藏經洞寫卷文書與大量的佛畫在經過王道士最初的四處奉送、巴結官府人物、及賣出了一些之後，又分別於1907年、1908年經斯坦因、伯希和的劫掠，至此，大半與精華已經流散國外，那麼所剩下的部分的命運又是如何呢？
1909年5月，伯希和又受法國國立圖書館委託，從河內出發，經南京、天津，到北京購買漢籍。這時，從藏經洞劫得的大批文獻已安全運抵巴黎，入藏法國國立圖書館。伯希和於是隨身攜帶一些敦煌珍本，如《尚書釋文》、《沙州圖經》、《慧超往五天竺國傳》，《敦煌碑贊合集》等，來到北京，出示給北京的中國學者，目的是買好他們，以取得在收購珍本漢籍時的幫助。伯希和首先到了南京，會見了即將調任直隸總督兼北洋大臣的兩江總督端方，正是由於他與當時的要員端方的關係，因此到了北京後受到了當時京師一批碩學鴻儒的盛情招待。當時在北京的許多著名學者如羅振玉、蔣伯斧、王仁俊、董康等前住抄錄敦煌文獻，參觀者絡繹不絕。1909年9月4日在北京的六國飯店，在京的學界名人幾乎全都參加了這次招待伯希和的盛大的宴會。會上年少氣盛、得意過分的伯希和，坦言說出這些寶物的由來，致使羅振玉等人如夢驚醒，受到極大震動。誰也不可能想到，那萬里之外的蠻荒大漠會有如此巨大的考古發現，並且已經多半被這些穿越西域而來的西方探險家們弄走了。這次活動驚動了中國學人，也是中國國內第一次大範圍的對敦煌石室藏經的了解，更是中國人第一次為國內發現如此重要和珍貴的東西被劫掠國外而震驚，尤其使得一批有良知的文化界人士開始考慮挽救國寶的問題。
1909年中秋節，羅振玉首次訪問伯希和於蘇州胡同，隨即得知敦煌石室還有大量寫經卷本，至少還有六朝和唐宗寫本數千件，便急不可待地報告給學部，請學部發電報給陝甘總督毛實君，托他將劫餘敦煌卷子購送學部，並親自擬好了電文上呈學部。學者的大義具有一種感人的力量。他終於說服了學部左丞喬樹楠，並由他代寫電文，命令陝甘都督毛實君即刻封存莫高窟藏經洞內剩餘的古物，嚴禁外國人購買。學部還撥款庫銀3000兩，交給敦煌縣令陳藩儘量收集失散的經卷文物。轉年，由新疆巡撫何彥升負責，把封存在藏經洞內的文獻古物全部解送到北京。羅振玉是敦煌遺書碰到的第一位恩人，但這並不意味著它的厄運已經結束。
押送進京的任務交給了新疆巡撫何彥升押運，押解差官是江西人傅某，前來押運的清朝官吏很不用心，並沒有把藏經洞文獻收拾乾淨，而且沿途又遺失了不少。袋裝的敦煌遺書被搬了出來。帶著厚厚塵土扔在大車上。連木箱也沒有，只用草蓆綑紮遮蓋，有力的大手把堆滿車上的文獻剎緊。
王道士瘦小的身影呆在一旁，看上去不知所措。其實王道士好像早就料到這一點，在官府清點之前，他早把一些比較好的寫本轉移收藏起來。就在這些卷子被封存在藏經洞那段時間裡，他早做過手腳，把許多珍貴的寫本都盜取出來了。這兩個被他稱做「轉經桶」的大木桶，就是他巧妙藏匿寫本的地方。後來，英國人斯坦因再一次從王道士手裡買到了大量寫本。還有一部分在1911～1912年間被日本大谷探險隊的吉川小一郎和橘瑞超買走，總數也有數百卷。大谷探險隊的成員，沒有經過考古學的訓練，從他們在新疆盜掘古墓的行徑來看，也不是虔誠的佛教徒。他們得到敦煌寫本後，既沒有編目，也沒有馬上放入博物館保存，以致後來流散各地，甚至不知所在。俄國人鄂登堡的收穫更是驚人，一次弄走古寫本3000件以上。從敦煌到蘭州那些大大小小官員們從來沒拿藏經洞當回事，王道士才敢如此膽大包天。民國初年，甘肅和新疆一帶，經常有人向外國人兜售這種古老珍奇的寫本，其散失之嚴重可以想見！直到民國８年1919年，甘肅政府有了耳聞，又命令敦煌當局查找流失的敦煌遺書時，再次把藏經洞打開，裡邊居然還埋藏著94捆！中國的文化就這樣被無知荒唐地虐待著！
敦煌藏經洞寶藏的惡運還遠沒有結束。
雖然藏經洞寶藏在它被發現後的第9年，當時的清政府終於完全接管了。這些藏品雖然是斯坦因、伯希和劫掠後剩下的，但畢竟還有8000多件，數量還頗為可觀。但是，誰也不會想到，從敦煌到北京，這些藏品竟會經歷怎樣一個苦難旅程。學部的調令由剛剛調任的甘肅藩司、代理巡撫何彥升負責。他命令敦煌知縣陳澤藩查點剩餘經卷，送達蘭州。在王道士管理藏經洞的時候，藏品的流出都是在秘密的狀態下發生的，只有極少數人了解一些情況。現在，北京的命令和蘭州的執行，使得藏經洞有價值不菲的寶藏成了公開的新聞，無人不知敦煌卷子價值連城。於是，一場以獲得藏經洞藏品為目標的游擊戰廣泛展開。從敦煌到北京，變成了一條掠奪敦煌藏經的戰線。
當這輛大車停在敦煌衙門的門口時，便開始了被偷竊的痛苦的歷程。沿途一路，大小官府如同層層關卡。官員們和經手人雁過拔毛，不斷把手伸進這「運寶」的車中。他們根本不懂這寶物指何而言，只知道它們價值連城而決不放過機會撈一把罷了。文物，在純正的文化人的眼裡是精神財富；在無知而貪婪人的眼裡只是一種變相的黃金。
運載經卷的大車離開藏經洞，首先到達敦煌縣城。押送的人把車子停在官衙門外，大家入內吃飯。在室內大吃大喝的同時，門外的人就從大車上抽取經卷。押送的人對於門外發生的事睜一隻眼閉一隻眼，裝作什麼也不知道。負責招待押送官的人與門外抽取卷子的人實際上就是同夥。從敦煌，經過酒泉、高台、張掖、永登，到蘭州，蘭州以後再到定西，一路都有經卷丟失，盜竊的人多採用類似的手法。
對敦煌卷子有興趣有盜竊機會的人都是當地的上層人士，地方官宦、名士、鄉紳，各有所得。敦煌卷子一時成為搶手貨，敦煌為官者乃至甘肅的為官者，甚至於行伍出身的軍人，也無不以得到敦煌經卷為快慰。實際上，多少人參與這一路的盜竊，有多少經卷流失，如今已成了永遠的謎。
然而，最厲害的一關，要算主管此事的新疆巡撫何彥升。當運載寫本的大車進了北京城後，押運官何彥升並沒有馬上移交學部，他竟讓兒子何震彝把車子接進他家。由何震彝和他的岳丈李盛鐸，以及劉廷琛、方爾謙等人一同把車上所有經卷寫本翻了一遍，擇其精好，悉數竊取出來。為了怕缺了件數，被人發現，竟將較長的卷子一撕為二來充數。然後才交給學部，入藏京師圖書館，總共約八千多件。
何家藏品後來賣給日本京都藤井氏有鄰館，李家藏品一部分歸南京國立中央圖書館，今在台北，另一部分文書，後來以8萬日元賣給了日本人。這便是敦煌文化悲劇中一個最黑暗、最醜惡的細節了！
就這樣，這批敦煌遺書的劫數才算到頭。在大車把這些劫後僅存運進京師圖書館時，總卷數為8697號。僅僅是它出土時的五分之一！而且絕大部分都是佛經，那些具有無限深廣的社會經濟意義與極其豐富的世俗生活內容的文書，差不多都被伯希和與斯坦因運走了。就連這些佛經也被清朝的官員們撕裂得首尾不全，傷痕累累，這是一個民族最為黑暗的一頁，也是我們的恥辱史上自己寫上的一筆。
在清政府運走藏經洞文物時，有專銀支配，當時也答應給王道士一些銀錢，作為修補佛窟之費，但是王道士遲遲沒有等到這筆款子的到來，心中也一直掛念著此事，在等待沒有希望的時候，於是決定上書朝廷催款，書有《催募經款草丹》。只可惜，他不知道1911年之後清政府早已下台，同時他可不知道當初給他的銀兩早已被腐敗的官員們揮霍掉了，那有他的份。不過他的催款書也一直沒有發出去，估計他也無處投寄，只好擱置書箱。上世紀四十年代國立敦煌藝術研究所時期，在三清宮下寺的一木箱子中發現了王道士當年的草丹，為梅紅紙墨書，現藏敦煌研究院。全文如下：
湖北省麻城縣人，現敦煌千佛洞住持王圓祿，敬叩，伏俯叩懇天恩活佛寶台座下。
敬稟者：茲有甘肅敦煌古郡迤郡東南方距城四十里，舊有千佛洞，古名皇慶寺。其洞在石山之側，內有石佛石洞泥塑佛像，俱有萬萬之像。惟先朝唐宋重修，碑跡為證。至本朝光緒皇帝年內，因貧道遊方至敦，參拜佛宇，近視洞像，破壞不堪。系先年賊匪燒損，貧道誓願募化補修為念。至貳拾陸年伍月貳拾陸日清晨，忽有天炮響震，忽然山裂一縫，貧道同工人用鋤挖之，折欣出閃佛洞一所，內有石碑一個，上刻大中五年國號，上載大德悟真名諱，系三教之尊大法師。內藏古經萬卷，上注翻譯經中《印度經》、《蓮花經》、《涅槃經》、《多心經》，其經名種頗多。於叄拾三四年，有法國遊歷學士貝大人諱希和，又有陰國教育大臣司大人諱代諾二公至敦煌，親至千佛洞，請去佛經萬卷。異日覆蒙天恩賜銀萬兩，近聞其名，而未得其款，以將佛工不能成就。區區小縣，屢年募化，至今創修寺院，以及補塑佛像，重修樓殿等項費用，過銀二萬有餘。緣為經款，叩請青天佛祖電鑒，特修草丹上達。
肅此 謹稟
參考文獻：
《敦煌學大辭典》季羨林主編，上海辭書出版社，1998年。
《藏經洞之謎》劉進寶著，甘肅人民出版社，2003年
《敦煌學新論》榮新江著，教育出版社，2003年。