印尼歷史悠久。爪哇是人類發源地之一。遠古時期已有人在此繁衍生息。印尼社會長期處於封建割據狀態，先後分為印度教王國和伊斯蘭教王國兩個時期。公元一世紀佛教傳入印尼,印尼進入印度宗教文化影響時期，公元五世紀出現最早的王國加里曼丹東部的古戴王國和西爪哇的達魯瑪王國，七紀在蘇門達臘的巨港出現了東南亞強大的海上王國室利佛逝，十三世紀末，拉登威查雅在爪哇建立了印尼歷史上最強大的麻喏巴歇王國，統一了印尼。十三世紀伊斯蘭教傳入印尼，十六世紀伊斯蘭教王國淡目滅掉麻喏巴歇，印尼進入伊斯蘭王國鼎盛時期。1511年葡萄牙人為奪取香料侵入印尼東部馬魯古群島，西班牙人也接踵而來，遭到爪哇、蘇門答臘和馬魯古地區伊斯蘭教王國的聯合抵抗。1596年荷蘭侵入，1602年荷蘭在印尼建立了具有政府職能的「東印度公司」。1799年12月底，荷屬東印度公司宣布破產。1800年殖民政府取而代之，通稱「荷印政府」。1811-1816年英國取代荷蘭建立了殖民地政府，英駐爪哇總督萊佛士在當地推行部分自治和廢除奴隸貿易，以土地所有製取代荷蘭的強迫種植制。1816年後荷蘭逐漸恢復對印尼的殖民統治，至1903年征服亞齊，才完全占有整個印尼。期間，印尼各地從未間斷反抗荷蘭的鬥爭，其中最著名的有1816-1818年的馬魯古反荷起義、1825－1830年爪哇人民大起義、西蘇門答臘的反荷戰爭、1873-1903年的亞齊戰爭等。
二十世紀初印尼出現民族覺醒運動。1908年5月20日，印尼第一個有組織、有綱領、有領導的政治組織，即「至善社」宣告成立。1912年伊斯蘭協會成立，主張與荷蘭合作，進入議會開展鬥爭。同年,現代穆斯林組織穆罕默迪亞成立，致力於社會和經濟改革。1920年印尼共產黨成立。1926年印尼共領導民族大起義，遭到荷蘭殖民者的殘酷鎮壓。同年傳統穆斯林組織伊斯蘭教士聯合會成立，開始改造穆斯林的社會文化運動。1927年蘇加諾等組建印尼民族黨，採取與荷蘭不合作政策，爭取民族獨立。1928年10月28日在巴達維亞（即現雅加達）舉行的第二屆全印尼青年大會上，來自全國各種族，不同語言、宗教和文化背景的青年宣誓要忠於「一個國家，即印度尼西亞；一個民族，即印尼民族；一種語言，即印尼語」。1942年日本侵占印尼。1945年日本投降後，印尼爆發了「八月革命」。
1945年8月17日蘇加諾宣布獨立，建立印度尼西尼亞共和國，蘇加諾和哈達分別出任總統、副總統，頒布了《「四五」憲法》。1945年11月10日爆發了反抗英軍的泗水保衛戰。1946年英軍撤出印尼，尾隨英軍入侵的荷蘭人企圖恢復對印尼的殖民統治，遭到印尼軍民的堅決反擊，1946年11月雙方簽訂了《林牙椰蒂協定》。1947年7月荷軍撕毀協定，向印尼共和國發動第一次殖民戰爭。後雙方簽訂了《倫維爾協定》。1948年9月發生鎮壓印尼共產黨的「茉莉芬事件」。1948年12月，荷軍藉機向印尼共和國發動第二次殖民戰爭。1949年11月雙方簽訂了《圓桌會議協定》，印尼成為聯邦共和國，加入荷印聯邦。1950年8月印尼成立統一的印度尼西亞共和國，頒布了臨時憲法。同年8月27日，印尼第60個加入聯合國。
1950至1959年間印尼實行議會制，推行「自由民主」，共出現了7屆總理內閣。1954年8月宣布脫離荷印聯邦。1955年舉行首次全國大選。同年4月在萬隆舉行亞非會議。先後粉碎了亞齊、爪哇、南蘇拉威西的「伊斯蘭教國/伊斯蘭教軍」運動（1950－1965）、「南馬魯古共和國」分離運動（1950）、蘇門答臘「印尼共和國革命政府」和蘇拉威西「全民鬥爭憲章」分裂運動（1958）。1959年蘇加諾宣布恢復《「四五」憲法》，實行「總統制」，推行「有領導的民主」，提出民族主義、宗教主義和共產主義三種思潮合作的設想，即「納沙貢」思想。1963年收復荷蘭殖民者占據的西伊里安。同年9月為反對馬來西亞聯邦成立而發動「對抗馬來西亞運動」，並因抗議馬來西亞成為聯合國安理會成員而於1965年1月一度退出聯合國。
1965年9月30日，蘇加諾警衛團的翁東營長發動「九·三○運動」，宣布成立「革命委員會」，接管政權。同年10月1日，陸軍情報中心宣布陸軍戰略後備部隊司令蘇哈托臨時掌管陸軍領導權，對「九·三○運動」發起者採取軍事行動，大肆逮捕、處決印尼共產黨人和同情者。美、英最新解密的檔案和學術界的研究顯示印尼陸軍與這次運動有密切關係，實際上是在美、英直接支持下藉故對印尼共進行屠殺。1966年3月11日蘇哈托代行總統職權，次日，蘇哈托宣布解散印尼共產黨。1968年軍人出身的蘇哈托出任印尼共和國第二任總統，結束蘇加諾「舊秩序」(ORDE LAMA)，開始「新秩序」(ORDE BARU)，實行反共反華和尋求西方援助的政策，與東南亞鄰國修好並共同組建東協。1969年4月開始實施五年建設計劃。1971年舉行大選，1973年簡化政黨，只保留專業集團、印尼建設團結黨和印尼民主黨。1975年吞併東帝汶為印尼第27個省。
1997年下半年在泰國金融危機的引發下，印尼出現金融危機，政局嚴重動盪。1998年3月蘇哈托第七次蟬連總統，技術專家出身的哈比比為副總統。1998年5月13、14日，印尼雅加達等地發生幾十年來最嚴重的攻擊華人的騷亂事件，給華人的生命財產造成極為嚴重的損失，印尼出現了政局的全面動盪和政治、經濟、社會的空前危機。5月20日蘇哈托在人民示威和眾叛親離中被迫交權給哈比比副總統，哈比比出任印尼共和國第三任總統。印尼開始進入民主改革的過渡期。
1999年6月印尼舉行三十多年來第一次自由、民主的全國大選，共有48個政黨參加，蘇加諾女兒梅加瓦蒂領導的民主鬥爭黨獲33.76％的選票成為議會第一大黨。1999年8月30日按照哈比比政府和葡萄牙、聯合國達成的三方協議，東帝汶在聯合國監督下就是否接受印尼的自治方案舉行全民投票，78.5％的選民拒絕接受，東帝汶脫離印尼，開始獨立進程。1999年10月人協大會投票選舉伊斯蘭教士聯合會主席瓦希德為印尼共和國第四任總統、梅加瓦蒂為副總統。2001年7月23日，印尼人協特別會議通過了罷免總統瓦希德的決議，同時任命梅加瓦蒂為印尼第5任總統，總統任期至2004年，梅加瓦蒂成為印尼歷史上第一位女總統。2004年10月，蘇西洛·班邦·尤多約諾就任印尼總統。