堯舜對三苗的連續征伐，逼迫三苗退回江漢平原，華夏集團一度控制了南陽地區，但三苗並未就此罷手，而是多次北上侵襲騷擾，並再次占領了南陽乃至以北的部分地區。所以禹上位後，對三苗又進行了一次大規模的征討，這是雙方戰爭的第三階段，也是決定雙方最終走向的一場戰役。
對於這次戰爭的起因，《竹書紀年》說：「有苗負固不服。」意即三苗依恃險阻而不臣服。
《尚書·益稷》說：「苗頑弗即工。」
《尚書·大禹謨》記載了大禹出師討伐三苗的誓言：
濟濟有眾，咸聽朕命。蠢茲有苗，昏迷不恭，侮慢自賢，反道敗德，君子在野，小人在位，民棄不保，天降之咎，肆予以爾眾士，奉辭伐罪。爾尚一乃心力，其克有勛。
大禹在這裡列舉了三苗的三條「罪狀」，作為對其征伐的理由：一是昏迷不敬，侮慢常法，妄自尊大；二是違反正道，敗壞常德；三是賢人在野，小人在位。人民拋棄他們不予保護，上天也降罪於他們。所以「我率領你們眾位將士，奉行上帝的命令，討伐苗民之罪。你們同心同力，就能建功立業」。
這次戰役進行得相當殘酷激烈。對於戰役的經過，《墨子·非攻下》有如下記載：
昔者三苗大亂，天命殛之，日妖宵出，雨血三朝，龍生於廟，犬哭於市，夏有冰，地圻及泉，五穀變化，民乃大振。高陽乃命玄宮，禹親把天之瑞令以征有苗。四電誘祗。有神人面鳥身，若瑾以待，搤矢有苗之祥，苗師大亂，後乃遂幾。
大意是說，從前三苗大亂，太陽變妖在晚上出來，還連下了三天血雨，五穀錯位不能按時成熟，百姓倉惶不知所措。大禹親自征討有苗。苗軍一敗塗地，後來三苗國就逐漸衰敗下去。
古本《竹書紀年》所載略為簡單，但大同小異。同出於戰國時期的《隨巢子》、西漢竹簡《六韜》和東漢王充所著《論衡》也有類似記載。
天災降臨，百姓驚恐。戰前已充滿了恐怖的氣氛。摒棄古人站在「上答天譴，下恤民瘼」這種敘述者的角度，我們不難理解這其中既有為大禹出征所謂正義辯護的思想，也有敘述者把自然災害當作「天譴」而誇大的成分在內。
這其中反映的很可能是戰爭開始時發生了一場天崩地裂的大地震。天災人禍導致戰事異常慘烈，殺戮殲殛，血流滿地，屍橫遍野，幾無人煙。蛇因此出沒於曠野，狗因此狂吠於市郊。
戰爭的結果是以禹為領袖的華夏集團取得了徹底的勝利，三苗國被滅，三苗族四分五裂，社會生產力遭到重大摧殘：
「昔者，三苗之居，左彭蠡之波，右洞庭之水，文山在其南，衡山在其北。恃此險也，為政不善而禹放逐之。」（《戰國策·魏策一》）
「昔者三苗大亂，天命殛之……禹既已克有三苗，焉磨為山川，別物上下，卿制大極，而神民不違，天下乃靜，則此禹所以征有苗也。」（《墨子·非攻下》）
禹伐三苗在考古學上也找到了相應的證據。石家河文化早中期絕對年代是公元前 2500 ～前 2200 年，石家河文化晚期絕對年代是公元前 2200 ～前 2000 年，與黃河中游地區的河南龍山文化和文獻記載的堯、舜、禹南伐三苗的時代大體同時。
在石家河文化晚期，石家河城垣被夷為平地，古城遭遇廢棄。石家河文化逐漸衰落。龍山文化尤其是河南龍山文化的因素，在南陽盆地、江漢平原普遍出現。
更重要的是在汪家屋場遺址中發掘出了重要的禮器 —牙璋。牙璋被認為是玄圭。夏王朝誕生有兩個標誌性事件，一是禹鑄九鼎，一是禹賜玄圭。
《尚書·禹貢》云：「禹錫玄圭，告厥成功。」帝賜玄圭於禹，用以向普天之下宣告禹的大功告成。玄圭因而成為夏朝的標誌性禮器之一。
另外，根據《周禮·考工記·玉人》的說法：「牙璋……以起軍旅，以治兵守。」牙璋實際就是將帥統兵的印信。汪家屋場遺址是石家河文化晚期最南端的一個小聚落，位於今荊州市。其南部大片湖沼在史前屬長江枝杈漫流地帶，再往南應該就是湖南澧陽平原河南龍山文化孫家崗類型的控制區。
汪家屋場遺址正好像楔子一樣楔在從澧陽平原北上直達石家河古城的進軍道路上，其戰略重要性由此可見一斑。因此，牙璋作為「以治兵守」的可能性是存在的。
在石家河文化晚期遺址中，河南龍山文化尤其是煤山類型的性質表現明顯，不論是在陶器組合、器型，還是在花紋方面，均有體現，以至於考古人一時都難以分清這種文化到底屬於哪種類型，有稱為後石家河文化的，有稱為三房灣文化的，也有稱為河南龍山文化石板巷子類型的，如此等等。
這種你中有我、我中有你的文化現象，或許正是禹「克有三苗，焉磨為山川，別物上下，卿制大極，而神民不違，天下乃靜」，各種文化融洽相處、和而不同的表現。
石家河文化晚期和石家河文化早中期社會面貌相比，還有一個顯著不同是，聚落遺址數量的急劇減少。
區域調查表明，大洪山南麓聚落遺址在石家河文化早中期時有 63 處，而到了石家河文化晚期，銳減到了 14 處。這些遺址集中分布在原石家河城址東南一帶。與此相伴隨的是，各聚落遺址的面積急劇減小，最大面積的遺址僅 4 萬平方米，最小的只有 1. 5 萬平方米。
這個地區的聚落數量和面積，幾乎是在一夜之間跌回到了公元前 3900 ～ 前3100 年的油子嶺文化時期。
三苗古國衰落不單是由於戰爭造成的，還和洪水泛濫有一定關係。
考古人員選取江漢平原鐘橋遺址疑似古洪水層沉積物研究發現，該遺址具有屈家嶺文化晚期和石家河文化中、晚期的古洪水沉積物。同時還調查發現，位於長江上游的中垻遺址和玉溪遺址古洪水沉積物也有相似特徵，這表明長江中游流域在以上三個時期發生過比較大的洪澇災害。
禹伐三苗的戰爭最終以黃河中游流域華夏集團的勝利而告終，石家河文化雖然退出南陽地區，但仍有部分留在江漢平原，逐漸和中原文化融合在一起，成為華夏文明的一個組成部分。
禹伐三苗的勝利，不但徹底摧毀了南方苗蠻集團的龐大勢力，解除了來自南方的威脅，還打開了中原文化南下發展的通道，這對於後來中原王朝迅速發展起了推波助瀾的作用。
這場戰爭體現了原始戰爭性質，即由血親復仇的動機演變為以奪取適宜生存和發展的戰略要地為目的，戰敗者宗廟被夷平，用來祭祀祖先神靈的酒器被焚燒，子孫淪為奴隸，這進一步激化了各種社會矛盾，最終摧毀了舊的氏族和古國聯盟制度，推動了夏王朝的強勢崛起。
——摘編自李琳之：《元中國時代：公元前2300～前1800年華夏大地場景》，個別地方有改動。因閱讀流暢需要，刪去了注釋部分。
本書是一部用考古學資料揭示先夏及夏代早中期歷史發展脈絡的史學著作，曾入選「2020 百道原創好書榜年榜·人文類 」，同時在 2020 年 「商務印書館人文社科好書讀者投票評選」活動中獲得第二名，在「歷史的迴響」類別中高居榜首。全書主體共分16章80節，近50萬言。不同於以往學人關於夏代區域性、碎片性的論述，作者置這段歷史於同時期以西亞、中亞為世界文明核心舞台發展的背景下，以其高瞻遠矚的全局性目光、嚴謹縝密的思維邏輯和通俗明快的語言，用國際國內近幾十年所取得考古學成果，第一次系統、完整而清晰地為我們勾勒出了從公元前2300年至公元前1800年這500年夏人興起、遷徙、建城、建國、定都、擴張等一系列發展行為的脈絡足跡。
作者簡介
李琳之，歷史學者，出版有《中華祖脈》《家國往事》《祖先，祖先》《元中國時代》《前中國時代》等十餘部著作。其中，由商務印書館出版的《前中國時代：公元前4000~前2300年華夏大地場景》《元中國時代：公元前2300~前1800年華夏大地場景》和由研究出版社出版的《晚夏殷商八百年：大歷史視野下的早中國時代》三部著作，構成了其從公元前4000至前1046年一個完整的上古史體系，是國內外第一套用考古學結合文獻學揭示出黃帝至商亡這三千年歷史發展脈絡的系列圖書。
《晚夏殷商八百年》自2022年6月由研究出版社出版後,先後入選了長安街讀書會2022年6月第5期好書、百道網2022年7月好書、中國出版集團2022年7月好書，以及中國社會科學網「社科好書」、今日頭條好書等推薦榜單。