同盟會成立後，為了推進自己的革命主張，跟當時反對革命，主張保皇的康、梁等人組織的保皇會展開了理論論戰。
《民報》是同盟會宣傳輿論戰線的重要陣地，發行人為張繼。先後主持筆政的有胡漢民、陳天華、章太炎、朱執信、馬君武、宋教仁、汪精衛等。
《民報》於1905年11月出版，以後大約每兩個月出1期。1908年10月因日本政府封禁，暫時停刊。1910年1月復刊，出2期後停刊。前後共出26期，在孫中山領導的民主革命歷史上起過很大作用。
除《民報》外，同盟會在國內外各地設立的機關報，如香港的《中國日報》，上海的《神州日報》《民呼報》《民吁報》《民立報》，新加坡的《中興報》，緬甸的《光華報》，檀香山的《自由新報》，溫哥華的《華英日報》，舊金山的《美洲少年報》，巴黎的《新世紀報》等，在宣傳三民主義理論，抨擊保皇派論調方面，都發揮了不小的作用。
康有為及其弟子梁啓超等，作為清末維新派的著名代表人物，有忠君愛國、擁護清王朝統治的一面；同時，又有要求變法維新、對清朝封建專制的政治制度進行改革的一面。在要求改變清朝政治制度，推進社會進步這一點上，他們可以成為革命黨人的同路人。
鄒魯在《中國國民黨史略》中說過下列一段話：
康氏及其弟子梁啓超等都是廣東人，他們提倡維新運動和總理提倡革命運動差不多同時，而且他們的思想，比革命黨人雖落後，但在風氣閉塞的當時社會，卻不能不算是比較開通的人物。因這種種的關係，當總理在廣州秘密運動革命時，就已和他們通過聲氣。
但是，革命黨人沒有能夠跟康、梁等立憲派在中國的改革這個問題上求同存異，進行合作，哪怕是短暫的合作。雙方因觀點分歧而展開論戰，在論戰中又勢同水火，互不相容。這場爭論實際上在同盟會成立以前已經開始。
同盟會成立後，孫中山領導革命黨人與康有為、梁啓超為首的保皇派展開的論戰更為激烈。論戰雙方分別以《民報》和《新民叢報》為主陣地，兩派在海外所辦報紙也加入了論戰。
《新民叢報》是梁啓超1902年在日本橫濱創辦的。該刊介紹了西方資本主義思潮，曾經風行一時。後來因反對孫中山領導的資產階級民主革命，堅持宣傳保皇派觀點，受到《民報》的嚴厲批駁，銷路日減。
《民報》發行26期，其中批駁保皇派、宣揚三民主義的重要文章有20多篇。1906年4月28日，《民報》第3號發行號外，陳列《民報》與《新民叢報》的十二大分歧。其中有：
《民報》主共和，《新民叢報》主專制；《民報》望國民以民權立憲政，《新民叢報》望政府以開明專制；《民報》以政府惡劣，故望國民之革命，《新民叢報》以國民惡劣，故望政府以專制；等等。
革命黨人與保皇派的爭論，主要圍繞以下幾個根本性的問題展開：
（一）清王朝要不要推翻
保皇派認為，清王朝的癥結在於西太后那拉氏專政，只要西太后歸政於光緒皇帝，問題就解決了，就不用推翻清王朝。因為光緒皇帝是「數千年之所未有」的「天生聖人」，是中國歷史上唯一一位能把百姓當作「子弟」的「慈父」般的皇帝。
革命派則揭露清朝自建立以來對漢族的殘暴統治和壓榨，以及對帝國主義的屈膝投降，指出滿洲統治者「為專制宰割漢人之特殊貴族，陷中國於滅亡，國民對之，決無調和之可言」「滿洲政府喪權媚外，鈐制漢人，故吾人非排滿無以自救」。為獨立、救亡計，必須推翻清王朝。
（二）應建立什麼樣的政權
保皇派反對建立共和國，認為國民長期生活在君主專制制度下，一旦實行共和，「下等社會」就會犯上作亂，天下就不得太平。
他們說：革命決非能得共和，而反以得專制。還認為在老百姓政治素質低下的中國，連君主立憲都不能實行，更不要說民主共和制度了，眼前只能實行所謂「開明專制」，作為立憲制的預備，這樣才能使中國得救。
革命派駁斥保皇派說，政治問題與種族問題密不可分，種族問題不解決，各民族勢成水火，所謂立憲，便徒具虛名。滿洲貴族標榜立憲，目的在於鞏固其政治上的統治。中國種族問題不解決，政治問題也無法解決，故必須種族革命與政治革命並舉。
應當擔負起推翻專制的責任的，是中國的國民，能夠擔負起推翻專制的責任的，也是中國的國民。中國國民必能具備作為共和國國民的資格。
中國國民的智力絕不比別的民族差，只是因為千百年來被壓制，「稍稍失其本來，然其潛勢力固在也」。僅看表面，便輕下斷語，說中國民族是低賤的民族，只能受壓制，不能享自由，「何其厚誣吾民族也」！
（三）關於民生問題
保皇派針對孫中山關於實行社會革命、解決土地問題、防止歐美工業革命以後出現的弊病的主張，提出中國並未出現「極貧極富」的階級分化和對立，故不必實行社會革命，不必實行土地國有。
他們誣稱：革命派鼓吹社會革命不過是蠱惑人心，博取下等社會之同情，網羅賭徒、盜賊、乞丐、流氓等為已所用。
革命派則駁斥說，在中國，由於地主的苛重剝削，勞動者無自己的土地，「僅得托足他人之土地」「勞勞終日，始得若干工值，以償其棲息之地租，求得一飽，且不獲焉」，根本就無合理可言。
實行民生主義，亦即實行社會革命，不是要剝奪富人財產，在社會上均分，而且是要採取穩妥、合理的辦法，逐漸做到貧富均等。並說：社會革命並不強奪富人之財產而分之，只在杜絕富人集積將來之財產。
1907年8月，《新民叢報》停刊，保皇派與革命派的論戰以保皇派的徹底失敗而告終。
胡漢民稱：
「交戰之結果，為《民報》全勝；梁棄甲曳兵，《新民叢報》停版，保皇之旗，遂不復見於留學界，亦革命史中可紀之戰爭也。」
與保皇派偃旗息鼓的情況相反，革命黨則越來越活躍。這從他們所辦報紙的興旺景象也可以看得出來。
同盟會時代，革命派創辦的報紙共93種，其中創刊於1905年的6種、1906年的15種、1907年的18種、1908年的12種。差不多呈逐年上升勢頭。」