15世紀末期，基督徒的再征服運動幾乎快要全部完成，統治者對信仰統-的渴望也增強起來，占有很大比重的猶太人以及改宗後的新基督徒成為他們的新目標。
1478年，西班牙在教宗西科斯圖四世的支持下，成立了宗教裁判所，並於1480年起開始審理案件。西班牙王室法令明確規定宗教裁判所是用來搜查和懲罰那些因嚴格執行猶太教儀式和禮節從而背叛了基督教的新基督徒」。
這些新基督徒，大部分是1367至1417年間改宗基督教的猶太人後裔。卡斯蒂利亞國王恩里克二世是第一個將反猶政策當成國策的君主，在他的統治下，猶太人或被無情殺害，或為了保命而改信基督教。1388至1390年歐洲第四次黑死病來襲引起社會混亂，人們對生命感到無助，在善良的牧師費爾南·馬丁內斯領導的傳教運動的影響下，許多猶太人受洗。
從1391年夏天開始，一系列的襲擊和謀殺事件蔓延到了科爾多瓦、托菜多、瓦倫西亞、加蒂瓦、巴塞隆納、菜里達和洛格羅尼奧,遍及西班牙南部和東部,沒有逃跑的人幾乎都接受了洗禮以換取自己和家人的平安。他們當中有的已經放棄了自己的宗教而成為基督徒:有的表面上皈依了基督教，但暗地裡卻頑強地堅守祖先的信仰。
對於部分改宗者來說，當迫在眉急的危險過去之後，他們多數會回到自己熟悉且感到安全的家庭中繼續生活，一個家庭中可能包含改信了基督教的成員，也包含未改變信仰的成員，因此人們普遍懷疑改宗者還會像猶太人一樣繼續自己的生活」。
改宗後的猶太人不會因為宗教原因受到法律上許多限制，他們可以在西班牙從事各行各業，如法律、行政、軍隊、大學甚至是進入教會，並且有些能夠進入到權力階層，逐漸在西班牙的社會生活中占據主導地位，甚至在西班牙的貴族世家中，也會存在猶太人的血統。
如薩拉戈薩的德·拉·卡巴薩利阿家族產生過主教、大學副校長、阿拉貢王國的司法官、納瓦拉王國的財政大臣。阿拉貢宮廷中有一半的職位被帶有猶太血統的改宗者及其子女所占據。
卡斯蒂爾王國攝政團的成員帕波羅德·桑塔馬利亞(1352-1435)也是一位改宗者，他的兒子曾作為西班牙代表出席巴塞爾基督教會代表大會」。猶太改宗者占據著王國中的重要部門，而且他們當中富裕而有名望的家族還與當地最高貴的貴族甚至與王室聯姻」。猶太人曾在穆斯林統治西班牙時期，就在班牙宮廷中獲得到部分高位和權力。
自11世紀以來，阿拉貢和卡斯蒂爾的基督教王國在西班牙逐漸占據上風，曾作為基督徒「盟友」的猶太人的地位也隨之上升，他們也曾擔任過皇家顧問、國王大臣們的首領或財務長。然而隨著猶太人以及新基督徒在西班牙越來越多的占據社會領域的重要位置，原本就存在的宗教敵對也在對猶太人財富的覬覦中化成更為深刻的仇恨。
對於猶太人來說，洗禮為猶太人打開了職業和進入教會的大門，除了進入宮廷為王室服務的貴族，還有散布在西班牙社會各行各業的普通人。一位塞維亞村落洛斯帕拉西奧斯的教區牧師安德烈斯·伯納德斯在撰寫的著作中說:
「(猶太人)是商人、推銷員、收稅員、商店老闆、房地產執事、理髮師、裁縫、製鞋匠、製革商、香料商人、絲綢商人、鐵匠、銀匠、木匠或石匠..有人都尋求輕鬆的職業和不費吹灰之力的謀生方式」啊。
這一觀點反映出十五世紀西班牙社會對猶太人的偏見,他們認為猶太人通過輕鬆的職業就可以不費吹灰之力獲得社會財富,更別說那些在西班牙宮廷中掌握金融權力的猶太或新基督徒包稅人,他們獲得的巨額財富使其有機會涉足國際貿易領域，在西班牙塞爾維亞、托菜多和巴塞隆納建立了廣泛的商業社區，占有的社會財富比普通人多的多。
包稅人對普通民眾的剝削，則更引起人們的反感與痛恨，連身處高位的西班牙貴族也毫不掩飾對這些人的藐視。麥可·阿爾伯特認為，宗教裁判所逮捕猶太人和秘密猶太人主要出於宗教和政治原因，而不是簡單的出於獲得猶太人的財富。
宗教裁判所在扣押犯罪嫌疑人時幾乎沒收了他們全部的財產，這也是對猶太人刑罰的一部分。那些收繳上來的財產有些還不足以支付法院的費用，審判官、公證人以及監獄管理員的薪水，犯人的伙食、衣物以及醫療等等開支。
被關起來的犯人，他們的親，屬也往往一同遭到審查或躲藏起來，所以他們不會像普通犯人一般,將自己的衣食帶入監獄。以穆爾西亞的宗教法庭為例，1675年，該法庭的收入為6,003,924馬拉威迪中，但是支出了6,883,505馬拉威迪。
總的來說，宗教裁判所能夠獲得偶爾的獎勵，但並不能通過此舉獲得更多的經濟效益。儘管宗教和政治目的是宗教裁判所迫害猶太人和新基督徒的主要原因，但那些被確定為有罪的猶太人一旦被處死,他們的財產以及被變賣的財務收益收歸當地基督教會，不少地區也通過這種方式在一夜之間發了橫財。
1492年，西班牙王室下令征服伊比利亞半島內信奉伊斯蘭教的地區和國家，收復了摩爾人在半島內的最後據點格拉那達，並於3月31日在格拉那達簽署了卡斯蒂利亞和阿拉貢聯合王國下將猶太人驅逐出以上領土的法令,給出的原因是防止猶太人對基督教信仰造成進一步的傷害。
立法者在該法令中列舉了過去十二年中為防止秘密猶太人影響以及淨化基督教信仰所採取的措施:「將猶太人分離出去居住;設立宗教裁判所;從安達盧西亞驅逐猶.....所有這些措施都失敗了，別無選擇，只能採取激烈的手段，將所有猶太人一勞永逸的從上述聯合王國的土地上驅逐出去」。
天主教君主卻並未直接使用宗教裁判所那般殘酷無情的手段，驅逐令更像是宗教脅迫的一種手段，在下達驅逐令的之前，甚至頒布了某些法律，以使皈依者得到幫助和保護，並在一段時間內免除宗教裁判所對他們的控制，以使他們有更多時間適應新的信仰。
於是出現了這樣奇特的現象:猶太拉比(Rabbi)被拘禁在家中以防止他們勸阻猶太人接受洗禮，天主教神職人員和市政議員挨家挨戶試圖說服猶太人受洗"，剩下沒有接受基督教洗禮的猶太人則是最終被驅逐的對象。
雖然政府下令以公平合理的條件處置猶太人財產，但仍然有許多敲詐勒索和詐騙的情況發生，猶太人不得不變賣財產並以歌聲表達內心的不滿:「驢子或葡萄園換一塊毛毯或棉布」。
在宗教裁判所以及驅逐令的壓迫下，大約有10至12萬猶太人離開了西班牙，他們大多數逃離到了鄰國葡萄牙,部分人則通過西班牙南部港口阿爾梅里亞出發前往北非，從東部港口瓦倫西亞和巴塞隆納出發前往義大利和土耳其，還有少數人向北逃往了納瓦爾王國(1512年併入西班牙)。
在15世紀末期西班牙猶太人大流散之前，葡萄牙的秘密猶太人甚至比西班牙有著更大的頑固性。不僅如此，有很長一段時間，他們幾乎可以不受干涉的舉行猶太教儀式。葡萄牙宮廷中也有為王室服務的猶太人或新基督徒。
雖然官方尚.未像西班牙一樣公開迫害秘密猶太人,但是大多數當地狂熱分子對秘密猶太人的仇視依舊存在，這種敵意並沒有因為他們表面上的改教而有所改變。1495年葡萄牙國王若奧二世去世之後，曼努埃爾一世繼任王位，這位國王為了獲取卡斯蒂爾公主伊莎貝拉的歡心(這位公:主和她的父母一樣仇恨和迫害猶太人)。
、開始轉變相對以往對猶太人寬容的宗教政策，限令一切沒有受洗的猶太人在10個月內離開葡萄牙，甚至拘捕和強迫14歲以下的孩子統統受洗,成年猶太人大規模撤離的場景如幾年前西班牙的那次撤離般重現。1497年10月，曼努埃爾如願與伊莎貝拉結婚。
「葡萄牙的基督教化所做出的努力和成果而頒布禁止出境法令。1499年，葡萄牙頒布一項法令禁止新基督徒未經特別許可而離開。在1506年4月里斯本發生了「屠宰新基督徒」的恐怖活動，在這次事件中，有不下2000人喪失了生命」。
在此之後，行動自由得以恢復，移民潮隨之而來，以至於在1521年再次被禁止，此後十幾年間，這種禁止移民的禁令反反覆覆被續簽或解除，目的就是防止新基督徒和猶太人通過秘密移民將財產轉移。
但是，即使他們離開葡萄牙時遇到很大的困難和阻力，部分猶太人和新基督徒寧願放棄自己的財產也要選擇逃離。他們逃離的方式是多種多樣的，或是直接偷偷逃跑，或是通過購買皇家許可證獲得出境資格，或是藉口國外有緊急的商務貿易，或是假借前往羅馬聖地朝覲(比較典型的方式)。
那些以虔誠前往羅馬朝聖為由的一些猶太人，還在某個地方成為了當地猶太教堂的支柱。王室比西班牙王室更有智慧,他們深知猶太人和新基督徒在城市和港口以及更遠的殖民地中扮演者重要的角色,猶太人的財富在國家經濟中不容小覷。因此在對待猶太人的政策上,政府更傾向於逼迫猶太人受洗，甚至為確保猶太人。