「煙籠寒水月籠沙,夜泊秦淮近酒家。商女不知亡國恨，隔江猶唱後庭花。」唐朝杜牧的《泊秦淮》詩,流傳千古,代代相誦,幾乎成了秦淮河的千古絕唱。
秦淮河古名「淮水」，一名「龍藏浦」。歷史上關於秦淮河的傳說和記載甚多。《輿地誌》稱:「秦始皇時,望氣者雲江東有天子氣,乃東遊以厭之。又鑿金陵以斷其氣。今方山石碗,是其所斷之處。」
陳沂《金陵古今圖考》中也認為,秦始皇「以望氣者之言,鑿鍾阜,斷壟,以泄王氣。水自方山西北,巨流環繞,至石頭過於江,後人名曰秦淮」。其實,淮水改稱「秦淮」是從唐代開始的,據《建康志》記載,「秦淮二源合自方山埭,西注大江,分別屈曲,不類人工,疑非秦皇所開」。秦淮河早在遠古時代就是長江的一條支流,也是南京地區第一大河。秦淮河有兩個水源頭,北源在句容市寶華山南麓,稱句容河;南源在溧水縣東廬山,稱溧水河。南北二源合流於江寧縣方山埭西北村。寶華山,位於句容市區西北30公里、寧鎮山脈中段,北臨長江和滬寧鐵路。在約 200 平方公里的範圍內,聳立著36 座山,惟寶華山海拔444.9米。為群山之冠,亦為句容全境之最高點。寶華山山體由西北向東南,東西長3公里,南北寬2.25公里,總面積約7平方公里。
句容河東起市區東側房家垻水庫,流經句容城南繞向西,到了石獅集鎮南側前莘村折向南,到了三岔集鎮北又彎向西,由赤山湖閘下流入夏三岔分支,進入江寧的湖熟、龍都二鎮直達西北村,總長約40公里,其中句容境內河段長約19.4公里，交界處至秦淮河西北村這一段長20公里左右。
句容河上游水源主要有兩條支流，一條來自北部寶華山東側大華山以及空青山、武岐山等山峰,另一條來自東北方向的高驪山。說到句容河,必然涉及赤山湖,它與句容河有著密切的關係。史載，赤山湖古稱赤山塘，句容北部、南部山區的流水多人赤山塘,於是集水面積不斷增大，由塘變成湖泊。歷史上，句容河的水流經三岔集鎮允盛橋而進入赤山湖。換言之，寶華、武岐和高驪等山的地表水全部流入赤山湖。新中國成立後,經過數度對赤山湖的改造,才使句容河三岔段改變了流向,經赤山湖閘下流入夏三岔。另外,句容境內南部茅山、丫髻山、瓦屋山西坡及北坡的地表水也經數條小河道流入赤山湖。
東廬山主峰海拔2897米，面積約12平方公里,南北走向,逶迤連綿,層巒疊嶂,雨水充足,植被豐富,分布著喬木、灌木、藤木等多種植物,形成了多層次多色彩的植物景觀，對水土保持、水源涵養、氣候調節、環境保護起著不可低估的作用。
東廬山之水從西麓和東北麓匯成兩條河流,即是秦淮河南源溧水河的上段一、二干河。溧水境內的秦淮河水系有一、二、三干河。一干河在東廬山下的秦淮河源頭，1957年在此建造中山水庫。一干河自中山水庫起,斜穿溧水縣城後流向東南，至蔡家莊附近入溧水河，全長約20公里。從蔡家莊再到戴家渡與二干河匯流,長約8公里。二干河上游是方便水庫，現更秦淮南源出東廬名為東屏湖,建於 1958 年。二干河自方便水庫起,橫穿東屏、群力，流經烏山等,至烏剎橋入溧水河,全長約 26 公里。三干河位於臥龍地區,自西橫山水庫起,至江寧銅山入溧水河,全長約 18公里。
以上三條河,構成了完整的溧水秦淮河水系。源出溧水東廬山和句容寶華山的淮水至江寧區方山附近的西北村匯成流後,河床漸寬,水量增大,成為我們所稱的秦淮河幹流。然後河水繞過方山，向西北流經洋橋、青砂嘴，沿途匯集吉山、牛首山諸水,再北經劉家渡、竹山和東山,至上方門進入南京市區。秦淮河幹流自繞城公路的七橋瓮進入南京市區,至武定門節制閘附近分為內外兩支，一支環古城牆外轉西折北,至三汊河口人江的幹流段,為秦淮河下游主要泄洪通道,習稱外秦淮河,全長約18公里。一支自東水關入城,橫穿南京市區南部,直至西水關出城,這一段為內秦淮河,即盛傳數百年的「十里秦淮」段。內外兩河最終又「不約而同」地在南京城西北注入浩瀚奔騰的長江。
內秦淮,過九龍橋直向西，自東水關人城,穿市區南部,會合楊吳城濠之水,西流至淮青橋,與青溪會合;再向西南流至利涉橋,受小運河水;再經文德橋、武定橋、鎮淮橋迤西而北,過新橋至上浮橋,又西北至陡門橋,與運瀆水會合;又西北過下浮橋,出西水關,與外秦淮複合。
內秦淮河外秦淮,過九龍橋向南迤西,經長干橋,合落馬澗水,又西至賽虹橋,再分為兩支,正支北折,經覓渡橋與內秦淮合流,北沿石頭城至三汊河入長江;旁支西流,自賽虹橋過江東橋,流經北河口入江。「屈曲秦淮濟萬家」,一水秦淮,橫貫南京腹地,全長110公里，主要支流有16條,蜿蜒曲折，自成水系;流域寬廣，除隸屬鎮江市的句容縣外，秦淮河覆蓋南京市的六區，分別為、鼓樓、建鄴、秦淮、雨花台、江寧和溧水區，轄區人口達300萬。擁有面積約2630平方公里的肥沃平原和環抱的丘陵低山，屬亞熱帶濕潤、半濕潤季風氣候區。每年平均氣溫攝氏15.4度，一年之中溫差較大，四季分明，是江南著名糧米的富饒產區。這些條件對古城南京的形成與發展起了極其重大的作用。
秦淮河流域自古以來就是南京地區的農業基地,從五六千年前新石器時代開始，一直是人煙稠密的地方，與南京城市的發展有著密切的關係。秦淮河沿岸，分布著南京地區最早的居民原始聚落和最早的城邑。早在南京建城之前，長干里、橫塘這些沿河居民區,已經顯現了最初的繁榮。到了距今三千年前左右,南京原始居民的活動範圍擴大到秦淮河畔。這一時期人們最突出的成就是掌握了冶煉青銅的技術,他們使用一種粗砂厚壁的陶缽冶煉青銅,並以此來製造弓箭、魚鉤、小刀和斧頭。這時的農業也有很大發展，人們飼養了豬、狗、牛、馬、羊等多種家畜。
20世紀50年代以來，考古工作者在秦淮河流域調查發現了300餘處古代文化遺址，並對部分遺址進行清理髮掘工作，說明刀耕火種的南京先民用自己辛勤的勞動,在漫長的歲月中,把一片古稱「荊蠻」的秦淮河平原,開墾成江南少有的富庶地區，創造了被稱為「湖熟文化」的早期文明。
城市依水而建,水提供了人類生存和發展的基礎,也促進了城市的發展。歷代王朝為了其政治、經濟和軍事目的，又對水進行了不同規模的利用和改造。因此，秦淮河不僅孕育了古城南京,又促進其不斷發展。
我們的祖先在秦淮河流域生長繁衍,其後,南京歷代城邑多建於秦淮河畔的丘陵高地。春秋時期位於今朝天宮一帶的吳國冶城,就是位於淮水之濱山丘之上的冶煉作坊,至今該處仍有冶山道院、宮後山等地名。越滅吳後,據謀臣范蠡的建議，於公元前472年在中華門外西南側的長干一帶建有「越城」。它南依聚寶山,北憑秦淮河,位置險要,控制著當時秦淮河的人江要道。公元前333年，楚國滅越,廢越城,另在清涼山建「金陵邑」,嗣後的孫吳又在該處建有石頭城。在當時，它緊鄰長江之畔、秦淮河下遊人江口，又是一座建於河邊丘陵上的城邑。因此,南京歷史上的發展均與秦淮河有著密切的關係。
秦淮河對南京的重要性，除了具有重要的軍事意義，還極大地影響到南京地區農業、商業和交通運輸業的發展。因此，歷代建都南京的王朝,均十分注意秦淮河的水利工程，不斷對秦淮河進行疏浚、拓寬及整治。早在六朝時期,秦淮河即同幾條人工開鑿或改造的河流運瀆、潮溝、青溪等互相溝通，形成環繞建康的水道網絡。
明朝官吏，文學家顧璘有詩曰:「秦人鑿淮古城磧,秦時流水今如昔。春風又綠江南岸，屈曲秦淮濟萬家。」
六朝時秦淮河河身寬闊,是石頭城的天然屏障。自石頭城東至運瀆(今通濟門附近),設有二十四座浮航,平時浮航通行,戰時斷舟撤航。秦淮河兩岸有大小集市一百多處,東吳以來一直是繁華的商業區和居民區。歷代有許多達官貴人住在秦淮河畔，如東晉時的主要謀士王導和謝安等。儘管隋唐以後,秦淮河畔漸趨衰敗,但是,仍有許多文人墨客在這裡憑弔吟嘆。秦淮河兩岸建有不少佛寺,如東晉時的瓦官寺,南朝時的安樂寺等都非常著名。東晉時大畫家顧愷之為瓦官寺畫了《維摩詰居士像》雕塑家戴逵父子鑄造過五尊銅像。安樂寺里有著名畫家張僧繇畫的四條白龍，留下了「畫龍點睛」的故事。
明清時代,秦淮河畔人煙稠密，金粉樓台，十分繁華。秦淮河畔的夫子廟、貢院是封建統治者籠絡和挑選人才的地方。清代吳敬梓的小說《儒林外史》中，對此有深刻的揭露。清代戲曲家孔尚任的《桃花扇》以秦淮河為背景，歌頌了歌妓李香君的高尚情操，揭露了南明朝廷內部的矛盾和腐敗，描寫了國破家亡的悲劇。
新中國成立以後，人民政府對秦淮河大力疏浚。在1976年到1980年間,又開了一條秦淮新河,這是秦淮河的一次大改變。新河自江寧縣小圩，經雨花區鐵心橋、西善橋，直至雙閘金勝村，全長18公里，河寬130~20米不等,可行洪800立方米每秒。新河上架公路橋五座,農便橋四座,鐵路橋一座,水利樞紐一套,大大提高了秦淮河泄洪抗旱能力,對促進農業生產、保障城市建設發揮了巨大作用。