1644年至1646年，入關的清以摧枯拉朽的攻勢擊敗了三大對手，弘光帝被俘，李自成斃命，張獻忠被射死，到17世紀50年代時，抗清的勢力只剩下了在西南擁戴永明王的大西軍餘部，蟄伏夔東山區的大順軍餘部和活躍在福建沿海的鄭成功了。
1657年八月十二日，不滿足於在福建沿海攻城掠地的鄭成功舉兵北伐，經閩安鎮在浙江台州海門港登陸，攻入清朝的財賦重地，連克黃巖縣、台州府、太平縣、天台縣與海門衛等處。但這時張名振已死於軍中[ 張名振之死，一說為病死；另一說法為鄭成功毒死，為的是要吞併他的軍隊。]，鄭成功要想北上通過杭州灣以北不熟悉的水域重占舟山，已無人為他當嚮導了，這時他又突然收到了防守閩安鎮的守將徐日彩的報告。鄭成功北伐後為保障後方基地的安全，曾派大將徐日彩返回閩安，協助守將進行防禦。返回閩安的徐日彩回復鄭成功稱閩安城寨堅固，上寨之北通道布有地雷，後山頂寨「四面險峻」，僅有一條山路可通。如清兵來襲後寨，可調上寨之兵支援，若上寨告急，可從後寨抽兵來助。水師鎮守之處水流湍急，清軍戰船不能成列來襲，且我軍占據上風位置，若清軍來襲，我軍可乘風破敵，所以閩安鎮萬無一失。鄭成功看了匯報後大驚，對隨軍諸將道：「閩鎮危矣！」他聲稱清軍若來攻擊，勢必同時攻打兩寨，使我首尾難顧，怎會只攻一處讓我軍互相支援？萬一守軍聲東擊西，我軍疲於奔命，必將陷入被動。而我軍水師處於上風，應當主動出擊，若等到清軍水陸大軍會集，閩安必將難保。於是他立即放棄了在台州新得的府、縣，慌忙從浙江班師趕回閩安救援。
但不及鄭成功返回，清軍就對閩安發起了進攻。原來得知鄭軍精銳北上，清軍新上任的閩浙總督李率泰當機立斷，決定出動八旗兵，水陸並進，進攻閩安鎮，準備消除鄭軍對省會福建的威脅。九月八日，清軍出動優勢兵力，以銃炮連攻四晝夜，城垣中彈處石、灰亂揚，城中守卒根本無法抵擋，閩安也於十四日陷落，鄭軍損失兵員達五六千人。自此，從1656年七月攻克閩安起，鄭成功花費一年征戰所得的地盤喪失殆盡，鄭軍控制的地盤還只是金門、思明州、南澳等地的沿海島嶼而已。
不過在與清軍的多次廝殺中，鄭成功也吸取到了經驗教訓，認識到己方在戰馬與鐵甲方面的不足，於是他下令仿照繳獲的清軍鐵甲，開始打造一支能與滿洲八旗騎兵相抗衡的「鐵軍」，並加緊練兵，準備在來年與清軍再決雌雄。
1658年，由於孫可望與李定國發生了內訌，西南明軍勢力大損，清軍趁機發起了大舉進攻，李定國急忙向鄭成功求援。五月，鄭成功率十五萬大軍——號稱「八十萬」——和三千艘船隻由思明州如約北上，準備經長江口進攻南京，擾亂清朝後方以牽制進攻大西南的敵軍。
八月初九日，鄭成功大軍與張煌言會師後經浙江舟山北上，進抵羊山群島，快要進抵長江口時，誰知天有不測風雲，陡然間烏雲翻滾、颶風驟起，瞬間迅雷閃電、大雨如注、波濤洶湧。鄭軍舟船對面亦不能相見，不是互相撞擊破裂就是被大浪掀翻，連鄭成功的六位妃嬪和三個小兒子都被淹死，士兵遭溺斃者成千上萬。這番天災讓鄭軍兵將、器械損失巨大，船隻損毀三分之一。心灰意冷的鄭成功嘆息「天意難違」， 加之其一向活躍在福建沿海，對舟山群島以北海域的海況並不熟悉，只得下令返回浙江沿海整頓、再作緩圖。
隨著清軍三路進兵雲貴，西南明軍基地基本喪失殆盡，永曆小朝廷岌岌可危。夔東十三家力量弱小，雖多次出兵重慶等地救援，但難以力挽狂瀾。能扭轉危局的只有在東南沿海抗清的鄭成功部了。
鄭成功自1658年八月北伐遇颶風無功而返後，回師途中攻克了台州、海門衛、黃巖縣、樂清縣等浙江沿海要地，準備再次北伐。到1659年初時，鄭成功見清兵主力集中於西南，認為這是擴大自己在東南勢力的大好機會，於是決定率主力乘船北上，再次北伐。
鄭成功手下大將甘輝曾提出北伐三策，上策是避實擊虛：趁清軍主力都集中在關內，鄭軍水師順風揚帆從海路出發，旬月間直達旅順，再以偏師殺向皮島，主力直搗滿人「建州」老巢，在關內的滿軍懷念故土，必然惶恐不安，喪失鬥志，那時鄭軍趁機進入山海關，天下可傳檄而定。
中策是直搗黃龍：大軍從海路直達天津，掠奪糧餉後直指北京，清軍得知京師被圍一定遠道來救，那時正好圍點打援。
下策為割據江南：利用水軍進入長江，然後拿下南京，斷絕江淮漕運，與清朝劃江而治。鄭成功為穩妥起見，又考慮到要支援西南明軍，進入長江、擾亂其運輸航道最為有效，於是決定出兵長江，先取南京。
1659年四月，經過半年多休整的鄭成功與張煌言率兵馬十萬，戰艦千艘再次北上，為了防止福建根據地因兵力空虛受到清軍襲擾，鄭軍攜帶了大量家屬一同隨軍出征。三十日，鄭軍全殲鎮守定海的清軍，奪取了定海，解除了進軍長江的後顧之憂。五月初，鄭成功率領的十餘萬兵馬分乘大小船舶三千餘只，浩浩蕩蕩由吳淞口駛入長江，清朝蘇淞提督馬逢知（即原清浙江金衢總兵馬進寶）見鄭軍勢大，秘密聯絡鄭成功，有反正之意，但又猶豫未決，想要等到鄭軍拿下南京後再做決定。
進入長江後的鄭成功聽取諸將的建議，捨棄清軍憑城扼守的江陰小縣不攻，直接溯流西上。鄭軍水師先派出四艘船隻虛張聲勢的佯攻，每艘船隻都蒙著白布，裡面放著黑泥，偽裝成載有士兵，以數人掌舵揚帆而上，每天來回數次。沿江木城中的清軍以為敵軍來襲，不斷釋放銃炮攻擊船隻，一連五日晝夜不停，浪費了不少彈藥。六月十六日，鄭成功見時機成熟，派水性好的士卒潛入江中，截斷清軍用鐵鏈、船隻連結的鎖江防線「滾江龍」，打開了水上通道，又放火焚毀了清軍江上的木製浮營，使清軍苦心經營的江防工事頃刻瓦解，攻破了瓜洲。十九日，鄭軍又在長江對岸的鎮江登陸，清軍見敵軍人多勢眾，退軍至銀山之下下寨。鄭成功見狀當機立斷，在二十二日夜間二更搶先占據了銀山，於天亮前派兵登上了山頂，占據了制高點，前鋒距清軍陣營一二里下寨。待山下的清軍醒悟過來已經為時太晚，急忙派騎兵出擊，想要用重甲騎兵衝破鄭軍的步兵陣。但他們卻遇到了一個強勁的對手——那就是鄭成功精心打造的「鐵軍」。
迎戰的鄭軍布陣三疊，打頭陣的正是手持福建藤牌和雲南砍馬刀、身披三十斤盔甲的鐵甲步兵。分作五路的清軍騎兵飛馳而來，想要如同往常一樣先沖亂敵軍的陣線，再由跟隨的精銳部隊從突破口殺入。鄭軍第一疊陣線雖被突破，但仍靠著鐵甲保護與清兵鐵騎抗衡。第二疊鐵甲步兵用盾牌列成牆陣將騎兵阻於陣中，清軍騎兵進退不得，馬上被分割包圍起來，三個鄭軍士兵圍攻一個清軍騎兵，一人持盾牌居前防護，兩人持刀隨後，將清軍砍得人仰馬翻。隨後的清軍見前鋒失利，不敢繼續向前，只得急放箭矢相救，但鄭軍從頭到膝蓋皆有頭盔與鐵甲護身，根本不懼弓矢。清軍無法，只得下馬步戰，但他們所持的矛槊與馬刀只適用於馬上作戰，一旦徒步近戰，根本不能與鄭軍步兵的藤牌與砍馬刀相抗衡，頓時死傷累累。雙方激戰正酣，突然鄭軍營中旗幟揮動，鐵甲步兵見狀立即四散而走或匍匐在地，清軍騎兵以為對手要逃跑，立即策馬要追，突然間炮聲齊響、震耳欲聾，原來是鄭軍炮銃齊發，站立的清軍紛紛中彈，被射倒一片，散開的鐵軍紛紛回頭上前補刀。五路清軍四路全敗，另一路落荒而逃。
銀山獲勝之後，鄭成功立即兵圍鎮江，二十四日，城中守將被迫獻城投降，附近的句容、儀真、滁州等地也望風歸降。二十六日，張煌言率領的前鋒舟艦已逼近南京。鄭成功以張煌言熟悉長江情形，請他率前軍溯江西上攔截湖廣、江西來援的清軍船隻，並招撫上游各路州縣。
但對於由水路進軍還是由陸路進軍南京，鄭軍之中發生了分歧。大將甘輝認為「兵貴神速」，他提議大軍由陸路長驅直入、晝夜兼程直抵南京城下，趁清軍援軍未到，圍攻南京。但其他將領認為大軍遠道而來，水土不服，而且士兵所帶裝備太多，又恰逢「炎暑酷熱」，若由陸路進軍，將十分困難。這時恰好又下起了大雨，河水暴漲，利於水路而不利於陸路，於是在鄭成功決定率大軍由水路直奔南京，沿岸清軍水師見敵軍聲勢浩大，已是草木皆兵，不敢出兵迎戰。
鎮江到南京約有一百二十里，若從陸路急行軍約一兩天可達，但鄭成功所部坐船逆流而上，導致行軍速度緩慢，一直到七月仍未到達南京城下。
七月初七日，鄭成功航行了近十天的龐大的水師主力終於到達了南京外城的觀音門附近，途中鄭成功躊躇滿志，作詩云：
「縞素臨江誓滅胡，雄師十萬氣吞吳。
試看天塹投鞭渡，不信中原不姓朱。」
兩天後，鄭軍登陸後直逼城西北臨江的儀鳳門，大軍立營八十三座，在城周圍分散駐紮。在七月初七鄭成功抵達南京的同一天，張煌言也到達了蕪湖，雖然他部下兵不滿千，船不滿百，但張氏以延平郡王鄭成功的名義發布檄文告諭各路州縣來歸，一時大江南北群起響應，徽州﹑蕪湖﹑巢縣﹑當塗﹑太平﹑銅陵﹑宣城﹑無為等地共四府三州二十四縣依次歸附，各地義軍也紛紛來投，張軍水陸兵丁增至萬餘人，明軍一時聲勢浩大。抵達南京的鄭成功率人登上鐘山遙祭明孝陵，對南京志在必得。
鄭成功大軍雖抵南京城下，主力卻沒有直趨清軍守備兵力薄弱的南京，也沒有分兵占領周圍州縣、切斷清朝援軍入城的道路。城內清軍只有三千餘人，不敢出城應戰，只向鄭成功遞信道：「我等力爭不敵，本應馬上投誠。但清朝有制度，守城者堅守三十日，援兵不來，則失城者部罪家屬，南京文武官員家屬均在北京扣作人質，乞求寬限三十日到期，我等立即開門歸降」。鄭成功部將潘庚鍾立即識破這是清軍詭計，向鄭成功道：「此乃敵人緩兵之計，絕不可信，趁如今南京城內空虛，應即刻下令攻城」。鄭成功卻認為南京城池廣闊龐大，若強行攻打必定傷亡慘重，他道：「我大軍一路而來，戰必勝、攻必克，南京守將已嚇破膽。攻城為下，攻心為上，不戰而屈人之兵，最為上策」。加之收到清方松江總兵馬逢知暗地裡約降的密信，鄭成功認為南京已在掌握之中，只是圍城不攻，以致喪失良機。
順治皇帝得知南京危急，大為震驚，方寸大亂的他甚至想要逃回滿洲老家，後來在孝莊太后的斥責下他又暴怒起來，拔劍砍壞了御座，聲稱自己要御駕親征，最後在大臣的勸說下才打消了這個念頭。但由於重兵都聚集在雲貴，無法立即調回，其它地方的兵力也是捉襟見肘，順治帝只得急忙先調杭州﹑崇明的清兵支援。一直到六月十八日晚，清朝進攻貴州的部分八旗兵才由荊州乘船四十艘抵達南京增援。到了七月，就在鄭成功還沉浸於守城清軍即將投降的夢幻中時，清軍援兵已不斷抵達南京。七月十五日，蘇松水師總兵梁化鳳帶著三千步騎兵進入了南京城，金山營所轄一千名步騎兵與駐杭州的五百八旗兵也陸續趕到，南京城內的守軍增加了一倍。
隨著時間一天一天的過去，圍城的部分鄭軍逐漸麻痹鬆懈，甚至有人開小差去江邊捕魚。而城中不肯坐以待斃的清軍卻主動出擊了，七月二十二日晚，清軍得知次日是鄭成功的生日，鄭軍諸將要卸甲飲酒慶賀，防備必然鬆懈，於是清江南總督郎廷佐命南京城內清軍十人中留一人，其餘皆下城結營，於天色微明之際突然出城，以火炮開道，衝擊駐紮在儀鳳門外的余新部。鄭軍大軍齊集南京城下，圍而不攻長達半月，師老兵惰，士氣逐漸低落。儀鳳門外又道路狹窄，遇到清軍火炮突擊，駐紮在此地的鄭軍無處躲避，頓時大亂。其餘各營見位於前線的余新部遇險，卻不敢上前支援——原來之前作戰時發生過各鎮為爭功而互相攻訐之事，惱怒的鄭成功特意下令：今後若無藩主命令，擅自進兵者軍法處置！鄭成功本來想嚴明軍紀，誰料卻弄巧成拙，各營沒得到軍令，不敢出戰，只能眼睜睜的看著前鋒鎮潰敗下來。
鄭軍大將甘輝見己方銳氣已挫，勸說鄭成功退軍觀音門一帶，穩住陣腳，再趁勢反攻。但鄭成功卻不聽，反而命主力在觀音山上層層結營，布下四道防線，準備依山就勢，將清軍騎兵引到山地上決戰——若清軍正面來襲，必須一路仰攻，定然陷入劣勢。而在城內的清軍也在加緊備戰，準備分兵四路出擊。總兵梁化鳳在城上視察敵情時，發現城東北角有一廢棄的「神策門」，因久棄不用，早已被土堵塞。於是他心生一計，下令趁夜將此門悄悄挖開，出其不意的從此門突出，打敵人個措手不及。
到二十三日總攻發起之前，「神策門」被神不知鬼不覺的挖開了，梁化鳳帶領部下由此出城後抄小道而行，兜了個大圈子繞至敵後，開始從觀音山山後攀登。到了山間，梁化鳳俯瞰江邊敵船，見岸邊軍營星羅棋布，但裡面的士兵或起或臥，軍紀鬆懈。於是當機立斷的派人下山割取蘆葦，去放火焚燒敵船，一來擾亂敵軍軍心，二來斷敵歸路。
快到山頂時，梁化鳳所部遇到了設防的鄭軍左先鋒鎮楊祖部，雙方從拂曉激戰至中午，清軍火銃彈丸已消耗殆盡，攜帶的十萬支箭也已用盡，梁化鳳立即棄馬步行，親自帶兵向前衝擊。清兵見主帥都不怕死，士氣大振，紛紛奮勇向前衝鋒，與敵軍展開近戰。鄭軍「鐵軍」有鐵甲護身，手持藤牌與砍馬刀，綠營兵平時所用的矛槊難以與之抗衡。但此次清軍是有備而來，梁化鳳特意為手下兵將配置了由一長一短兩截鐵棒組成的「鏈夾棒」，中間由鐵鏈相連——類似雙節棍，長達丈余的「鏈夾棒」打砸威力頗大，不但能憑藉慣性將鄭軍的雲南砍馬刀砸鈍，而且甩打之時還可以擊中藤牌後的敵兵。鄭軍的鐵甲雖然可抵擋利器砍刺，但卻不能防禦重兵器的砸擊。加之鐵甲沉重，「鐵軍」在崎嶇的山地上行動遲緩，漸漸筋疲力盡。前來爬山偷襲的綠營清兵輕裝上陣，行動靈活，逐漸占據了上風。不一會兒，登上山巔的清軍就殺入鄭軍營壘，這時突然火焰與硝煙從山後扶搖直上，映紅了江水。原來是停泊在岸邊的鄭軍船隻遭到了清軍的焚燒，山上的鄭軍士兵望見，因挂念留在船上的家眷與輜重，頓時失去鬥志，急忙往山下飛奔去救，但鐵甲沉重，加之山間樹木叢立、地勢崎嶇，下山士兵重心不穩，紛紛被絆倒，又被趁勢衝殺的清軍殺死大半。
在山下的鄭軍沒料到敵人首先在後山發起進攻，因山上山下交通不便，等鄭成功聽到廝殺之聲急忙派兵支援時，已經為時太晚。梁化鳳擊敗孤立無援的楊祖部，又居高臨下的從山巔殺下，準備與從山腳下來攻的清軍八旗兵會合。埋伏在山間的鄭軍未得號令，不敢亂動，被下山的清兵分割包圍，只能各自為戰，屍體漫山遍野，據說甚至「滴血有聲」。城中的清軍見時機已到，也出動騎兵從鍾阜門殺出，全線出擊、揮兵猛攻，與下山而來的清兵前後夾擊。拼殺激戰之中，鄭成功手下林察、林勝、陳魁等數十員大將戰死，甘輝被擒，諸營漸漸動搖。在觀音山頂坐鎮指揮的鄭成功見清軍全線出擊，己方陸軍即將崩潰，急忙讓參軍潘庚鍾坐在自己的黃傘蓋之下代替自己坐鎮指揮，以安軍心，自己帶親隨衛士去江邊大營調水軍從後方支援包抄。
但已來不及了，鄭成功剛到江邊，就見己方四艘大船火起爆炸——原來是清軍派出姦細暗地裡偵得鄭軍裝滿火藥的大船，趁陸上激戰，攜硫磺瓶前來燒船。鄭成功見火藥船被燒毀，登時心驚，也顧不得增援陸上，急忙上船催水師逃走。在岸上敗北的鄭軍逃到岸邊，不見了船隻，撤退無門，絕望之餘只得邊戰邊向山上撤退。從後向前衝破鄭軍四重防線的梁化鳳望見觀音山上有鄭成功的傘蓋，以為鄭成功還在山上，用手遙指道：「擒賊先擒王！」冒著箭矢帶兵拚死向前猛攻，潘庚鍾等寡不敵眾，最終與屬下士兵全部戰死。
眼見兵敗如山倒，心灰氣冷的鄭成功只得放棄鎮江﹑瓜州，全軍順流東下，退出長江口。張煌言得知鄭成功陸軍戰敗，但水軍完好，急忙致書鄭成功道：「勝敗乃兵家常事，今日所恃者民心耳」，勸他不要退軍。但鄭成功已經是歸心似箭，已經倉促的退出了長江，根本沒有收到張氏的來信。
回師途中，鄭成功再次攻打崇明島，想重振士氣，並奪取此島作為基地，伺機再入長江，但久攻不克。原來梁化鳳早已料到鄭成功東撤可能危急崇明，於是急忙派兵渡海來救，終於在鄭成功抵達前一天趕到了。因城中深溝高壘，鄭軍圍攻幾天不克，只得於八月悻悻南歸。暗通鄭成功的蘇淞提督馬逢知也東窗事發，於1659年底被清朝逮捕押往北京，而在南京之戰中立下大功的梁化鳳則被清廷提拔為蘇淞提督。
鄭成功向東退兵之際，竟未告知在上游的張煌言部，下游清軍見鄭軍主力已退，急忙調集水陸軍切斷張軍的出海退路，另一支救援南京的清軍也於八月乘船由荊州東下，抵達安慶。張軍退路被切斷，已處於清軍東西夾攻之中。於是張煌言移舟西上，欲進入江西鄱陽湖抗清，但又被清軍擊敗，已陷入進退失據的窘境。最後張煌言只得焚毀船隻，棄舟登岸，取道陸路，輾轉前往英﹑霍山區，但此地的原義軍已接受了清軍的招撫，又得知鄭成功兵敗，不許張煌言入寨。在清軍的追擊下，張軍部眾四散而逃，張煌言隨身只剩下了兩名親信隨從，後來他在地方抗清義士的掩護下改裝易服，由山路經安慶﹑祁門﹑徽州﹑衢口﹑義烏﹑天台﹑寧海抵達海濱，歷時近半年，行程二千餘里，這才重新回到海上義師中。
來源：楊亮 天下方輿