呼吸科
呼吸內科是一個集臨床、教學、科研及管理為一體的學科，是呼吸專業博士學位授權學科及內科學博士後流動站。是呼吸疾病國家重點實驗室、廣東省呼吸疾病重點實驗室、國家藥物臨床試驗機構、廣州呼吸疾病研究中心、衛生部呼吸內鏡醫師培訓基地。2012年被衛生部批准成為呼吸內科國家臨床重點專科。經過三十餘年的不懈努力，呼吸內科已發展成為綜合實力雄厚、堪稱國內領先、國際一流的呼吸病學臨床診療中心、科技創新中心、學術交流中心和人才培養基地。
本學科擁有著一支技術精湛、人才梯隊結構合理的工作團隊，形成11個具有強大處理疑難危重症能力的專業組；現有醫生45人，其中副高以上職稱20人，具有博士、碩士學位者35人，護士85人，中國工程院院士1人，國家級突出貢獻專家2人，省級突出貢獻專家1人，市級優秀專家4人，享受國務院特殊津貼專家3人，國家級培養對象1人，省級「千百十」培養對象2人。學科總帶頭人為中國工程院院士鍾南山教授。
變態反應科
廣州醫科大學附屬第一醫院變態反應學科（過敏科）由鍾南山院士創建於1983年，經過30餘年的發展，逐步形成以過敏性鼻炎和支氣管哮喘的治療與預防為主要任務，聯合多學科合作進行難治性哮喘、過敏性鼻炎-鼻竇炎、嗜酸性粒細胞性相關疾病等與過敏免疫相關的呼吸道和肺部的疑難疾病診治研究等為顯著特色的產學研教平台。
2020年，中國醫院科技影響力排行榜中，位居全國首位，在復旦版中國最佳醫院排行榜專科排行榜中，位居全國第三位。
專科現有正高職稱3名，副高職稱4名，主治醫師3名，住院醫師3名，護士2人，臨檢技術人員5名，科研人員3名。其中，博士研究生導師3名，碩士研究生導師6名，人員的年齡、職稱結構梯隊合理。
胸外科
胸外科是一個集臨床、教學、科研及管理為一體的學科，是國家級臨床重點專科、廣東省和廣州市重點學科，作為全國首家胸外科衛生部培訓基地，是華南地區唯一擁有肺移植資質的醫療機構。
截至目前，現已進行胸腔鏡手術及微創傷胸外科手術14000多例，手術例數全國最多、成功率高、併發症少，代表了該領域的國內先進水平。1999年，該學科還順利完成了亞太地區第一例同種異體氣管移植手術，使我國成為除美國、加拿大外第三個完成該類手術的國家。2003年成功完成華南地區第一例臨床同種異體肺移植。迄今為止，該學科已經成功完成49例臨床肺移植，是全國完成臨床肺移植手術例數最多的單位之一，成為衛生部批准的第一批肺移植資格單位。