中醫重視內臟的生理功能，並重視內臟病理變化的反映，還重視內臟之間和內臟與形體各組織的聯繫。根據內臟的性質和作用分為五個髒、六個腑，又把另外的一部分稱為奇恆之府和傳化之府。
五臟是心、肝、脾、肺、腎，六腑是膽、胃、小腸、大腸、膀胱和三焦，五臟中還有心包絡，為心的外衛，也有把它獨立起來，與五臟並列，稱為六腑，惟心包絡的功能和病變總是與心臟相一致的。髒和腑俱為內臟，其區別是：五臟藏精氣而不瀉，六腑傳化物而不藏。凡具有出納轉輸、傳化水谷功能的臟器，歸屬於腑；沒有直接傳化水谷而具有貯藏精氣功能的臟器，歸屬於髒。
1.心
心生血，主藏神。為人體生命活動的主宰。心臟本身不健全，或受情志的刺激，或因病邪的侵犯，就會出現心悸、驚惕、失眠，或善忘、喜笑失常，或譫語、神識昏迷等症。心臟有了病變，不僅本身無以自主，並能影響其它臟腑的活動，使之發生紊亂。
2.肝
肝藏血，主謀慮。肝性剛強，故又有將軍的稱號，當受到精神刺激時，往往影響其正常功能而發生惱怒、頭脹等症，甚至火氣上逆而發生吐血。肝又為女子的「先天」（即有生殖機能在內的意思），故調經、種子必須重視對肝臟的治療。
3.脾
脾統血，主運化。維持生命的力量主要是營養，脾能消化水谷，把食物的精華運輸到全身，故被稱為「後天」之本。倘脾的運化能力不足，則食後作脹，因而引起肌肉消瘦，精神疲乏。脾又主運化水濕，水濕停滯的症狀，如胸悶嘔惡，大便泄瀉，肌膚浮腫，大多由於脾弱所致，因此利濕常用健脾方法。
4.肺
肺主氣，司清肅。肺氣不降，最易引起咳嗽、氣喘，在虛症的情況下，又常見少氣、言語低怯無力。肺對於心臟所主的血液循行，有調節作用，前人為了形容兩者間的密切關係，曾把心臟稱作君主，肺臟稱作相傅。
5.腎
腎藏精，主作強。腎臟對於人的精力充沛起有積極作用，腎虛則腦轉，耳鳴，目無所見，腰痛，脛痠，懈怠思臥等症均起。腎為男子的 「先天」，與女子以肝為先天的意義相同，即指生殖功能而言。故性慾衰退及滑精、精寒、早泄等症，都從腎臟治療。腎與其它內臟有一不同的特點，即腎有兩枚，左者為腎，右者為命門，腎主陰，命門主陽，故腎又有 「水火之髒」之稱。臨症上一般所稱的真陰、真陽亦即指此
6.膽
膽為清凈之腑，主決斷。膽與肝為表里，肝氣雖強，非膽不斷，肝膽相濟，勇敢乃成。人身心為 「君火」，膽與命門為 「相火」，膽火偏亢，則出現急躁易怒，頭脹、胸悶、脅痛、口苦、嘔吐苦水等症。
7.胃
胃為水谷之海，主受納。胃與脾為表里，前人雖分胃司受納，脾司消化，但胃的基本功能既能受納，亦能消化，故脾胃往往相提並論。並認為不能受納，也就談不到消化，因而又說 「納谷者昌，絕谷者亡；有胃氣則生，無胃氣則死」，把胃的功能看得非常重要。
8.小腸
小腸為受盛之腑，主化物。小腸承受胃中腐熟的水谷，進一步分別清濁，使精華歸於五臟貯藏，糟粕歸於六腑排泄，並將糟粕中的水液歸於膀胱，渣滓歸於大腸。這些都是小腸化物的工作。
9.大腸
大腸為傳導之府，主排泄。大腸接受小腸糟粕，負責輸送排泄，為整個消化過程的最後階段。由於大腸的功能是傳導糟粕，職司大便，故凡大便閉結，或泄瀉，以及痢疾和便血等，都從大腸著手，而有通導、潤澤、固澀等不同的療法。
10.膀胱
膀胱為州都之官，司氣化。膀胱為水液瀦匯之處，氣化不利，則小便癃閉；氣化不約，則遺溺、小便不禁。但膀胱的氣化與腎有關係，腎氣足則能化，腎氣虛則不能化，故治小便不利或不禁，有時應用溫腎之法。
11.三焦
三焦為決瀆之官，主行水。三焦由上焦、中焦、下焦三部分組成。它的主要作用為疏通水道，例如治停水脹滿，常用利氣來幫助行水，所謂利氣，多用疏暢三焦的藥物。
每一個髒或每一個腑都有它的主要功能，並在相互協作中進行的。故髒與髒之間有 「相主」關係，如腎為心之主，心為肺之主，肺為肝之主，肝為脾之主。主是主持的意思，即相互約制，以維平衡的作用。髒與腑之間也有 「相合」關係，如肺合大腸，心合小腸，肝合膽，脾合胃，腎合膀胱。合是配合的意思，說明以髒為體，以腑為用，配合起來以完成二者的綜合功能。髒為陰屬里，腑為陽屬表，因而這種配合也叫 「表里」。
臟腑雖然處於體內，但與形體的各組織和器官有密切聯繫，所以觀察形體各組織和器官的表現，可以測知臟腑的情況，這在診斷上具有重要意義。內臟與形體各組織、器官的關係，在臨症上比較常用的，如：肝開竅於目，其充在筋，其華在爪；心開竅於舌，其充在脈，其華在面；脾開竅於口，其充在肉，其華在唇；肺開竅於鼻，其充在皮，其華在毛；腎開竅於耳，其充在骨，其華在發。又：脾主四肢，並以關節處兩肘屬心、肺，兩腋屬肝，兩髀屬脾，兩膕屬腎，等等。
臟腑之外尚有奇恆之府，即腦、髓、骨、脈、膽、女子胞。奇恆的意義是似髒非髒，似腑非腑，形雖似腑而作用似髒；是異乎尋常的一種內臟。它們在人體中也是極其重要的部分。這些奇恆之府並不是孤立的，和臟腑都有聯繫，比如腦和心、肝有關係，又因腦和髓有關，髓又和骨有關，骨屬於腎，腦又和腎有關；女子胞即子宮屬肝，由於行經、養胎等與血有關，故又和心、脾有關了。與奇恆之府對稱的還有傳化之府，即胃、大腸、小腸、三焦、膀胱，這五個腑，在六腑中都是屬於消化系統。如上所述，全身組織都是有機的聯繫，是完整的不可分離的。
熟悉五臟功能之外，還須明白五臟的性質，這種性質好像一個人的性格，根據它的性質來調整其失卻平衡所產生的病變，可以證明是完全正確的。例如：肝的性質喜條達，心的性質喜宣明，脾的性質喜健運，肺的性質喜清肅，腎的性質喜潤下。在治療上就有一個規律：肝欲散，宜食辛以散之，肝苦急，宜食甘以緩之；心欲軟，宜食咸以軟之，心苦緩，宜食酸以收之，脾欲緩，宜食甘以緩之，脾苦濕，宜食苦以燥之；肺欲收，宜食酸以收之，肺苦氣上逆，宜食苦以泄之；腎欲堅，宜食苦以堅之，腎苦燥，宜食辛以潤之。
根據五臟生理的正常活動現象和某種反常情況結合起來，可以探測內臟的病理變化，前人對這方面曾有很多的經驗。如上所說，心藏神，多笑知其神有餘，悲哭知其神不足；肺主氣，咳嗽氣喘知其氣有餘，少氣呼吸不利知其氣不足；肝主血，易怒知其血有餘，恐怯知其血不足；脾主形，腹脹、小便不利知其形有餘，四肢不用知其形不足；腎主志，腹瀉脹滿知其志有餘，厥逆知其志不足。又如：胸腹脹滿，語聲重濁不清，知其中焦積濕；語言低微，不能接續，知其氣分極虛；言語不避親疏，衣被不自蓋覆，知其神識已亂；大便泄瀉無度，知其大腸不固；小便不禁，知其膀胱不能約束。還有如：頭為精明之府，頭垂不舉，目陷無光，知其精神極疲；背為胸中之府，背部佝僂，兩肩下垂，知其髒氣無力；腰為腎之府，腰痛不能轉側，知其腎臟已虛；膝為筋之府，關節屈伸不利，行走俯伏，知其筋腱無力；骨為髓之府，不能久立，行立振掉，知其骨弱不強。諸如此類，所謂有諸內者形乎外，故可從外部來探知其內情，在臨症上有很大幫助。