慢性腹痛或稱為反覆性腹痛，其定義為每月至少一次且腹痛持續二個月以上，並且影響日常生活作息(食慾、睡眠、上學)，其中約有三分之一可找出潛在的器質性問題，至於其他無器官構造功能異常、檢查均屬正常的則可歸類於功能性腹痛。根據2015年一項統合分析研究，青少年出現功能性腹痛的盛行率可能達15~20%。
胃酸、乳糖消化不良、女性經痛需注意
青春期之後的慢性腹痛成因，約略與成人相近。常見的器質性病因有：1.胃酸相關疾病，包括胃食道逆流症、慢性胃炎、消化性潰瘍、幽門桿菌感染等。2.乳糖消化不良，食用乳製品後出現腹痛、脹氣、大量水瀉且有泡沫或酸臭味。3.腹壁肌肉性疼痛，特定的姿勢或是動作合併腹痛，檢查時可能有肌肉壓痛。4.泌尿道感染，可能合併發燒或是尿路症狀，通常為腰痛或下腹痛。5.青少女須注意是否為經痛、子宮內膜異位症、骨盆腔發炎、處女膜閉鎖等問題。6.發炎性腸道疾病，特別是克隆氏症，患者常合併肛門周圍廔管、體重異常減輕或生長遲滯、慢性腹瀉或血便，必須提高警覺。
消化不良、大腸激躁症腹型偏頭痛
適當排除器質性病因，且初步檢驗檢查均屬正常，則可能是功能性腹痛。青少年的功能性胃腸道疾患，其臨床分類可參考發表於2016年的第四版羅馬準則(Rome IV Criteria)。其中功能性腹痛定義為持續二個月以上的慢性腹痛，進一步可分成：
1.功能性消化不良：必須排除食道、胃及十二指腸的潰瘍、發炎與幽門桿菌感染，給予制酸藥物同樣會改善臨床症狀。
2.大腸激躁症：定義為一個月至少腹痛四天以上，併合並有以下三樣特徵至少一種，疼痛跟解便相關(常見為解便後疼痛改善)、排便頻率改變、排便性狀改變，合併便秘表現時慢性腹痛不因便秘解除而緩解。
3.腹型偏頭痛：定義為發作六個月以上的陣發性腹痛，必須符合下列所有特徵且至少發病兩次，間歇性發生急性劇烈腹痛並持續一小時以上、間隔數周至數個月發作一次、疼痛無法忍受且影響日常活動、個別病人定型的發作型態與症狀、合併有食欲不振、噁心、嘔吐、頭痛、畏光、蒼白等典型症狀兩種以上、且排除其他器質性疾病。
腹痛也可能是身心引起
腹痛也是身心症常見表現的身體症狀之一，因此，醫生與家長老師們仍應注意身心症共病的鑑別診斷，特別是詐病及代理型孟喬森症候群。如果患者出現反覆與身體檢查不一致的腹痛或其他身體症狀、且長期逃避上學，除了安排相關檢查之外，可能還要查看兒童心理科醫生，進行適當的關懷與後續轉介治療。