新石器時代的基本標誌，是農業和畜牧業的產生和磨製石器、陶器與紡織術的出現，人類已由完全依賴自然賜予的採集經濟過渡到改造自然的生產經濟。社會發展也經歷了從母系氏族到父系氏族制的繁榮，在新石器晚期已呈現出氏族公社走向崩潰、私有財產與階級分化萌芽發展的趨勢。到目前為止，我國各省、市、自治區均已發現新石器遺址，據不完全統計總共有7000餘處，年代大約起於公元前6000餘年，一般延續至公元前2000年左右。邊疆地區結束得要晚些。依據各地所發現的新石器文化的年代、文化面貌、以及它們之間的繼承性與相互關係，可以歸納為既是多元區域性發展，又具有內在聯繫與統一性的特點。隨著新石器文化的區、系類型研究的進展，這個特點必然會越來越明確地為人們所認清。
強調中華新石器文化的多元區域性發展，並不抹煞它們之間發展的不平衡性。毫無疑問，黃河中下游存在著的兩個區域的新石器文化，是中華新石器文化中內涵最豐富、影響最大的新石器文化。其發展序列，也較其它區域清楚得多，是目前發現遺址最多、研究得最充分的兩個區域。
黃河中游文化區，以關中、晉南、豫西地區為中心，西至渭水上游陝甘接壤地帶，北涉長城一線，南至汝潁中上游。其序列以河洛地區為代表的是：前仰韶文化（前6000—前5400年）——仰韶文化（前5000—前3000年）——廟底溝二期文化及河南龍山文化（前2900—前2000年）。繼承河南龍山文化的，可能是夏文化了。黃河下游文化區，以泰山為中心的山東地區為主，南延淮河以北，東沿海東北達於旅大地區。其序列為：青蓮崗文化（前5400—前4400年）——大汶口文化（前4300—前2500年）——山東龍山文化，亦稱典型龍山文化（前2500—前2000年）——岳石文化（前1900—前1500年）。岳石文化填補了山東龍山文化與商文化之間的空隙。
必須強調的是，兩個區域的新石器文化從早期開始就存在互相滲透的現象，但又是各成系統的兩種文化。過去一般認為與仰韶文化相對的是龍山文化，實際上在黃河下游與黃河中游仰韶文化東西相對、平行發展的是大汶口文化。關於兩個文化區的相互關係及與其它文化區的總趨勢，考古學家蘇秉琦教授明確指出：「其前期是以關中晉南豫西地帶為其核心的仰韶文化向周圍擴大其影響為主，其後期則是以東南諸原始文化集中影響於中原地區的仰韶文化為主。」值得深入研究的是，大約在公元前3000年前後，即距今5000年左右，仰韶文化在黃河中游突然衰落，黃河下游的新石器文化不斷向黃河中游呈現統一的趨勢，以至在黃河中游繼仰韶文化發展的是河南、陝西、山西各具特點的龍山文化。其影響繼續播及長江流域、珠江流域、黃河上游和長城內外。雖各地龍山文化與山東（典型）龍山文化仍可區分為平行發展而又互相滲透的地區性文化，但總趨勢是都具有龍山文化的基本特徵。這種相當典型的匯聚與交融現象，反映著創造這些文化的諸氏族部落集團的交往、鬥爭和融合。
長江流域是中華新石器文化另一個最重要的起源區域，也存在東西相對的兩個文化區。雖然目前還不能像黃河中下游那樣準確地歸納其序列，但其大致輪廓仍然是清楚的。
長江下游，以太湖平原為中心，南迄杭州灣地區，北以南京為中心，包括蘇皖接壤地區。其序列大體是河姆渡（早期）文化（前5000—前4000年）——馬家浜·松澤文化（前4300—前3300年）——良渚文化（前3300—前2200年）。良渚文化與山東龍山文化年代相當，而文化面貌也有若干共同處，過去曾被認為是龍山文化向南傳播的一種變體。另一方面良渚文化許多內容又是商文化的一個來源。
長江中游以江漢平原為中心，南包洞庭湖平原，西盡三峽川東，北達豫南。其序列目前尚多爭議，暫歸納為：皂市（下層）文化（碳14測定6920±200，約當公元前5000年）——大溪文化（前4000—前3300年）——屈家嶺文化（前3000—前2600年）(25)——湖北龍山文化（約當公元前2400年以後）。其中屈家嶺文化對大溪文化的繼承關係比較明確，且又明顯受仰韶文化影響，在豫南鄂北頗與仰韶文化交錯分布。
還有一點頗饒興趣的是：長江流域東西相對的兩個文化區，分別受黃河中下游東西相對的兩個文化區的影響。但淮河以南是以稻為代表的水田農業文化，以北是以粟為代表的旱地農業文化，雖互相有滲透，但區域劃分是比較明確的。這兩種不同的農業文化各自存在東西相對的兩個區域，同是中華文化與中華民族最重要的起源之區。
其它對以燕山為中心的長城南北燕遼文化區，黃河上游甘青文化區，以鄱陽湖—珠江三角洲為中心軸的華南文化區及北方狩獵與漁獵文化區，目前正在進行較深入的研究與歸納。其中燕遼文化區，由於紅山文化的祭壇和「女神廟」的發現；黃河上游則由於彩陶在黃河中游衰落之後，在黃河上游反而得到發展；華南由於陶器出現於明顯存在農業之前，且年代約略距今9500—10000年左右，明顯早於中原新石器文化等因素，均引起了考古學界與史學界相當深切的關注與研究興趣。北方、西南與西北以及青藏高原的新石器文化也隨著實物發現的增加，研究工作日益引起了廣泛的注意。數十年以前，「新西來說」者，主要依據彩陶等文化因素斷定中國新石器文化是從兩河流域與中亞等地傳入，新石器時代考古學專家安志敏教授在詳細分析了中國西部的新石器文化各方面內容之後總結說：「目前的考古資料表明，它們是這裡的土著，同中國東部的新石器文化有著不可分割的聯繫，特別是與黃河流域的早期文化更是息息相關。這就註定了『中國文化西來說』的徹底破產。」
中華新石器文化的諸多文化區域與系統，都是以土著文化為基礎，在與鄰區文化互相滲透中形成的。其中黃河中下游兩大區域的新石器文化，是中華新石器文化的主幹，並且在距今5000年至4000年這一千年間，形成了文化面貌漸趨一致的發展趨勢。
中華新石器文化還表明，中華大地是世界農業起源的重要中心之一。另一方面又表明了在中華民族發展史上，如前一節已敘述的農牧業分布三個發展帶，在新石器時代，其基本格局已經萌芽發展。即以秦嶺—淮河為界，北方是以粟黍為代表的旱地農業區，家畜有豬、狗、雞、黃牛、山羊、綿羊、馬；南方是以水稻為代表的水田農業區，家畜有豬、狗、雞、水牛。到新石器晚期，豬、狗、雞、牛、羊、馬六畜已基本具備。當然，這個界限不是截然不可逾越的，互相滲透的現象同時存在。
粟在磁山、裴李崗遺址中已有遺存，距今8000年左右；稻在河姆渡遺址中也已發現，距今7000年左右。這些都是目前所知世界上經過種植的作物品種的最早標本。在秦長城以西以北新石器時代主要是狩獵與漁獵區，後來大多數狩獵部落均發展為遊牧民族；漁獵部落則經過長期發展，成為漁獵或農業民族。中華民族這種在起源階段已萌芽的南北農牧三帶經濟區域與民族發展，對中華民族全部發展與形成都發生了深刻的影響。
中華民族最早的國家為夏、商，都在黃河中下游。但是甘肅秦安大地灣仰韶文化的殿堂式建築群、遼西紅山文化的祭壇和「女神廟」所包含的殿堂建築模式與祭天、陵寢等內容均與商周及以後中國古代制度有淵源關係。而紅山文化的玉器群與商代玉器群題材相同，風格有淵源關係；良渚文化的玉器群與紅山文化玉器群顯系兩個系統，但良渚文化的玉器同樣在商周得到繼承和發展。商周甲骨文字和青銅文化均是以黃河中下游兩個文化區的新石器文化為主要源頭，同時也是其它多種新石器文化內向匯聚熔鑄的結晶，表明中華新石器文化的多元區域性發展如星火點點，又源源匯聚於中原，聚成熊熊篝火，使古代的中華文化放射出奪目的光輝，使中國成為世界上最古老的文明古國之一。這便是中華新石器文化所揭示的客觀真實。