明太祖朱元璋定都南京後，對南京城展開了大規模的規劃、建設，使南京城市的框架與格局繼六朝和南唐之後又發生了一次較大的變化。在這一前所未有的城市改造建設中，不僅修築了舉世聞名的城牆、宮殿，還重修改建了四十餘條城市道路。舊城部分以六朝、南唐時形成的道路為基本骨架，保持了原有的迂迴曲折的格局；城東、城北新擴建成的皇城區、新城區道路則構成大致成方格形的縱橫交錯道路網絡。明初南京城區部分街巷、商市、橋樑等的分布，圖上表示的街道有長安街、洪武街、崇禮街、里仁街、存義街、時雍街、和寧街、大通街、中正街、廣藝街、大市街等。
出入城市的城郊道路，明代以前就有多條，如新亭大路、白馬城路、小丹陽路、江乘大道等，無數的車馬行人經由它們進出或經過建康城。明代，城郊又增築了幾條大道，如由宮城通往龍江關的龍江口迎賓路，由三山門通往江東市的江東大道，從燕子磯至上新河的沿江營壘連接道等。洪武年間還以南京為起點修建了八條「國道」，使得都城南京通達全國各地。
明南京城繼承了曹魏鄴城、東晉建康、唐長安等古都傳統的空間布局形態，宮城、皇城、都城採用一條共同的中軸線。該線北起皇城的玄武門，南至都城的正陽門，長達2.5公里，由北而南依次排列著玄武門、坤寧宮、乾清宮、乾清門、謹身殿、華蓋殿、奉天殿、奉天門、午門、端門、承天門、洪武門、正陽門等建築。從午門至洪武門為宮城正門前直街——堪稱「南都第一街」的御道。這條被圍在高高的宮牆內與世隔絕的街道，是古都南京繼六朝御道和南唐御道後的第三條御道。
今天的南京城內，有許多街巷名稱中含有「市」「坊」「廊」等字眼，它們大多來源於明代南京的坊廂和街市，是那個時代城市商業繁榮興旺的印記。
明太祖建都南京後，大力發展商業及手工業，從中華門、水西門、通濟門到珠江路附近的大片街市，集中了十多萬手工匠人，從事各種生產。「國初建立街巷，百工貨物買賣各有區肆」。當時不同行業有各自固定的製作和售賣聚集地，如昇州路附近的鐵作坊、銅作坊、銀作坊，便是鐵匠、銅匠、銀匠作坊所在地。
明代南京有嚴格的城市管理制度和專門的執法隊伍。明初制定的《大明律》裡包含有城市市容管理的法律條文，城管執法人員「日行巷閭間」，維護城市環境和社會秩序。因此雖然人口眾多，民居密集，街市繁榮，但城市環境整潔，秩序穩定。