肝臟是人體的重要器官，與各臟腑均有聯繫，特別是同膽、腎、脾、胃等臟腑之間的關係尤為密切。 肝和膽是臟腑表里關係。膽為六腑之一，瀉則不藏，喜潤而惡燥，內主少陽相火。
如由於某些原因，導致相火不藏或濕熱內蘊，每多從肝膽證候表現出來，出現肝膽實火或肝膽濕熱的病理變化。如情志過激，可使肝氣鬱而化火，橫逆膽腑，或郁怒傷肝，使肝氣實而鬱火內生等，都與肝膽之相火異常有關。又如濕熱邪毒客於肝臟，可致肝臟濕熱之證。
因肝屬髒，主藏，無邪之出路，所以臨床上對肝氣實、濕熱邪火內郁等肝臟疾患的治療，每多採用借膽腑之道以祛邪。所以瀉膽可以瀉肝，利膽即是疏肝。如龍膽瀉肝湯主瀉肝經濕熱，實質上是瀉膽，使濕熱通過膽從小腸以達膀胱，隨小便排出。方中柴胡、龍膽草、梔子、黃芩、木通等苦寒之藥，是瀉膽火從小腸下行（也就是吳鞠通所說的「苦通火腑」之意），再以車前子、木通、澤瀉導向膀胱，使邪有出路。
還有茵陳蒿湯、梔子柏皮湯等瀉肝膽濕熱的方劑，亦均用此法。此外，若肝火亢奮，導致心火內燔，出現心煩易怒，脈細弦數，舌赤尿黃，甚至口舌糜爛，也可採用瀉心（實則瀉其子）之法治療，以導赤散瀉心火，使邪從小腸以達膀胱，隨小便排出。 肝和腎同屬下焦，是子母關係。腎之元陽，為命門真火，可溫煦臟腑百骸，發揮「少火生氣」的作用，所謂「水生木體」也。而肝血充盛，血化為精，又可充盈腎精，所謂「肝腎同源」也。故肝陰、肝陽、腎陰、腎陽，相互滋生，相互制約。
肝腎之間，腎陰虛，可以導致肝陰虛。在病理上，肝腎一方面的不足，也導致另一方面的虛損。例如腎陰不足，肝之陰血無以濡養，可導致肝陽上亢，肝火內生的病理改變；而相火妄動，則表現為肝膽火旺，又會出現「壯火食氣」之證候，引起腎的虧虛。「肝腎同病」，就是這個道理。
因此在治療時，可採用滋腎養肝或瀉肝涼腎的方法以「肝腎同治」，即「補腎即所以補肝」，「瀉肝即所以瀉腎」。所以肝腎之間的關係，在生理上是「肝腎同源」，在病理上有「肝腎同病」，在治療上可以「肝腎同治」。了解這三點，也就掌握了肝與腎之間的關係。 肝藏血而主疏泄，內寄膽腑；脾生血而司運化，與胃相連。在生理上，肝脾相互資助，脾的健運，使血的化生有源。
脾胃的升降與肝膽的疏泄有著密切的關係，二者有「脾之升隨乎肝，胃之降隨乎膽」的說法。故土得木而疏，或土厚則木氣自榮。在病理上，肝和脾是乘侮的關係，臨床上常見為肝旺乘脾，或土壅木郁。如肝乘脾，是肝有實邪，在脾虛的情況下出現脅腹痛、便溏、不欲食等症狀，此即《金匱》所說的「見肝之病，知肝傳脾，當先實脾」的證候。
小兒疳積，出現煩躁易怒，則為土壅木郁的證候。《傷寒論》第100條說：「傷寒陽脈澀，陰脈弦，法當腹中急痛，先與小建中湯。不差者，小柴胡湯主之。」此即為土得木而疏的證治。另逍遙散的證治，則是培土而疏肝，使土厚則木氣自榮也。又如肝膽氣火上逆，導致胃氣不降，躁土（胃）氣逆，膽（肝）胃不和，症見嘔吐，或苦或酸，脘脅痛，心中疼熱，氣上衝心，治宜「泄木和胃」，方選溫膽湯、左金丸等，辛開苦降，泄木安胃。 肝、膽、脾、胃之間的關係較為複雜，病變上可以互相影響，治療上常互相兼顧。
如《傷寒論》小柴胡湯證，既有寒熱往來、胸脅苦滿的經證，又有口苦、咽干、目眩的腑證；既有心煩喜嘔的胃證，又有腹中痛的脾證。可見小柴胡湯雖然是治少陽病的方劑，其實是肝、膽、脾、胃均能照顧的祖方，也即調和肝脾、調和膽胃的祖方。再如《丹溪心法》的左金丸，治肝鬱化火，胃失和降，逆而上沖所致的噯氣吞酸，口苦，脅脹痛等症，雖然名為「左金」，實為使金氣左行而平木。因上證已從火化，故用辛以開上，苦以瀉下，也是瀉膽火。