變態反應科
中心概況首都醫科大學附屬北京同仁醫院變態反應(鼻過敏)科為北京同仁醫院繼眼科、耳鼻咽喉科以外的第三個國家臨床重點專科。變態反應(鼻過敏)科是對鼻相關過敏性疾病進行診斷、治療和預防，面向兒童及成人的多交叉二級學科。變態反應(鼻過敏)科承啟於鼻科學，專注於過敏性疾病的臨床診療及基礎研究，主攻以鼻腔黏膜炎症性病變為主的鼻病，包括過敏性鼻炎，慢性鼻炎，慢性鼻竇炎、鼻息肉，真菌性鼻竇炎，鼻中隔偏曲，腺樣體肥大、鼻乳頭狀瘤、鼻外傷以及鼻病繼發的分泌性中耳炎，淚囊炎等。
科室擁有國際先進的醫療設備，主要開展的診療手段有：致敏原檢測，鼻阻力、鼻聲反射，鼻分泌物及脫落細胞檢測，氣道NO檢測，以及致敏原的特異性免疫治療、藥物治療及鼻內鏡手術治療等。
眼科
同仁眼科已經形成了具有深遠影響的金色招牌，在百年傳統的基礎上，整合優勢資源，組建了「北京同仁眼科中心」，作為教育部批准的「國家重點學科」，承擔著眼科學學科建設任務。眼科中心設有綜合辦公室，負責行政事務管理和協調工作。
中心下設五個分支機構：眼科臨床部、眼科研究所、眼庫、防盲辦公室、眼科診療設備工程研究中心。眼科臨床部共包括眼角膜科、青光眼科、眼底科、眼肌科、眼外傷科、眼整形科、白內障中心、視光中心、眼腫瘤科、眼中醫科及臨床檢查中心共11個專科(專業組)。眼科研究所設置行政部、基礎部和應用基礎部
耳鼻咽喉科
耳鼻咽喉頭頸外科是北京同仁醫院傳統的重點學科，與北京市耳鼻咽喉科研究所結合形成了國內具有代表性的專科特色，現為衛生部國家臨床重點專科、教育部國家重點學科。耳鼻咽喉頭頸外科下設耳科、鼻科、咽喉科和頭頸外科四個亞學科，設床位255張，目前門急診量超過30萬人次，年出院量8600餘人次，年手術量9000餘例次。
中心現有主任醫師19名，副主任醫師18名，研究員4名，副研究員1名；博士生導師8人，碩士生導師15人。科室與耳鼻喉科研究所結合成立了人工聽覺技術中心、聽覺前庭生理中心、新生兒聽力康復中心、變應性鼻炎診療中心、腫瘤生物學實驗室、臨床解剖學實驗室、藥物研發部、睡眠醫學中心、嗓音醫學中心等多個診療平台。