秘魯在大約公元前11,000年開始有人類的足跡。當地最早出現的複雜社會結構是公元前3,000至1,800年在沿海地區形成的小北史前文明，其後又相繼出現查文文明、帕拉卡斯文明、莫奇卡文明、納斯卡文明、瓦里文明和奇穆文明。在公元15世紀，印加人建立了印加帝國，並維持了一個世紀。該帝國是前哥倫布時期美洲的最大國家。印第安社會建基於農業，使用灌溉和梯田等種植法；美洲駝飼養和漁業也十分重要。因為沒有市場或金錢的概念，社群的維繫依賴互惠和再分配等機制。
1532年，弗朗西斯科·皮薩羅帶領的征服者擊敗印加帝國皇帝阿塔瓦爾帕，西班牙自此開始對當地的統治。10年後，西班牙王國宣布成立秘魯總督區，包含了西班牙在南美洲的大部分殖民地。總督弗朗西斯科·德托萊多於1570年代重組該國，銀礦開採成為主要經濟活動，被奴役的印第安人是主要的勞動力。秘魯的礦藏為西班牙王國帶來收入，也引發了一個伸延遠至歐洲和菲律賓的貿易網絡。但是，到了18世紀，減少中的銀產量以及經濟多樣化大大削減了王國的收入。對此，王國實行波旁改革，增加稅收，分割秘魯總督區。新法例觸法了圖帕克·阿馬魯二世等人的起義，但他們全都被擊敗。
19世紀初期，獨立戰爭在南美洲各地暴發，但秘魯仍是君主主義者的大本營。因為菁英分子在獨立與繼續效忠西班牙王室兩個選項之間發生分化，秘魯的獨立要到何塞·德·聖馬丁和西蒙·玻利瓦爾發起軍事行動後才成事。共和國成立初期，各地區軍事領袖之間的權力鬥爭導致政局不穩。隨著玻利瓦爾組建拉丁美洲聯盟的計劃遭遇失敗，秘魯-玻利維亞邦聯成立不久後又告瓦解，秘魯的國家認同也開始建立。從1840到1860年代，在總統拉蒙·卡斯蒂利亞的統治之下，海鳥糞出口帶動國家收入增加，秘魯隨之穩定發展。但直到1870年代，這些資源逐漸被耗盡，國家嚴重負債，政客的內鬥重新展開。
秘魯在1879年至1883年間發生的太平洋戰爭被智利擊敗，在《安孔條約》和《利馬條約》中割讓阿里卡和塔拉帕卡省|塔拉帕卡兩省。保守主義政黨Partido Civil的執政暫緩了秘魯戰後的內部鬥爭，該黨一直維持到獨裁者奧古斯托·B·萊吉納掌權。大蕭條拖垮了萊吉納政權，也引發了新一輪的政局混亂，秘魯人民黨隨之而冒起。在往後的30年，秘魯的政治形勢都圍繞著菁英份子聯合軍人與人民黨的鬥爭發展。
1968年，胡安·貝拉斯科·阿爾瓦拉多將軍帶領武裝部隊對費爾南多·貝朗德·特里總統發動政變。貝拉斯科奪權後進行激進的改革以促進發展，但無法獲得廣泛支持。1975年，貝拉斯科被總理兼陸軍部長弗朗西斯科·莫拉萊斯·貝穆德斯發動軍事政變推翻，莫拉萊斯停止了貝拉斯科的改革進程，重新建立民主制度。1980年代，秘魯面臨巨額外債、高速通貨膨脹、猖獗的毒品走私活動以及大範圍政治暴力。在阿爾韋托·藤森的統治下，國家開始復甦；但獨裁、貪污和侵犯人權等指控迫使藤森在2000年備受爭議的總統選舉後辭職。藤森時代結束後，秘魯嘗試在打擊貪污的同時保持經濟增長，現任總統是阿蘭·加西亞·佩雷斯。