中醫認為：疾病的性質有寒熱虛實之分，疾病所犯部位有上下表里的不同，故治法亦因而異之。《靈樞·九針十二原》中言：「凡用針者，虛則實之，滿則瀉之，宛陳則除之，邪盛則虛之」。故針灸治病，要在中醫天人相應的整體觀、形神統一的生命觀、太極思維的辨證觀的指導下，以臟腑經絡理論為中心，根據病機和證候，以腧穴的功能為切入點，進行正確的配伍組方。常用的配穴方法有這幾種：
1.同經配穴法：即某一臟腑經脈發生病變時，選其臟腑經脈的腧穴配成處方。如《素問·刺熱》中：「熱病身重，骨痛，耳聾，好瞑，刺足少陰。」因為病發於少陰而為熱病，腎主骨而為生氣之源，氣傷故「身重」；腎開竅於耳，故「耳聾」；少陰病「但欲寐」，故「好瞑」。可刺足少陰經之井穴湧泉，滎穴然谷。
2.表里配穴法：即某一臟腑有病，專取與其相互表里的經脈的腧穴組成處方施術。如《素問·刺熱》云：「熱病始於臂痛，刺手陽明、太陰而汗出止。」病在上而發於陽故取手太陰之絡穴列缺，欲出汗，取手陽明之商陽。
3.前後配穴法：前，指胸腹為陰；後，指脊背腰骶為陽。本法在《內經》中被稱為偶刺法，《靈樞·官針》中言：「偶刺者，以手直心若背，直痛所，一刺前，一刺後，以治心痹」。
4.上下配穴法：本法系指人身上部腧穴與下部腧穴配伍組成處方施術。如半身不遂之證，多因經絡氣血運行受阻而致。陽明為多氣多血之經，故針灸上部手陽明大腸經之肩髃、曲池、合谷，下部足陽明胃經之足三里、解溪、沖陽諸穴，俾陽明經氣血通暢，正氣強盛，而機體功能易於恢復。
5.左右配穴法：指左側的腧穴與右側的腧穴進行配伍的方法。其應用依據有三：一是經脈循行兩側對稱，左右配穴可加強療效；二是左為陽，右為陰，雙側取穴可調節左右陰陽的功能協調，有補偏救弊之功；三是外邪侵犯經絡的不同部位，在繆刺、巨刺的原則下配穴成方。巨刺與繆刺同是左病取右，右病取左，不同點在於巨刺必刺中大經，而繆刺是只刺大絡。
6.五輸配穴法：五輸穴，是指十二經分布於肘、膝以下井、滎、輸、經、合五類腧穴的簡稱。古人把氣血在經脈中運行的情況用自然界水流動向作比喻，對經氣流注由小到大、由淺到深，注入海澤的動向，用以說明經氣在運行中所過部位的淺深不同，而具有不同的作用。
7.募俞配穴法：募穴是臟腑經氣匯集於胸腹部的腧穴，俞穴是臟腑經氣輸注於背部的腧穴，故募、俞穴與各臟腑的生理病理有密切的關係。當臟腑發生疾病時，每在俞、募穴上存有反應，表現為壓痛或敏感等，故某一臟腑有病，可以對其所屬之俞穴、募穴施術，以達到祛除疾苦的功效。
8.原絡配穴法：《靈樞·九針十二原》云：「五臟有六腑，六腑有十二原，十二原出於四關，四關主治五臟，五臟有疾，當取之十二原。」而絡穴大都位於表里經脈聯絡之處，故絡穴用於治療表里兩經有關的病證。如足太陰脾經之絡穴公孫，既可治療脾經疾病，又可治療胃經的疾病。原穴、絡穴可單獨使用，亦可相伍為用，可根據發病的先後進行配伍。如熱病之傷寒兼里熱證，為表里同病。若肺經（里）先病，大腸經（表）後病，則主以手太陰經之原穴太淵，輔以手陽明經絡穴偏歷。
9.八脈交會配伍法：八脈交會穴，是古人根據腧穴的主治要點，認為四肢部有與奇經八脈相通的八個腧穴。這八個腧穴具有主治奇經八脈病證的作用。如後溪為手太陽小腸經之腧穴，通督脈，申脈為足太陽膀胱經之腧穴，二穴合於目內眥、頸項、耳、肩膊、小腸、膀胱，上述部位及臟腑有病可先取後溪，後取申脈。
10.八會穴配伍法：八會穴是指髒、腑、氣、血、筋、脈、骨、髓等八個聚會穴。即髒會章門，腑會中脘，氣會膻中，血會膈俞，筋會陽陵泉，脈會太淵，骨會大杼，髓會絕骨。每穴可治療相關臟腑組織的病證，如髒病取章門，腑病取中脘，氣病取膻中，血病取膈俞，筋病取陽陵泉，脈病取太淵，骨病取大杼，髓病取絕骨，此為單穴應用法。亦可結合臟腑經絡辨證，伍以其他經穴配伍應用。
11.郄穴配伍法：郄穴是經脈之氣深聚部位的腧穴，十二經脈各有一個郄穴，而奇經中之陰維脈、陽維脈、陰蹺脈、陽蹺脈也各有一個郄穴，共計十六郄穴。「郄有空隙意，臨床能救急」，郄穴適用於本經循行部位及所屬臟腑經脈的急性病證。
12.下合穴配伍法：此為手足六腑經脈合於下肢的六個腧穴。胃合入於三里，大腸合入於巨虛上廉，小腸合入於巨虛下廉，三焦合入於委陽，膀胱合入於委中央，膽合入於陽陵泉。此法可單取下合穴為方施術，亦可根據臟腑經絡辨證輔以他穴，組成主輔經穴配伍法。
13.交會穴配伍法：交會穴是指兩條或兩條以上經脈交叉會合部位的腧穴。臨床上應用此類腧穴多治療本經病及所交經脈之病證，如三陰交屬足太陽脾經之穴，但又是足三陰經脈交會之腧穴，故可治脾、肝、腎經的疾病；督脈大椎穴，又是手足三陽經交會穴，故可治各種熱病；又如腹部關元穴為任脈與足三陰脈之會，故不但可治任脈經之病，尚可治足三陰經之病。
14.擇時配穴法：人體營衛的運行、經脈流注的時間節律變化確立了各臟腑的固有功能，並有著顯著的晝夜節律，又稱為人體的內源節律。子午流注便是其代表，它以井、滎、輸、經、合五輸穴配合陰陽五行為基礎，運用干支配合臟腑，干支紀年紀月紀時，以推算經氣流注盛衰開合，按時取穴治療疾病。
15.相類配穴法：它是利用經穴的共性來加強療效的配穴法。如同為手太陰肺經之中府、太淵，均有主治肺經疾患，對此組經穴施術，加強了宣肺鎮咳的功能，此種配伍又屬同經配穴法。
16.相對配穴法：是將兩種含補與瀉、升與降、散與收等不同功用性質、功能不同的經穴配伍使用。如百會伍湧泉：百會為手足三陽經與督脈交會於頭巔之穴，有開竅醒神、昇陽舉陷之功；湧泉為足少陰腎經之井穴，有蘇厥回逆、鎮驚寧神、平肝息風、育陰潛陽之功，為上病下取之意。百會主升，湧泉主降，二穴相伍，一升一降，共奏升降相因、滋腎平肝、潛陽降逆之功，故適用肝腎虧虛、肝陽上亢之眩暈（高血壓病）、失眠、健忘等。
17.相輔配穴法：以一穴為主，他穴為輔，配合應用以提高療效，即講究君、臣、佐、使組方模式的配伍方法，是臨床中常用的複式配穴方法。