14世紀和15世紀，這是牛津大學特許權急劇擴張的時期。特許權使得市民與大學之間矛盾不斷激化，糾纏不休。在平息兩者之間衝突的過程中，國王仍然是光明正大地袒護牛津大學，賦予牛津大學更多的特許權。14世紀中期，牛津大學徹底地掌握了牛津城的行政權，使大學和市民形成了一種管理和被管理的關係。
愛德華三世與大學特許權
愛德華三世是金雀花王朝的第七位國王，在政治、軍事和教育方面的功績被廣為傳頌。他對牛津大學充滿興趣，大力支持牛津大學發展，同時也加大了對牛津大學的干預力度。在愛德華三世統治時期，牛津大學發展相對穩定。
百年戰爭之前愛德華三世與特許權
在愛德華三世統治前期，牛津城與牛津大學屢次發生衝突。根據相關案例表明，每當牛津大學學者內心的冒險天性勃發，以襲擊市民的方式尋求刺激，往往會釀成災難性的後果。經過多次教訓之後，愛德華三世積極採取措施維護牛津城的和平和安寧。1329年4月，愛德華三世下令搜捕牛津城攜帶武器的學者和市民，攜帶武器者將受到懲罰。
愛德華三世下令專門成立一個委員會，專門負責調查搶劫、偷盜、縱火、襲擊、傷人和殺人等事件。牛津大學校長向愛德華三世請願，要求實行更嚴厲的紀律監督體系。愛德華三世下令，執達官同牛津大學校長合作，禁止教師、學生和市民攜帶武器。雖然愛德華三世採取諸多措施力圖維護牛津城的和平和安寧，但是根本原因尚未解決，所以牛津城無法恢復之前的和平和安寧。
與此同時，為了教師和學生能在和平和安寧的環境中學習，我們決定遷校。我們受沃倫伯爵的盛情邀請，我們決定把牛津大學遷往斯坦福德。牛津大學的遷校聲明引起了國王的關注，愛德華三世強烈反對牛津大學的遷校之舉，因為遷校不利於其統治。
1334年8月2日，愛德華三世命令郡守想方設法阻止牛津大學遷校，郡守宣誓維護牛津大學教師和學生的合法權益，維護牛津大學原有的特許權，校長擁有紀律監督權。雖然愛德華三世賦予牛津大學各種特許權，但是未解決牛津大學與牛津城之間矛盾的根源，兩者之間的衝突仍舊時有發生。
國王特許狀
1355年，牛津城市民與牛津大學之間諸多矛盾相互糾纏，全面爆發了一場極其嚴重的暴力事件，這是牛津大學發展史上最嚴重的一次危機。由於牛津大學教師和學生享有諸多特許權，校長具有行政管理權、司法審判權和監督權，這致使市長、治安法官和市民的權力受到了嚴重製約。1328年6月和1332年，牛津城市民向愛德華三世請願，要求取消校長制定和監督度量衡法定標準的權利，取消校長對牛津城市民的傳喚權。
因為牛津城市民是依據城市法活動的自由民，牛津大學校長以維護大學特許權為由為市民制定法律，違反了英格蘭法律。針對市民的要求，愛德華三世每次均是拒絕。事實上，特許權使牛津大學成為一個居於市民之上的特權階層。牛津大學把持著牛津城的治理權，讓部分市民對此感到憤憤不平。
長此以往，牛津城市民的不滿與積怨越來越深，促使市民與大學發生衝突，甚至出現了傷亡慘重的流血事件。黑死病引發市民對學者的嫉恨當愛德華三世為在法蘭西的勝績頻頻舉杯時，他萬萬沒有料到，一場比戰爭更可怕的災難正在悄悄地向歐洲襲來，那就是令歐洲人談虎色變的黑死病。
「黑死病」指的是1347-1352年席捲歐洲的一次流行病，由於患病的死者皮膚上有黑色斑塊故得此名，現代人推測是腺鼠疫或者肺鼠疫的爆發。1348年7月7日，黑死病從海上傳至英格蘭南方海岸，降臨至梅爾科姆。之後，席捲英格蘭南部。1348-1349年，黑死病給牛津大學學者帶來了很大的傷害，對正常的學術研究秩序產生了破壞性影響。在瘟疫流行期間，牛津大學的學生人數減少了近10%，一批教學名師去世，其中大部分名師死於「黑死病」。
但是，可以肯定的是，牛津大學學者多數比較年輕，絕大多數學者膳食水平超過全國平均水平。因此，他們抵抗疫病的能力相對較強。根據一項關於1340-1347年牛津大學87名神學院學者的調查樣本表明，黑死病帶給大學的破壞並沒有想像中的那麼嚴重。通過對有限的資料分析得知，當疫病來臨時，牛津大學學者死亡率高達到25%，遠低於鄉村貧民和城市神職人員的死亡率，他們的死亡率高達40%。
為了降低瘟疫給牛津大學學術研究造成的破壞，牛津大學學者可以在疫病流行期間出國研修，或者可以回到鄉下繼續完成學業。他們因為躲避或庇護而倖免遇難，這容易引發牛津城市民的嫉恨。特惠人員數量持續增加牛津大學特許權不僅屬於牛津大學的教師和學生，而且屬於大學特惠人員。
特惠人員指的為牛津大學提供服務的侍從或商人，是牛津大學城內的特殊人員。牛津大學特惠人員包括專業服務人員（持標人、羊皮工匠、書籍裝訂員、抄寫員、書稿彩飾人、敲鐘人、藥劑師、內科醫生、外科醫生、理髮師、大學搬運工和送信人）、學舍和學院的各種服務人員（包括伙食管理員、男性管家、廚師和洗衣工）、學者僕人（某個特定時期）和學者親屬。他們為牛津大學發展帶來了蓬勃的生命力，為中世紀牛津大學發展做出了相應的貢獻。
總體而言，大學特許權授予對象廣泛，這是牛津大學的特質。但是，牛津大學特惠人員日益膨脹，增加了牛津大學的管理難度。部分特惠人員會依仗特許權做出不少的荒唐之事，招來市民階層的怨恨。特惠人員數量持續增加，使牛津大學和城市之間的矛盾迅速激化。為此，牛津大學定期調整特惠人員所涵蓋的範疇。