肝移植在肝癌患者的治療中有著不可或缺的地位及療效，但是目前面臨的瓶頸依然較多，如：供體短缺，移植後復發率高，移植費高用，等待供體期間腫瘤持續生長，免疫抑制狀態下的腫瘤復發可能增加等。不過有關肝癌肝移植的原則問題上已逐漸形成一些共識，比如肝癌肝移植的療效很大程度上取決於選擇的病例是否恰當，這使肝癌肝移植指征的進一步嚴格和合理，對肝癌肝移植的認識趨於理性化。
一、對於可切除的肝癌，是選擇肝切除還是選擇肝移植？
1）肝癌合併肝硬化嚴重者，可優先選擇肝移植
我國多數肝癌患者合併肝硬化，肝臟儲備功能的不足和腫瘤多中心生長使肝切除手術的根治性和安全性受到影響。從理論上講，肝移植能夠同時去除肝臟惡性腫瘤和肝硬化組織，避免了肝功能衰竭和殘餘肝硬化肝組織癌變的危險，對肝硬化門靜脈高壓症等多種合併症也有改善作用。
然而，這並不意味著所有的肝癌患者都需要接受肝移植，從現有資料分析，對於合併肝功能衰竭的小肝癌患者毫無疑問應選擇肝移植，但對於那些可切除的早期肝癌患者，兩種治療方法的結果相差不大。在我國大部分地區，目前不具備將肝移植作為可切除肝癌的首選治療，多數患者仍將依賴傳統肝切除等治療手段。
2）對於肝功能良好的肝癌患者可先行肝切除
如果術後出現肝內腫瘤復發或肝功能衰竭可再行肝移植，即補救性肝移植或二期肝移植，文獻報導近80%的肝切除後肝癌復發者仍適合肝移植，與一期肝移植相比，肝切除後補救性肝移植的術中出血量及手術時間無明顯增加，術後生存率無明顯差異，無瘤生存率接近；但也有人提出，肝切除後再進行補救救性肝移植的手術死亡率和腫瘤復發率較高，因此認為一期肝移植是早期肝癌的最佳選擇。
3）肝切除可緩解供肝短缺
如果拋開肝移植和肝切除孰優孰劣的問題，從另一個角度來看，肝癌患者在等待肝移植過程中會因腫瘤進展而失去肝移植機會，選擇肝切除可使相當一部分患者長期不出現腫瘤復發或很長時間後才復發，部分緩解了供體短缺的問題，同時補救性肝移植可以推遲患者使用免疫抑制劑的時間，減少肝移植相關併發症的發生，也減輕了患者的經濟壓力。
因此，對於可切除的肝癌患者，可將肝切除與補救性肝移植有機結合，而非將二者對立起來，肝切除後在必要時進行補救性肝移植應作為治療可切除肝癌的重要策略，在我國更應如此。來自CLTR的數據顯示，872例補救性肝癌肝移植受者術後1年、3年和5年生存率分別為74.8%、51.7%和46.2%，無瘤生存率分別為65.2%、45.4%和38.4%，而肝癌肝移植受者術後1年、3年和5年生存率分別為75.6%、55.3%、48.1%，無瘤生存率分別為66.8%、49.6%和42.5%。
二、活體肝移植治療肝癌的倫理學問題
活體肝移植自上世紀八十年代末期出現以來，迄今全球已完成逾15,000例，在日本、韓國、香港和台灣，活體肝移植的數量已超過屍體肝移植，由於活體肝移植供體明確給予特定受體，其治療肝癌的優點主要表現為患者等待供體時間大幅縮短，但與屍體肝移植相比，活體肝移植的腫瘤復發率有所增高，生存率稍有下降，原因可能與小體積移植肝臟的再生和更易發生缺血再灌注損傷有關。
雖然國外有一些報導認為活體肝移植對於進展期肝癌也可獲得較好的生存情況，但目前公認的觀點是：預期受體預後良好是活體肝移植必須遵循的原則，即活體肝移植受體應該在移植術後獲得良好的治療結果，否則供體就沒有必要冒著巨大的風險去捐獻肝臟。因此在我國，對於晚期肝癌患者，由於存在肝癌復發的較大風險，一般不應建議實施活體肝移植；另外活體肝移植不宜作為我國現階段解決供體器官短缺的主要方法，可通過各種其他途徑，包括高齡、脂肪肝、無心跳供體等邊緣供體，甚至B肝表面抗原陽性的供體來擴大器官來源。
三、肝癌肝移植腫瘤復發的預測和防治
目前，肝癌肝移植研究的焦點之一是如何更有效的控制移植術後腫瘤復發、轉移，提高長期生存率。深入研究原發瘤的特性以及移植術後患者的免疫狀態與腫瘤復發的關係，篩選準確反映肝癌肝移植預後的預測指標，並對高危復發風險的患者進行有效的干預治療，復發、轉移後的綜合性個體化治療將會進一步提高肝移植治療肝癌的療效。
對於肝癌肝移植後復發、轉移風險的預測，將有助於個體化干預治療的實施。目前腫瘤的臨床病理因素如腫瘤大小、數目及血管侵犯等常為臨床應用的指標。除此之外，抑癌基因(p53、p16、骨橋蛋白等)與細胞增殖能力相關的因子(MCM-2、轉化生長因子p、端粒酶逆轉錄酶、細胞角蛋白19、脫-Y-羧基凝血酶原、血清白蛋白mRNA等)、血管內皮細胞生長因子和等位基因失衡等均可作為移植後復發、轉移的分子預測標誌物。我們的研究發現，腫瘤-睪丸(CT)抗原基因mRNA的表達有助於術前對肝癌肝移植術後腫瘤復發的預測；
針對肝癌肝移植術後免疫抑制及其復發、轉移之間的矛盾，尋找既有抗排異反應又有抗腫瘤特性的新型免疫抑制劑對防治術後復發、轉移有重要價值。雷帕黴素及其衍生物依維莫司是三烯大環內酯類新型強效免疫抑制劑，具有抗淋巴細胞增殖、抗腫瘤和抗真菌的作用，並且具有較低的腎毒性、神經毒性以及致藥物性胰島素依賴性糖尿病作用。據2012年，Liang等的研究結果，對超出Milan標準的患者，雷帕黴素組的生存率要顯著高於FK506組。