儘管《黃帝內經》中比較系統地論述了針灸理論，但是，做到正確理解並使其對今天的針灸理論學習有幫助，卻並不是一件容易的事。為了正確理解其針灸理論體系，我們應該善於思考，發掘出問題疑難，而不能一味生搬硬套，強詞奪理。
歷史唯物主義作為一般科學的方法論，對於各門具體科學的指導作用，是顯而易見的。任何一門學科，如果違背了它，就不能正確地把握自己所研究的對象在整個社會生活中的地位和作用，就不能揭示其研究對象的深刻本質，因而也就不能成為真正的科學。歷史唯物主義告訴我們，人的活動總是受到社會條件及其規律的限制。《黃帝內經》作為一部醫學著作，出自兩千多年前，因此，它不可能超越當時的背景，在指導思想及相關內容方面必然帶有當時的時代烙印。受認識事物水平的限制，古人的理論有許多是通過觀察自然界的其他事物類比而來的。針灸理論作為其中的一部分，也不能超然於外。如通過十二經水來認識十二經脈氣血的多少、廣狹。本來，十二經水是古代中國的十二條主要河流，與人身上的經脈並不存在必然聯繫，但是在天人相參思想指導下，古人認為人體與自然界的地理一樣，河道中流淌河水，人身經脈則流淌氣血。又如稱腧穴有三百六十五，也是在這一指導思想下，與一年有三百六十五天相對應的結果。
從《黃帝內經》的一些論述中可以看出，與《黃帝內經》中的其他理論一樣，由於受當時自然科學條件的限制，針灸理論中有些內容是十分樸素的，這也是古代科學發展難以避免的。因此，我們必須從歷史唯物主義角度出發，客觀地看待《黃帝內經》中的針灸理論體系，切不可一味地肯定或否定。從本質上來講，是否持有這種態度，直接影響著今天我們對針灸理論體系的正確理解。
由於《黃帝內經》中的針灸理論還存在多種學派，而且，常常因為許多問題都是從不同的角度來進行論述的，因此，不能籠統地斷言誰對誰錯。這就決定了今天我們不能只拿一家之言來概括整個《黃帝內經》對某一問題的論述。如對於經絡的認識，在當時主要有三種角度：一是解剖角度，如沒有解剖學上的認識，不可能有對人體骨度及脈度的認識，也不可能有《靈樞·經脈》中「脈之常見者，皆絡脈也」的論述。二是通過與自然界河流的類比，並將其推廣及人，便是《靈樞·經水》中「經脈十二者，外合於十二經水，而內屬於五臟六腑」的說法，並由此來認識經脈的功能。三是古人在針灸實踐過程中，發現針刺某一部位會出現感應或傳導現象，但是受當時解剖水平及其他方面原因的限制，古人還不能像現在一樣去尋找這些現象的物質基礎，而只能對這類現象加以描述。
如《靈樞·本髒》中說：「經脈者，所以行血氣而營陰陽，濡筋骨，利關節者也。」在這裡，經脈中所行的「血氣」，除指有形可見的「氣血」外，還指功能的「氣血」。這種功能就是通過外在現象來表現的，也就是人所表現出來的生命特徵，如《素問·八正神明論》曰：「血氣者，人之神。」對照這種論述，我們可以看到古人所說的經絡實際包含了對人體某些器官組織生命活動現象的論述。因此，經絡在《黃帝內經》中並不是指人體某一器官組織，而是對一些解剖學意義上的器官組織和一些器官組織生命活動表現出來的現象的統稱。今天我們試圖完整地理解經絡，就需要從與這三種角度相關的篇章中全面掌握。如果我們單純拿一篇的論述來闡述經絡，就難免在理解上產生偏差，也就無法對經絡有一個正確而全面的認識。
全面認識《黃帝內經》中的針灸學理論不僅有助於對有關內容的了解，而且，據此我們還知道，將一些差異非常顯著的論述硬放在一起進行闡述，也容易造成混亂，在學習這些內容時必須嚴格區分，理清脈絡，真正弄明白《黃帝內經》中對這些針灸理論論述的本義或出發點。
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