針灸配穴處方就是把具有類似治療作用的腧穴有機地組合在一起，形成的一組穴位，也是辨證論治的結果。針灸選穴是針灸治療學中十分重要的內容。而如何選擇穴位，既體現了醫者的治療指導思想，又反映了醫者的針灸學術水平。
（一）根據腧穴所在部位
根據腧穴所在部位選穴，是最基本、最簡單的方法。許多針灸處方都是圍繞病變部位選穴配方的，尤其是對一些器質性病變，諸如甲狀腺腫大、帶狀皰疹、腱鞘囊腫以及各部關節扭挫傷，局部選、配穴更能充分發揮疏通局部經絡之氣的治療作用，體現了「腧穴所在，主治所在」的學術思想。
（二）根據腧穴所屬經絡
由於臟腑、經脈之間有著許多特定的聯繫，諸如表里配偶關係、同名經經氣相通關係、經脈之間的母子關係及交叉、交會關係等，於是針灸臨床上也就產生了許多按經配穴的方法，在這種情況下，就應該根據腧穴所屬經脈，結合本經配穴、表里經配穴、同名經配穴、子母經配穴、交會經配穴等來選擇合適的穴位。以體現「經脈所通，主治所及」的學術思想，也突出臟腑、經脈之間的有機聯繫。例如地倉、頰車、內庭治面癱屬本經配穴法；支溝、陽陵泉治脅痛為同名經配穴法；肺氣不足配太白、足三里「培土生金」為子母經配穴法。
（三）根據腧穴的不同性能
每個腧穴都有各自的性能（也即「穴性」）和一定的主治特點，例如外關清熱解表，曲池祛風止癢，豐隆健脾化痰，陰陵泉清利濕熱等。穴性決定著主治範圍，主治又驗證著腧穴性能。有時更可以結合一個腧穴的特定穴性質來定穴，如內庭是胃經滎穴，「滎主身熱」，故內庭能清泄胃熱；陽陵泉為八會穴中的「筋會」，故治療筋脈拘急效果獨特；足三里能統治各種消化系統病症，實因其是胃經（下）合穴，「合治內腑」，故有肚腹三里留」之說；頭維治偏正頭痛、三陰交治脾肝腎諸疾又同屬交會穴的治療作用。
（四）根據腧穴的特定配伍方法
在古今數千年的針灸臨床實踐中，創造出許多固定的配伍方法，如合谷配太沖稱為「四關」，有疏經通絡、行氣活血、消腫止痛、祛風除濕、鎮痙寧神等多種功用；關元、三陰交均為肝、脾、腎三經的交會穴，所以，從古至今二穴聯用，廣泛治療泌尿、生殖、內分泌各系統的多種病症；肩髃、肩前配肩貞則稱之為「肩三針」，三穴以前、中、後的分布形式，廣泛聯繫著整個肩關節，為各種肩關節病之首選。
（五）根據病因病機的不同
中醫臨證，強調辨證論治。不同的「證」是由不同的病因病機演化而來。例如中風偏癱，針灸取穴大多是偏向於手足陽經的腧穴，這是由於風邪多犯陽經之故；內臟下垂之證，皆因中氣不足，故取氣海、脾俞、足三里，意在補中益氣；神志病證，基本上都與心神有餘或不足有關，處方中神門、心俞必不可少；若更兼痰蒙清竅，那自然又要配上豐隆這個豁痰要穴了。
.（六）根據針灸治療原則
熟知針灸治療原則，臨證配穴處方則有章可循。大凡癱瘓、肌肉萎縮之證，取合谷、曲池、伏兔、足三里等穴，因於「治萎獨取陽明」之論；關節扭傷取阿是穴點刺出血，乃是遵循「菀陳則除之」的治則；因感受風邪而致的皮膚瘙癢，取血海、膈俞，基於「治風先治血」的古訓；急性病症選腹募穴治，慢性病症選背俞穴治，又是「陽病治陰、陰病治陽」學術思想的具體體現。
（七）根據治療方法和補瀉手法的不同
針刺或艾灸的不同治法，會產生不同的治療作用。例如外感疾患有風寒、風熱之異，內傷病證有虛證、實證兩端。若是外感風熱，大椎穴針之清熱解表；外感風寒，大椎穴灸之溫經散寒。若是胃腸實證，針中脘通調腑氣；胃腸虛證，灸中脘（或拔火罐）溫中止痛。而補瀉手法不同，也賦予同一針灸處方不同的意義。例如失眠和嗜睡、癲證和狂證，均可選照海和申脈治之。不同的是，失眠和狂證屬陽盛陰虛，應補照海、瀉申脈，是謂「補陰瀉陽」；嗜睡和癲證屬陰盛陽虛，則應補申脈、瀉照海，是謂「補陽瀉陰」。合谷配三陰交，既可墮胎，又能保胎。關鍵在於，墮胎應補合谷、瀉三陰交使氣旺血衰而起作用；保胎宜瀉合谷、補三陰交使氣衰血旺而產生效果（慎用）。
（八）根據古人和他人的經驗
根據經驗用法來選穴，一般用於奇穴、新穴和治病確有奇效但機理尚不清楚的腧穴。例如少澤治療乳少，至陰糾正胎位，條口透承山治療肩周炎，迎香透四白治療膽道蛔蟲症等。這類穴位也最容易受到質疑，要實事求是的認識這些腧穴的治療作用，經驗就是經驗，切忌作牽強附會之解，因為此經其他穴無此作用，此經本身的穴也無此作用。
（九）根據現代科研成果
在對腧穴的研究方面，許多成果已經初步揭示了一些作用機理。例如四縫作為治療小兒疳疾的特效穴，針後大大提高體內胰蛋白酶、胰澱粉酶和胰脂肪酶的活力，提高消化能力；同時增加血中鈣、磷的含量，而鹼性磷酸酶活性降低，也有助於患兒骨骼發育和健康成長。針刺胃病患者的足三里穴，當胃弛緩時可使之收縮；當胃緊張時可使之弛緩，並可解除幽門痙攣狀態，這才使足三里既能治療胃下垂，又能緩解胃痙攣。針刺太沖、陽陵泉二穴，既能增強膽囊收縮次數和力度，使膽汁排泄量增加，又能緩解膽道口奧狄括約肌的痙攣。前者有利於排出膽結石、蛔蟲和消除黃疸；後者可止膽石症、膽道蛔蟲症引起的絞痛。凡此，都可以為我所用，也增強了說服力。
選穴的途徑還有很多，以上僅是摘其要而述之。選穴時也不可前後矛盾。例如說近視、夜盲本屬肝血不足，本不應該用肝經的「子」穴行間，但誤用後還要誤解為行間能疏肝理氣、平降肝火，豈不是一錯再錯？
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