辨證選穴配穴法通常以四肢肘膝關節以下的腧穴為目標，最能體現針灸經絡辨證論治的思想。即《針灸問對·卷之上》所云：病隨經所在，穴隨經而取。」
（一）本經配穴法
《靈樞·終始》說：「陰陽不相移，虛實不相傾，取之其經。」凡是本經脈循行的部位包括經脈所屬絡的臟腑、聯繫的組織器官發生病變而未涉及其他臟腑、經脈時（即本經自病，不及他經），即遵循「不盛不虛，以經取之」的治療原則，只選取本經脈的腧穴配伍成方。例如《靈樞·五亂》「氣在於心者，取之手少陰心主之輸」；《靈樞·厥病》「肝心痛，取之行間、太沖……肺心痛，取之魚際、太淵」；《素問·刺腰痛論》「足太陽脈令人腰痛，刺其郄中，太陽正經出血……少陽令人腰痛刺少陽……陽明令人腰痛刺陽明……足少陰令人腰痛刺足少陰……厥陰之脈令人腰痛刺厥陰之脈」等，都是本經選穴法的體現。
現今針灸臨床，對於肺病咳嗽，病初多以手太陰肺經中府、列缺、太淵、尺澤相配治療；少陽頭痛，早期多以足少陽膽經率谷、風池、足臨泣、足竅陰相配而治等。再以肢體病坐骨神經痛為例，與坐骨神經通路有密切聯繫的經脈有足太陽經（分布於背部、腰部、下肢後面正中）和足少陽經（分布於側腰、下肢外側正中），臨床若見腰背疼痛，並沿大腿後面、膕窩、小腿後面放射至足外踝之後者，為「足太陽經型坐骨神經痛」，宜取腎俞、秩邊、承扶、殷門、委中、承山、飛揚、崑崙等穴；若見側腰部疼痛或腰痛連及兩髖關節，並向下肢外側、外踝放射者，為「少陽經型坐骨神經痛」，則宜取環跳、風市、陽陵泉、絕骨、丘墟等穴。
本經選穴法乃針灸臨床最基本、最常用的循經選穴法，正如《醫學入門·針灸》所說：「因各經之病，而取各經之穴者，最為要訣。」其治療疾病的規律，是近部腧穴治療近部病證，遠部腧穴治療遠部病證。也就是說選穴與病變部位的關係，是由兩頭向中間靠攏或者說是由中間向兩頭擴展的。以足太陽經病變為例，後枕部疼痛多選遠端的至陰、申脈穴；項部病變常取踝部的跗陽穴；肩背部病痛多選用小腿的飛揚、承山穴；腰背疼痛常取用膕窩的委中穴；腰骶部病變多選用大腿近端的殷門、承扶穴。選穴與病變部位由兩頭向中間靠攏。再如足少陽經病證，髖關節病變多取大腿近端的風市穴；脅肋部疼痛常選膝關節處的陽陵泉；頸項疼痛多取用踝關節部位的絕骨穴；偏頭痛、耳鳴、目赤腫痛常選用遠端的俠溪、足臨泣、足竅陰穴。選穴與病變部位由中間向兩頭擴展。
（二）表里經配穴
表里經配穴法是以臟腑、經脈的陰陽表里關係為依據的配穴方法。由於經脈同臟腑一樣，也存在著陰陽表里相合的關係，所以，當某一經脈及其所屬的臟腑、組織器官發生病變時，除了選用本經腧穴以外，根據《素問·陰陽應象大論》「從陰引陽，從陽引陰」的理論，就可以選用相表里經脈上的腧穴來治療。具體方法是某一臟腑、經脈有病，除選取本經腧穴以外，同時配以表里經有關腧穴。如病在肺，即可選用手陽明大腸經的腧穴治療；病在肝，即可選用足少陽膽經的腧穴治療。《靈樞·厥病》所記「厥頭痛，面若腫起而煩心，取之足陽明、太陰」「腎心痛，先取京骨、崑崙，髮針不已，取然谷……胃心痛，取之大都、太白」；《靈樞·五邪》所記「邪在腎則病骨痛……取之湧泉、崑崙」；《素問·刺瘧》所記「肺瘧者……刺手太陰、陽明」「腎瘧者……刺足太陽、少陰」「胃瘧者……刺足陽明、太陰」；《素問·髒氣法時論》所記「肝病者……取其經，厥陰與少陽」「脾病者……取其經，太陰、陽明」「腎病者……取其經，少陰、太陽」等，都是這種選穴法早期應用的實例。
現今針灸臨床上，心絞痛以手厥陰心包經內關配手少陽三焦經外關（可採取透穴形式）；肝病以足厥陰肝經期門、太沖配足少陽膽經陽陵泉；脾胃痛以足陽明胃經梁門、足三里配足太陰脾經太白、公孫；遺尿以足太陽膀胱經委中、腎俞配足少陰腎經太溪；鼻病和咽喉痛取手太陰肺經少商、列缺和手陽明大腸經合谷穴；神志病取手少陰經腧穴神門配手太陽經腧穴後溪……也是這種選穴法的常用慣例。表里經選穴既適用於表經或里經單獨發病的情況，更適合於表里經同病的情況，而首選腧穴則是表里兩經的絡穴和原穴。所謂「絡穴正在兩經中間……若刺絡穴，表里皆治」（註：「治」字諸多參照版本原文均為「活」，顯然系排版之誤，今改之）（《針經指南·絡說》）。一穴治兩經，猶如一石擊二鳥、一箭射雙鵰，正體現了表里經選穴的優越性。
（三）同名經配穴
同名經配穴法是在同名經「同氣相通」的理論指導下，以手足同名經腧穴相配。例如牙痛、面癱、陽明頭痛以手足陽明經的合谷、內庭相配；落枕、急性腰扭傷、太陽頭痛以手足太陽經的後溪、崑崙相配；耳鳴、偏頭痛、胸脅痛以手足少陽經的支溝、陽陵泉相配；失眠、多夢以手足少陰經的神門、太溪相配等。在十二經脈的交接特點中，手足同名陽經交接於頭面部，手足同名陰經交接於胸腹部。這種同名經相互銜接、同氣相通的特點，為同名經選穴建立了基礎。《靈樞·熱病》「熱病而汗且出，及脈順可汗者，取之魚際、太淵、大都、太白」；《靈樞·厥病》「厥頭痛，貞貞頭重而痛……先取手少陰，後取足少陰」「頭半寒痛，先取手少陽、陽明，後取足少陽、陽明」；《素問·刺瘧》「瘧方欲寒，刺手陽明、太陰，足陽明、太陰」，都是同名經選穴的早期應用。隋·楊上善《黃帝內經太素》所謂手太陰、陽明之上有病，宜療足太陰、陽明……足太陰、陽明之下有病，宜療手太陰、陽明」不但是同名經配穴法的早期應用，而且還是把同名經選穴與上下顛倒選穴有機結合的範例。現今針灸臨床也常常用本法治療一些常見病，如失眠選用分屬手、足少陰經的神門、太溪穴；癲癇選用手、足太陰經的少商、隱白，或者手、足厥陰經的內關、太沖穴。
而頭痛的分經論治，乃是同名經選穴法最典型的應用範例。頭為諸陽之會，但諸陽經在頭部的分布卻有所不同，手少陰心經和足厥陰肝經還通過內行徑線貫面頰，注目交顛。針灸臨床要緊密結合頭痛的部位辨位歸經，確定屬於何經之頭痛，然後有的放矢，按經論治。前額為陽明經所屬，前頭痛即為「陽明頭痛」，可取合谷、頭維、內庭等穴；側頭為少陽經分布，偏頭痛即為「少陽頭痛」，可取外關、率谷、足臨泣等穴；後枕部為太陽經之分野，後頭痛即為「太陽頭痛」，可取後溪天柱、申脈等穴；顛頂部為足厥陰之位，頭頂痛即為「厥陰頭痛」，可取內關、行間、太沖等穴；顱內為腦髓占據，心主神明，腎主骨、生髓、通腦，顱內痛當為「少陰頭痛」，可取神門、太溪、復溜、湧泉等穴。
（四）子母經配穴
子母經選穴法是參照六髒六腑和十二經脈的五行屬性，根據「虛則補其母，實則瀉其子」的治療原則制定的配穴方法。例如虛勞咳嗽，病在肺，症見體弱羸瘦者，肺屬金，根據土生金、虛則補其母的原理，可足太陰脾經、足陽明胃經腧穴及其背俞穴，如血海、三陰交、足三里、脾俞、胃俞以培土生金；肝陽上亢引起的頭暈、頭痛、目赤腫痛等，根據木生火，實則瀉其子經的原理，可選手少陰心經或手厥陰心包經腧穴，如神門、少沖、少府、內關，以瀉火平肝。
（五）交會經配穴
交會經配穴法即按經脈的交叉、交會情況來配穴。某一病變部位有數條經脈交會或某一病證與數條交會經脈有關，都可按此法配穴。例如陽白是足少陽經與足陽明經在前額部位的交會穴，故偏正頭痛就宜選用陽白穴；環跳是足少陽經與足太陽經在髀樞部的交會穴，那麼，髀樞部疼痛或足太陽、足少陽兩型坐骨神經痛均可選取環跳穴治之；泌尿、生殖系疾患和婦科病，多與任脈、足三陰經病理變化相關，故常取任脈的關元、中極、足三陰經與任脈的交會穴三陰交治之。再如腰腿痛，與腰腿部有密切聯繫的經脈有足太陽經（分布於背部、腰部、下肢後面正中）、足少陽經（分布於側腰、下肢外側正中）、足陽明經（分布於下肢外側前緣）、足少陰經（分布於下肢內側後緣、貫脊屬腎）。
臨床若見腰背疼痛或腰痛連及兩髖關節並向下肢外側、外踝放射者，為「太陽、少陽經型腰腿痛」，宜取腎俞、秩邊、環跳、風市、陽陵泉、絕骨、丘墟等穴；若腰痛連及腹股溝，並向下肢外側前緣放射至足背者，為「太陽、陽明經型腰腿痛」，宜取腎俞、次髎、秩邊、氣沖、髀關、伏兔、足三里、解溪等穴；若腰痛向下肢內側後緣放射至足踝者，為「太陽、少陰經型腰腿痛」，腰為腎之府，宜取腎俞、次髎、秩邊、陰谷、太溪等穴。
（六）根據部位分經配穴法
按照肢體相應部位選配類似經脈的腧穴。例如上肢內側和胸部病變選取手三陰經穴互配；上肢外側和頭面部病變選取手三陽經穴互配；下肢內側和腹部病變選取足三陰經穴互配；下肢外側和腰背部病變選取足三陽經穴互配。
（七）陰經經脈腧穴互配法
不局限於同名陰經經穴之間相配伍，例如咽喉病變取手太陰經腧穴列缺、少商配足少陰經腧穴照海、湧泉；心、胸、胃疾病取手厥陰經腧穴內關配足太陰經腧穴公孫；失眠取手少陰經腧穴神門、手厥陰經腧穴內關配足少陰經腧穴太溪、足太陰經腧穴三陰交等。
（八）陽經經脈腧穴互配法
不局限於同名陽經經穴之間相配伍，例如各種熱病取手陽明經腧穴合谷、曲池配手少陽經腧穴外關；頭痛、牙痛取手陽明經腧穴合谷、二間配足陽明經腧穴內庭；肝膽疾病、脅痛取手少陽經腧穴支溝配足少陽經腧穴陽陵泉等。
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