處於健康狀態下，人體內的胃腸道內腸道菌群會相互制約和依存，並形成一種生態平衡。但如果因各種因素導致機體內外環境發生變化，使腸道菌群生態平衡破壞後，就會導致腸道菌群紊亂，從而引起多種疾病。
腸道菌群紊亂別大意，可引起這些疾病
1、急慢性腹瀉
腸道菌群紊亂多發生於飲食不佳、濫用抗生素等人群，此時腸道抗病能力大幅度下降，若細菌、病毒等致病菌進入腸道內後就可導致急性腹瀉。如果此時忽略未積極治療，症狀逐漸加重並反覆後，就可進展為慢性腹瀉，治療難度加大。
2、腸道炎症
若體內腸道個別有害菌會繁殖過多，易對腸道黏膜產生刺激。若反覆刺激就可能引發炎症反應，繼而使腸道黏膜出現水腫、潰瘍等病變，誘髮結腸炎、結腸潰瘍等疾病，此時需通過結腸鏡檢查，以明確腸道黏膜是否存在明確。
3、營養不良
腸道菌群紊亂會影響到胃腸消化和吸收功能，進而出現消化不良的症狀。如長期消化不良，可阻礙人體對營養物質的吸收和利用，並進一步導致營養不良、貧血等疾病的發生。尤其是對於年齡較小的患者，若持續存在腸道菌群紊亂問題，會影響正常的生長發育。
4、肝病
肝病與腸道菌群失衡是相互影響的關係，若肝臟發生病變會破壞腸道菌群的生態穩定，使腸道菌群結構發生變化，消化和排毒等功能會削弱。同樣，腸道菌群長期紊亂也會影響肝功能，進一步加重肝病，此時需儘早遵醫囑服用護肝藥物治療，如恩替卡韋、拉米夫定等。
5、腸癌
研究發現，腸道菌群長期失衡的人群罹患腸癌的風險會增高，因為腸道細菌會分泌多種酶，其中就包括葡萄糖醛酸酶、膽固醇脫氫酶等，這些有害酶都會增加結腸癌的發生風險。
及時調理腸道菌群，降低疾病發生風險
為避免上述疾病的發生，應及時進行腸道菌群的調理。首先可補充益生菌，如酪酸梭菌，酪酸梭菌能促進雙歧桿菌這類有益菌的生長，也能在腸道內產生酶和維生素等有益物質，幫助菌群恢復平衡。此外，日常應多吃含有膳食纖維較多的食物，如燕麥、蕎麥、菠菜、苦瓜、蘋果等，膳食纖維雖不被人體吸收，但可為腸道有益菌提供營養支持，幫助其生長繁殖，恢復與有害菌制約的能力。