五臟六腑，都會引發咳嗽，並非只有肺而已。
內傷咳嗽總由臟腑功能失調、內邪干肺所致，可分其他臟腑病變涉及於肺和肺臟自身兩類。《素問》：五臟六腑皆令人咳，非獨肺也。
痰濕蘊肺證
【證候】咳嗽多痰，痰白而黏，每於早晨或食後咳甚痰多，或進食甘甜油膩食物加重，胸脘作悶，食納不佳，四肢乏力，舌苔白膩，脈象濡滑。
【治則】燥濕化痰，理氣止咳。
【方藥】二陳平胃散合三子養親湯加減。常用藥：法夏、陳皮、茯苓、蒼朮、厚朴燥濕化痰；炙麻黃、杏仁、紫菀、款冬花宣肺化痰止咳。
如痰濕較重，痰多，脘悶明顯，加橘紅、苡仁、杏仁之類，以增強燥濕化痰之力；證屬寒痰者，加乾薑、細辛以溫化；屬風痰者，加制南星、白附子以祛風化痰；痰滯食阻，而見痰多胸痞，食欲不振，苔膩脈滑者，可加萊菔子、蘇子順氣降逆、化痰消食。
痰熱郁肺證
【證候】咳嗽，痰色黃稠而難排出，甚或痰中帶血，胸悶，口乾，口苦，咽痛，舌苔黃膩或黃白相兼，脈滑數。
【治則】清熱肅肺，豁痰止咳。
【方藥】清金化痰湯加減。常用藥：桑白皮、黃芩、梔子、知母清泄肺熱；杏仁、貝母、瓜蔞、射干、海蛤殼清肺化痰止咳。痰熱壅盛，咳吐膿痰的，加金蕎麥、魚腥草、冬瓜子、石膏、葶藶子等清熱化痰排膿。痰熱傷津，口乾，加沙參、麥冬、天花粉、蘆根清熱養陰生津。
肝火犯肺證
【證候】咳嗽氣逆，咳則連聲，甚則咳吐鮮血，或痰帶血絲，胸脅串痛，性急易怒，煩熱口苦，咽喉乾燥，面紅目赤。舌苔薄黃少津，脈象弦數。
【治則】清肝瀉肺降氣止咳。
【方藥】主方黛蛤散合瀉白散加味。常用藥：青黛、海蛤売、丹皮清肝火化痰，桑白皮、黃芩、地骨皮清泄肺熱。火熱較盛，咳嗽頻作者，可加貝母、枇杷葉等，咳嗽氣逆，胸悶不舒，可加旋覆花、枳殼降氣平逆；火熱傷津，口乾，加沙參、麥冬、天花粉、蘆根清熱養陰生津。
肺陰虧虛證
【證候】乾咳無痰，或痰少不爽，口乾舌燥，或見咯血。舌紅少苔，脈細數。
【治則】養陰潤肺，寧嗽止咳。
【方藥】沙參麥冬湯加減。常用藥：沙參、麥冬、天花粉、玉竹養陰潤肺，桑白皮、杏仁、枇杷葉降氣止咳。口乾舌燥甚者，百合、生地養陰潤燥；咳嗽甚者，加百部、紫菀、款冬花潤肺止咳；咳而氣促，加五味子斂肺止咳。熱傷血絡，咯血者加丹皮、白及、茜草、藕節涼血止血。