傳染感染科

華山醫院感染病學科創建於1955年，創始人為蜚聲中外的著名臨床醫學專家、我國臨床微生物學的奠基人戴自英教授，醫術精湛、在醫學界享有很高威望的感染病學家徐肇玥教授、劉裕昆教授、汪復教授、張嬰元教授、翁心華教授、金向濤、王嘉瑞、孫濤等相繼任感染病學科負責人，數十年來在傳染病的臨床科研工作中已形成學科特色和優勢。

感染病學科1978年獲准為國家教委首批博士點，1989年為國家教委首批重點學科，1996年進入國家教育部211重點工程，2001年評為國家重點學科，數十年來在診治經典傳染病及感染病的醫療、教學、科研工作中已形成學科特色和優勢，是國內重要的病毒性肝炎相關肝病和其他感染病臨床醫療中心之一。

皮膚科

復旦大學附屬華山醫院皮膚科建於1929年，至今已有八十六年歷史，是國家首批碩士和博士點授予單位，是我國主要的皮膚病學醫教研和人才培養基地之一，一直在國內外享有盛譽。已連續五年位居中國醫院最佳皮膚科專科排行榜榜首，入選衛生部臨床重點專科和上海市「重中之重」臨床重點學科。現有醫師75人，其中正高10人，副高18人，主治醫師18名，博士生導師5人，碩士生導師8人。全科具有博士學位者43名，碩士學位者25人。

華山醫院皮膚科現有病床42張，收治各種疑難雜症和危重病人，並設急診24小時值班制，年住院患者2500餘人次，年急診約5萬。門診就診人數也逐年上升，年門診量已逾162萬人次，就診患者中約60％來自外省市、港、澳、台地區，其他國家來診者亦與日俱增，病例數之多、病種之廣在國內是首屈一指，在國際上亦屬罕見。

康復醫學科

復旦大學附屬華山醫院康復醫學科是一個具有50餘年的悠久歷史的學科。早在1957年華山醫院就創建了國內首批醫療體育治療室（現今康復醫學科前身），在我國康復醫學創始人之一范振華教授的領導下，開展以運動系統傷病康復為主的綜合康復醫療工作，同時也是國內最早招收康復醫學與理療學碩士研究生的碩士點之一。

在2012年度最佳專科排名中，復旦大學附屬華山醫院康復醫學科排名，位列全國第三位；2013年獲得國家臨床重點專科建設項目—康復醫學國家臨床重點專科。

神經外科

復旦大學附屬華山醫院神經外科1952年建科，1981年第一批被評為博士點，1982年成為WHO神經科學研究與培訓中心，1989和2002年連續被國家教委批准為國家重點學科，「211工程」一、二、三期建設學科，1991年以來連續5次成為衛生部重點建設臨床學科，2001年成為復旦大學「重中之重」建設學科；2001年成為「上海市神經外科臨床醫學中心」；2002年至今連續被批准為「國家繼續醫學教育基地」；2006年成為「國家神經外科專科醫師培訓基地」；2011年成為「國家臨床重點專科」、「復旦大學神經外科研究所」，2013年成為「上海市神經外科專科醫師培訓基地」。

本科為國內主要的神經外科中心，在我國神經外科史上寫下了我國第一例腦腫瘤手術、第一例腦動脈瘤夾閉術、第一例腦幹內生型血管母細胞瘤切除術、第一例自體幹細胞腦內移植治療開放性顱腦外傷等多個第一；迄今為止共施行了逾10萬例腦外科手術，在神經外科的臨床醫療、科研和教學等方面始終處於國內外先進水平。

神經內科

神經內科是復旦大學附屬華山醫院的特色學科之一，由著名神經病學家張沅昌教授創立於1950年，1980年成立衛生部批准的神經病學研究所，1981年成為全國首批神經病學博士學位授予點。90年代初，呂傳真教授領銜學科建設，形成腦血管病、神經免疫疾病、運動障礙及退行性疾病、癲癇與睡眠障礙的四大專業方向，1995年成為上海市醫學領先專業重點學科，2000年被列為復旦大學「985工程」建設學科。

目前是WHO神經科學研究和培訓合作中心、教育部國家重點學科、衛生部臨床重點專科（建設項目）、復旦大學「985」工程的III期「重中之重」建設學科、國家醫學神經生物學重點實驗室的臨床部分。華山醫院本部擁有病床92張、華山北院47張、靜安區中心醫院分部35張、和從事神經科學研究與臨床檢驗技術開發的神經病學研究所。

放射科

復旦大學附屬華山醫院放射科成立於1933年，創始人為我國著名放射學家、醫學教育家鄒仲教授。科室經過70多年的發展和幾代人的努力，已成為技術力量雄厚，設備先進，醫教研成績突出的具有鮮明特色科室之一。1997年被國家教委評為「211工程」影像醫學重點學科，學科點是國內最早建立博士點之一，2001年同神經內外科一起被復旦大學評為重中之重學科。2002年被評為教育部重點學科。

本科為中華放射學會主委單位，上海市放射診斷質控中心掛靠單位和主委單位;中國女醫師協會醫學影像專委會主委單位；中國醫學計算機成像雜誌編輯部所在地。科室已有多項成果獲得鑑定和推廣應用。曾獲得國家科委發明獎一項，衛生部和上海市科研成果獎多項。