1. 染色體異常
如果染色體異常的話會導致胚胎不發育，進而引起早期流產，染色體異常包括數量和結構異常。對於染色體異常攜帶導致的流產、胎停育等目前西醫尚無有效治療方法，僅能進行產前遺傳學諮詢和診斷。對於染色體異常，從理論上講均有分娩正常核型及攜帶者嬰兒的機會，這就是需要醫生對這些夫婦做產前診斷，確保生育正常的嬰兒。
2. 子宮異常
子宮裡的內環境和子宮整體的環境都有可能對胚胎有影響。內環境就是子宮內膜，如果太薄、太厚都會影響著床。由於子宮缺陷引起的流產約占10%~15%，常見的有苗勒氏管的異常，宮腔粘連，子宮肌瘤及子宮內膜異位症引起血供減少導致缺血和靜脈擴張，先天性或損傷性宮頸內口鬆弛，以及胎內接受乙烯雌酚治療致宮頸發育異常常致中期妊娠流產。
3. 內分泌失調
胚胎著床及繼續發育光靠自己努力可不成，它還依賴內分泌系統的彼此協調，任何一個環節失常，都可致流產。
胚胎早期發育的時候，需要雌激素和孕激素來維持，自身的內源性激素不足，就滿足不了胚胎的需要，就有可能造成胚胎的停育和流產。
其中最常見的是黃體功能不良，黃體功能不全可造成子宮內膜發育遲緩和黃體期短，從而影響受精卵的種植，或早期妊娠流產。黃體功能不全者常伴有其他腺體功能異常，如甲狀腺功能亢進或減退、糖尿病、雄激素相對增多症及高泌乳素血症等，這些因素均不利於胚胎髮育，與流產密切相關。
四川大學華西第二醫院婦科醫師秦朗對此提醒廣大女性朋友，胎停的原因錯綜複雜，有部分胎停是無法查明誘因的，但我們不必因此望而卻步，還是應該去好好了解的。另外，遇到任何醫學問題，都應該及時去正規醫院，在專業醫生的指導下進行診治。