從中醫的角度來看多囊腎，它的特點是本虛標實，以腎精虧虛、脾腎氣虛及脾腎陽虛為本，痰飲、瘀血、氣滯、濕熱、癥積、溺毒為症狀。
結合西醫輔助檢查的結果，如超聲、CT、和MRI等，可以為中醫診斷提供更多的幫助。
中醫本著以補腎益精為本的治療原則，兼以活血化瘀、清熱利濕、疏肝健脾及化積祛濁為方法。
腰痛
腰背部酸痛者，可用桑寄生、川續斷、狗脊補腎強腰；
腰背部或脅腹部脹滿疼痛或竄痛者或伴有刺痛者，以川楝子、延胡索行氣通絡止痛；
腰背部或脅腹部刺痛，痛有定處、固定不移者，以乳香、沒藥化瘀通絡止痛；腰痛沉困者，以蒼朮、黃柏清熱燥濕止痛。
血尿
尿中有血絲、血塊者，以三七、琥珀、花蕊石等化瘀止血；如果囊腫出血量較大，選用炭類止血藥如棕櫚炭、地榆炭、茜草炭等收澀止血。
泌尿道和腎囊腫感染、發熱、季肋部疼痛
影像學和 CT檢查提示囊腫感染者以八正散、石韋散以及銀花泌炎靈片清熱利濕通淋。
合併腎結石
其中大多數結石成分是尿酸和草酸鈣，以石韋散、神效琥珀散清熱利濕、排石通淋。
囊腫破裂
嚴重者可致虛脫休克，急用獨參湯扶元固脫。