在巴黎大學誕生之初，巴黎大學同羅馬教皇互動頻繁，教皇在整個13世紀成為大學的同盟。隨著法蘭西國王權力不斷強化，國王開始不斷增強對巴黎大學的控制，國王菲利普四世就是其中之一。在菲利普四世統治時期，他大力支持巴黎大學發展，巴黎大學也積極回饋其扶持，在政治上發揮著不可替代的作用。
培養專業公職人員
菲利普四世不僅希望巴黎大學為其培養公職人員，而且期望巴黎大學制衡教會的力量。菲利普四世通過授予巴黎大學特許權，提升自己在巴黎大學之中的話語權，削弱羅馬教廷在巴黎大學的影響力。
歐洲大學地理版圖的變化
自14世紀起，由於大學在社會各方面的作用日漸凸顯，歐洲掀起了創辦大學的潮流。其中，王權、教權和城市當局創建大學的數量迅速增加，大學如雨後春筍般出現。這些新大學改變了歐洲大學原有的地理分布，也改變了學生生源的地理分布。學生越來越偏愛地方性大學或鄰近大學。
根據統計數據表明，有3/4的學生願意去地方性大學，通常選擇離家鄉最近的大學。大學數量增加和學生選擇本地大學，削弱了巴黎大學在國際範圍內的招生。為了增加巴黎大學的生源，菲利普四世確認和重申了巴黎大學之前的所有特許權。在此基礎上，菲利普四世因時擴大了巴黎大學特許權。
菲利普四世授予巴黎大學特許權的表現形式
維護巴黎大學教師和學生的財產安全。因為在巴黎等地，學者經常面臨著被傷害、被壓迫和被暴力的問題。菲利普四世認為，出現上述現象，這是他的失職所造成的。1295年，美男子菲利普四世頒布的法令規定：「禁止以任何藉口掠奪巴黎大學教師和學生的財產。」1297年，菲利普四世頒布的特許狀規定，不得以任何方式騷擾巴黎大學教師和學生，把他們置於國王的特別保護下。
在任何情況下，不考慮其國籍，允許他們自由出入，並隨意攜帶財產。為了進一步吸引外國學者，菲利普四世注重保護學者人到我們特殊的保護，無論是在城市還是道路中都受到保護。」從此以後，巴黎大學教師和學生可以自由出入，國王保護其人身安全和財產安全。
免除房屋租賃稅
由於佛蘭德爾戰爭費用增加和國王宮廷大量花費，14世紀初，菲利普四世財政出現混亂狀態，國王採取各種方法增加收入，戰爭迫使菲利普四世向教會徵稅。但是，菲利四世仍然免除巴黎大學教師和學生的部分賦稅。1301年，巴黎大學教師和學生要求免除房屋租賃稅，巴黎市長果斷地拒絕了他們的要求。
巴黎大學教師和學生同巴黎市長發生衝突，巴黎市長派出衛隊長紀勞姆·勒佩蒂強行抓捕了一名拒絕交納房屋占有稅的學者，國王菲利普四世堅定地站在巴黎大學教師和學生一邊。
菲利普四世要求爭執雙方在聖丹尼斯修道院會面，要求雙方在會面之前制定請願書，菲利普四世支持免除巴黎大學教師和學生的房屋租賃稅。此次會面，巴黎大學的要求得到滿足。除了免除房屋租賃稅之外，也免除了通行稅、關稅和其他商品稅。
巴黎市長保護責任制
1301年3月3日，菲利普四世重申了之前巴黎大學教師和學生所擁有的一切特許權，強調巴黎市長每兩年必須當眾用法語宣讀一次所有特許權條款，以提醒巴黎市長不折不扣地保障特許權的執行。巴黎市長讓其部下宣誓尊重巴黎大學教師和學生特許權。菲利普四世認為，這種儀式是十分必要的，因為人的記憶有限，並且巴黎市長經常發生人員變動。
1304年，巴黎城市長皮埃爾·朱邁爾公然違抗該原則，逮捕並處決了兩名大學學者。國王將其逮捕，予以免職，並將其懸於兩個受害者的屍旁以示懲罰，還判處其在去羅馬朝聖之前，將錢捐給兩座贖罪教堂。此外，巴黎城神職人員聚集在巴黎市長府邸前，向他府邸投擲石塊，同時高聲喊吶：「離開、離開」。
對此，菲利普四世宣稱，他有責任維護巴黎大學教師和學生的各種特許權和豁免權，再次提到免除租房稅。菲利普四世授予巴黎大學的特許權，進一步提升了巴黎大學自治能力。自此，巴黎大學從依附於教皇轉向國王，法蘭西國王開始把巴黎大學置於其羽翼之下，干涉巴黎大學內部治理。
司法管轄權和經濟特許權
1302年，菲利四世頒布的法令規定，主教法庭審理巴黎大學教師和學生案件。該措施使巴黎大學教師和學生免於世俗法庭的審理。除了司法管轄權之外，巴黎大學教師和學生享有經濟特許權。菲利四世頒布的法令規定，允許學者保留其帶來的外國貨幣，曾經被扣押的貨幣要歸還學者，如果無法歸還，國家要補償給學者。
菲利普四世長期友善地對待巴黎大學，也從這種友善中得到回報。其一，巴黎大學為其培養了一批優秀的公職人員。為了使全國有法可依，他從巴黎大學選拔了一班顧問，即「王家立法官」，專門探究羅馬的各類成文法，編寫通行王國全境的法律。其二，在與教皇卜尼法斯八世對峙時，巴黎大學支持菲利普四世。
13世紀末至14世紀初，為了籌集戰費，菲利普四世破例向教會正式公開徵稅。該舉措直接影響了教廷收入，菲利普四世與教皇卜尼法斯八世產生矛盾。因為神職人員被免除賦稅特許權牽扯到中世紀西歐複雜的土地關係，致使教會和世俗封建主之間的衝突層出不窮。格拉提安認為，在歷史上有些教會人士認為，從皇帝那裡取得的教會土地應該向皇帝交納賦稅。
但教會法規定，未經教皇准許，任何人不得向教會徵收賦稅。根據教會法規定，12世紀末，教皇英諾森三世頒布詔書的規定，神職人員可免於承擔任何公共服務義務、履行職責或向外行支付的任何雜費。但是，菲利普四世經常要求神職人員繳納捐稅，該政策嚴重地觸犯了教會利益。卜尼法斯八世有著深厚的神權思想，絕對禁止向國王繳納任何捐稅。
1296年，教皇卜尼法斯八世頒布詔書，反對菲利普四世向神職人員徵稅。此外，教皇卜尼法斯八世採取報復性措施，革除菲利普四世教籍，暫時中止巴黎大學執教資格的授予權利。在此次事件中，巴黎大學站在國王一邊，擁護國王的統治。神學院部分教師宣稱，卜尼法斯八世的教皇地位不合法。
菲利普四世派遣使者逮捕了年屆古稀的卜尼法斯八世，教皇卜尼法斯八世旋即憤懣而死。1305年，在菲利普四世的干預之下，樞機主教團在里昂推舉貝特朗·德·戈特為教皇，稱克萊門特五世。
克萊門斯五世深感羅馬市民反對的威脅。1309年，克萊門斯五世把教廷遷至法國南部的阿維尼翁。在阿維尼翁教廷之中，134名樞機主教，有111名是法蘭克人，引起其他地區教職人員極大不滿。1376年，教皇格里高利十一世把教廷遷回羅馬城，這段歷史被稱為阿維尼翁之囚。在這期間，巴黎大學站在王權一邊。