一刻。一場驚天浩劫降臨到這座六朝古都。急於發財的湘軍將士攻入南京後，在得到曾國荃默許後，大肆燒殺搶掠，血洗南京。後來，曾國藩在呈給清廷的奏摺中這樣寫道：
」三日之內，斃賊十餘萬人，秦淮河屍首如麻。凡偽王、偽王將、天將及大小酋目約有三千餘名，死於敵軍中者居其半，死於城河溝渠及自焚者居其半「。
這些戰死者中就包括部分太平軍女營將士。據記載， 蕭孚泗率部圍攻天王府時，在天王府中聚眾自焚的數萬太平軍將士中就有大量女兵。在這場浩劫中，最慘、受欺辱最甚的就是南京城的婦女們，其中必包括太平軍女營的十萬女兵。
據事件的親歷者、曾國藩幕僚趙烈文在日記中記載，湘軍士兵不僅搶劫財物，還大量姦淫、擄掠年輕婦女 ，以至「婦女四十歲以下者一人俱無」。湘軍在燒殺搶掠的同時還肆意糟蹋婦女。趙烈文親眼目睹他們隨意闖入民宅姦淫婦女，公然在大街上「 拽曳婦女，哀號之聲不忍聞」。
一些湘軍士兵還將年輕有姿色的南京平民女子及被俘的太平軍女兵強擄到船上帶回家鄉，其中一位黃姓女子在日記中記載了她和另兩位原太平軍女兵被湘勇強行擄往湖南湘鄉的悲慘遭遇......趙烈文所說「婦女四十歲以下者一人俱無」的現象完全是湘軍搶劫財物、擄掠婦女時造成的，大約四十歲以下的女人多被這些兵匪虐殺或搶走了，其餘的或死或逃，倖存者寥寥無幾。由此可見，天京城破後，十萬太平軍女兵或戰死、或自殺或被清軍侮辱、擄掠，結局大都很慘烈。
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