CML治療的主要目標是達到細胞遺傳學甚至分子生物學有效、預防疾病進展、延長生存時間、提高生活質量和治癒疾病。在CML的治療中，醫生會在詳細評估患者的全面情況後，向患者推薦最佳的治療選擇，並參考患者的治療意願，進行下一步的治療。
初始治療如何選擇？
慢性期患者首選治療為酪氨酸激酶抑制劑（TKI），推薦伊馬替尼400mg/次，每天1次。
在伊馬替尼作為一線方案治療CML時，若獲得了主要分子學緩解（MMR），意味著發生疾病進展的可能性很低。不僅如此，無論是α-干擾素治療失敗後還是初次診斷後給予伊馬替尼治療，多項研究均顯示，獲得MMR且緩解持續時間長的患者可獲得更長的生存時間。
儘管如此，在伊馬替尼（400mg/d）治療過程中，仍應監測各種副作用，包括血液學不良反應和非血液學的不良反應。
伊馬替尼常見的不良反應及處理
若出現3—4級中性粒細胞減少（中性粒細胞計數1.5×109/L；如果在2周內計數恢復，則以原用的劑量重新開始治療；如果停藥後超過2周計數仍未恢復，則需要減少25%—33%的藥物劑量（不低於300mg/d）重新開始治療；如果患者有持續的中性粒細胞減少，可聯合生長因子治療。
若出現3—4級血小板減少（血小板計數
若出現3—4級貧血，建議輸注紅細胞。儘管促紅細胞生成素（EPO）治療有效，但近年來各種指南均不支持在髓系惡性腫瘤患者中使用。
對於非血液學不良反應，應該按照以下原則進行處理。①≥2級肝臟不良反應：暫停用藥直至症狀恢復至≤1級，藥物減量25%—33%（不少於300mg/d）重新開始治療；評價是否存在其他可能具有肝毒性的藥物，包括對乙醯氨基酚；可以考慮換用尼洛替尼或者參加臨床試驗；②腹瀉：對症支持治療；③水腫：利尿劑，支持治療；④漿膜腔積液：利尿劑，支持治療，藥物減量、中斷用藥或停藥。⑤胃腸道反應：餐中服藥並飲用一大杯水；⑥肌肉痙攣：補鈣，飲用運動飲料；⑦皮疹：局部或全身應用類固醇激素，藥物減量、中斷用藥或停藥。
初始治療失敗後如何選擇？
慢性期CML患者初始伊馬替尼治療不耐受或療效欠佳時，可改用達沙替尼或尼洛替尼治療；對於伊馬替尼治療失敗者，也可改用達沙替尼或者尼洛替尼治療；若患者進展至加速期或急變期，又或者存在T315I突變時，則可進行異基因造血幹細胞移植（allo-HSCT）。
尼洛替尼和達沙替尼均有一定的不良反應，在治療過程中應密切監測。
尼洛替尼常見的不良反應及處理
1、若出現心電圖異常，則暫停用藥，同時保證血液中鉀、鎂的濃度在正常範圍；待恢復後重新開始原劑量或減量治療，恢復用藥7天後應複查心電圖。
2、若出現肝臟、胰腺毒性反應（轉氨酶、膽紅素、脂肪酶、澱粉酶升高），則暫停用藥直至症狀恢復，並降低劑量重新開始治療。
3、若出現其他症狀如頭痛、噁心、腹瀉，則對症支持治療。
4、出現皮疹時，局部或全身應用類固醇激素治療，藥物減量、中斷用藥或停藥。
應用尼洛替尼時，應注意：尼洛替尼使用前2小時及用藥後1小時應暫停進食；已有關於尼洛替尼治療導致患者猝死的報告，對於低血鉀、低血鎂以及心電圖異常（QT間期延長綜合徵）的患者，應避免使用該藥；治療開始前必須糾正血鉀及血鎂濃度，用藥期間必須定期檢測血鉀、血鎂濃度；合併肝功能損傷的患者應減低劑量；定期進行心電圖監測，及時調整藥物。
達沙替尼常見的不良反應及處理
1、骨髓抑制（貧血、白細胞減少和血小板減少）是比較普遍的毒性反應，但通常是可逆轉的，暫時停藥或降低劑量即可恢復，必要時給予血小板和紅細胞輸注；若持續性骨髓抑制（如中性粒細胞減少症狀持續超過7天），則可使用造血生長因子治療。
2、約18%服用達沙替尼的患者會出現胸膜積液（如呼吸困難或乾咳）。常規處理方法是支持治療，包括利尿劑和短期的激素治療；積液嚴重者可進行胸腔穿刺或吸氧。
3、其他不良反應還包括心臟不良反應、腹瀉、外周性水腫和頭疼，少數患者在肝功能檢查中顯示異常。
干擾素為基礎的方案以及allo-HSCT也可用於CML慢性期的治療。達沙替尼或尼洛替尼治療反應不佳或者治療失敗的患者，可考慮進行allo-HSCT。另外，對於經濟條件不允許進行上述治療的患者，可採用羥基脲、阿糖胞苷（Ara-C）或者高三尖杉酯鹼等化療藥物維持治療。