生物有機肥生產的技術含量相對較高，除了有機物料的成熟度促進生物劑的分解外，為了達到定向成熟、除臭等目的，為了提高產品的效果，有必要在產品中添加一些功能性微生物。目前，我國從管理上將生物有機肥納入微生物肥料的範疇，實行比有機肥更嚴格的管理措施，以促進有機肥料的健康發展。
1.生產工藝
農業部註冊的生物有機肥生產企業主要從事微生物肥料生產。在發酵生產過程中，多採用槽式堆積發酵法，其他發酵方法如平堆積發酵法、發酵罐發酵法、密封倉發酵法等也在生產中得到應用。在發酵和分解過程中，含水量、碳氮比、溫度等的調整。而腐熟劑的使用是生產技術的關鍵點，尤其是微生物菌劑的應用直接影響發酵周期和物料的腐熟程度。分解後的物料基本實現了產品的無害化，也有利於後處理過程中添加的功能菌的存活。
2.生產技術
在發酵物料的後處理中，大多數企業將功能性細菌添加到化合物、形狀、產品形態以粉塵為基礎，也可採用滾筒造粒或擠壓造粒。本發明克服了粉狀產品外觀差、水平低的缺點，提高了產品的商品性，同時也增加了企業的生產成本，對有效菌的生存有一定的影響。
3.菌種種類與使用
微生物菌種是生物有機肥產品的核心。在生產過程中，一般有兩個環節涉及到微生物的使用:
一是在腐熟處理過程中可以加入能夠促進企業物料進行分解、腐熟兼具除臭系統功能的腐熟菌劑，其多由一個複合菌系組成，常見菌種有光合菌、乳酸菌、酵母菌、放線菌、青黴、木霉等;
另一種是在物料分解後加入的功能性細菌，如溶氮細菌、溶磷細菌、矽酸鹽細菌、乳酸菌、假單胞菌、放線菌等，在產品中發揮特殊的肥料作用。因此，對於生產生物有機肥料來說，微生物菌種的篩選和利用是一項核心技術，只有掌握這一關鍵技術，才能加速材料的分解、成熟，保證產品的應用效果。