胃食管反流的治療包括生活方式的調整、內科、外科及內鏡治療，旨在消除症狀，防治併發症，提高生活質量及預防復發。臨床證實調整生活方式可有效改善反流症。

1.生活方式的改變
如減肥、抬高床頭、戒菸/戒酒、避免睡前進食等，其中體位是減少反流的有效方法。 2015 年 9 月 J Clin Gastroenterol 雜誌上 Erik 等學者通過研究發現抬高頭位的傾斜左側臥位能顯著減少反流。睡眠姿勢固定裝置的俯視及側視圖（圖片來源於 J Clin Gastroenterol 雜誌）

2. 內科治療
PPI （質子泵抑制劑-抑酸藥）是 胃食管反流 治療的首選藥物，單劑量 PPI（質子泵抑制劑-抑酸藥） 治療無效可改用雙倍劑量，一種 PPI（質子泵抑制劑-抑酸藥） 無效可嘗試換用另一種 PPI（質子泵抑制劑-抑酸藥） 。PPI（質子泵抑制劑-抑酸藥） 療程至少 8 周。對於合併食管裂孔疝的胃食管反流 患者以及重度食管炎（LA－C 和 LA－D 級）患者，PPI（質子泵抑制劑-抑酸藥） 劑量通常需要加倍。
已有證據顯示長期應用（質子泵抑制劑-抑酸藥）會提高胃內 pH 值，可促進腸道菌群增生，從而增加難辨梭狀芽孢桿菌的感染風險。現有研究顯示，停用 PPI （質子泵抑制劑-抑酸藥）後仍然存在症狀的胃食管反流 患者，以及存在重度食管炎和Barrett （巴雷特）食管的患者需要 PPI （質子泵抑制劑-抑酸藥）長期維持治療。

3. 內鏡治療
內鏡治療胃食管反流的長期有效性有待進一步證實 。其中射頻治療和經口不切開胃底摺疊術（TIF）是近年來研究的熱點，但其長期療效仍需進一步的研究證實。 想了解射頻消融治療（Stretta）、填充劑注射及內鏡下腔內摺疊術（EP）3 種內鏡治療方法。

4. 外科治療
對 PPI 治療有效但需要長期服藥的患者，抗反流手術是另一種治療選擇。目前最常用的抗反流手術術式是腹腔鏡胃底摺疊術。

難治性胃食管反流

難治性胃食管反流尚無統一定義，我國胃食管反流專家組經投票表決考慮可將難治性胃食管反流定義為：採用雙倍劑量的 PPI 治療 8～12 周后，燒心和（或）反流等症狀無明顯改善。PPI 治療無效原因眾多，首先需檢查患者的依從性，優化 PPI 的使用。另外，當 PPI 治療效果不佳時，換用另一種 PPI 似乎是較為可行的方法。 且有研究發現，PPI 難治的胃食管反流患者中，在 PPI 治療時酸反流減少，非酸反流增多，成為難治反流病的主要原因之一。

共識建議對難治性胃食管反流患者需採用食管阻抗－pH 監測及內鏡檢查等進行評估，若反流監測提示難治性 GERD 患者仍存在與症狀相關的酸反流，可在權衡利弊後行外科手術治療或加用抗一過性下食管括約肌鬆弛治療。PPI 治療失敗是抗反流手術的適應證之一。抗反流手術能減少反流次數及控制反流症狀，但共識不建議對非酸反流者行手術治療。