後金（滿清）西面與漠南蒙古（即內蒙古）相鄰；漠南蒙古的南邊又與明朝接壤，三股勢力成鼎足之勢。
當時，漠南蒙古各部互不統屬， 相互攻伐，戰亂不休。最強大的察哈爾林丹汗（孛兒只斤·林丹巴圖爾，號呼圖克圖汗，亦稱察罕小王子）是成吉思汗黃金家族後裔，他經常出兵侵擾掠奪其他部落，且得到明朝支持——每年賜金八萬一千兩（史稱「歲賞」），利用他為明朝抵禦、牽制後金的進攻，按明廷的說法叫「以西夷制東夷」，遂成為後金西邊的心腹之患。
皇太極征服朝鮮後，便把用兵重點對準了漠南蒙古。他不僅要除掉這西方的後顧之憂，而且希翼爭取和藉助漠南蒙古諸部的力量，聯手進攻大明，使後金八旗大軍心無旁騖地向關內發展。這樣，漠南蒙古便成了明朝與後金爭相籠絡的對象。
早在努爾哈赤時代，後金就十分重視同蒙古的關係，他在統一滿洲之際，即與科爾沁、喀爾喀蒙古部遣使通好，聯姻盟誓，建立了抗擊明朝和察哈爾蒙古部的軍事同盟。然而這種盟友關係頗為鬆散，並不穩固，科爾沁部就經常被明朝拉攏「背盟助明」，襲擾後金，努爾哈赤也就時時發兵與科爾沁騎兵攻戰。這「胡蘿蔔加大棒」軟硬兼施之兩手策略，被努爾哈赤稱為：「順者以德服，逆者以兵臨《清太祖武皇帝實錄》」。
三征蒙古：皇太極繼位後，繼承了其父對蒙古諸部恩威並施的策略，他對此解釋為「懾之以兵，懷之以德《清太宗實錄》」。史載，皇太極即位後的次月，就以蒙古扎魯特部「敗盟殺掠，私通於明」為罪名，派遣大貝勒代善、二貝勒阿敏、三貝勒莽古爾泰（史稱「三大貝勒」）等率軍討伐，擊潰扎魯特軍、擒殺其首領，掠其人 、畜而還。皇太極以實際行動向蒙古各部表明了他的嚴正立場。
後金天聰元年（明天啟7年，公元1627） 正月，皇太極得知林丹汗揮軍攻掠喀爾喀蒙古部，立刻兩次分別寫信給喀爾喀諸部豪酋以分化爭取，信中說：「我兩部非若明人，夙為仇敵，豈以征戰為善，而以太平豈不美乎《清太宗實錄》」？歡迎或誘使他們前來歸附。
1628年（明天啟8年，後金天聰2年）初， 喀喇沁、喀爾喀 聯軍與察哈爾林丹汗的大軍在土默特部趙城一帶展開決戰，雙方激戰好幾回合，均傷亡慘重，相持不下。喀喇沁、喀爾喀諸部頭領遂致書皇太極，邀他出兵夾擊林丹汗。皇太極乘機與喀喇沁、喀爾喀等部「刑白馬烏牛，誓告天地」——如同漢人的歃血為盟，滿蒙雙方結成了軍事聯盟。
當年9月，皇太極以蒙古各部盟主的身份，親率滿蒙聯軍西征察哈爾，一路勢如破竹，一直打到大興安嶺，取得了初步勝利。在這一征戰過程中 ，皇太極對蒙古各部頒布軍令，加強了有效管理。
《清太宗實錄》記載，1632年（明崇禎5年，後金天聰6年），皇太極率八旗大軍再征察哈爾，入漠南後與蒙古各部會師。皇太極為了加強羈縻 ，對蒙古諸部兵馬「多寡不齊，遲速異矣」的情況，分別予以褒貶賞罰，蒙古諸豪酋「皆叩首領命」，進一步夯實了皇太極盟主的權威。隨後，皇太極大擺筵席，給蒙古各部首領賞賜金銀、鞍馬、蟒袍、甲冑等，誓師出征。
滿蒙聯軍大舉來攻，察哈爾部被打得潰不成軍，林丹汗望風而逃，棄本土西逃至青海，兩年後在惶恐中病死於青海打草灘。
後金天聰7年（明崇禎6年，公曆1633年），皇太極對蒙古各部頒發了「欽定法令」，使漠南蒙古諸部與後金（滿清）的政令完全統一，從軍事聯盟關係變成了藩屬關係。
野心勃勃、狂熱好戰的林丹汗死後，察哈爾部的形勢起了變化。皇太極審時度勢，及時改變策略，把對察哈爾的策略由征討變為招撫。1634年，皇太極遠征大同，截斷了林丹汗之子額哲與明朝聯絡的道路，一舉切斷了察哈爾部投明之路。額哲走投無路，只得手捧蒙古歷代傳國玉璽投奔後金。皇太極大喜，派多爾袞率一萬騎兵前往迎接率眾來歸的額哲。
皇太極重賞額哲及其麾下大小頭領數百人，將次女許配給額哲為妻，並將林丹汗的孀妻、妾賜給濟爾哈朗、豪格、阿巴泰為妻，構成了複雜的滿蒙聯姻關係。
漠南蒙古（內蒙）統一了，從此與滿洲連為一體，蒙古歷代傳國玉璽正式授予皇太極，他成了蒙古合法的統治者。
1635年（後金天聰9年，明崇禎8年），皇太極編蒙古八旗，共丁16953名，另編喀喇沁左右翼，土默特3旗，直接掌握了蒙古的丁戶（類似民政）權。
接著，皇太極將」旗「的組織推行到整個蒙古地區，結合蒙古傳統的」盟「的組織形式，創立了盟旗制。譬如漠南蒙古（內蒙古）49旗6盟。旗是軍政合一的行政區劃，以蒙古貴族為札薩克（旗長） ，劃定各旗遊牧地的疆界，不得隨意越界駐牧，違者嚴懲（一般是斬首）。旗上設盟，盟長卻不得干涉旗的內部事務。中央則設蒙古衙門，後改理藩院，統一管理蒙古各部。
從此，蒙古高原結束了元亡後長期混戰分裂的 局面，進入了安定發展時期。從此，蒙古被納入後金版圖，成為後金政權的重要組成部分。1636年（天聰10年 ，崇禎9年），蒙古各大首領積極參與勸進皇太極稱帝，其16部49貝勒齊赴盛京（瀋陽），共同擁戴皇太極繼承蒙古可汗大統，尊奉他為博克達徹辰汗。
3年後，喀爾喀3部來朝，議定每年交納」九白之貢「，確定了漠北蒙古（外蒙古）與後金的臣屬關係。至此，外蒙也劃入滿清的版圖。困擾明朝270多年的蒙古寇邊難題，被皇太極用」懾之以兵，懷之以德「的策略三下五除二就給解決了,後金西部的安全隱患也被徹底消弭。從此，滿蒙一體，共伐大明。<清史稿>載,皇太極在祭祀努爾哈赤時激動而欣慰地說：
」 現在，朝鮮已稱弟納貢，蒙古無不臣服，為帝者，惟有明國耳「......
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