光緒推行變法新政，引起後黨官僚極度恐慌和不安。他們為了保護自己的既得利益，拼死反對新政，挑唆慈禧太后阻撓和破壞新政改革。慈禧為了鞏固其權力和地位，從新政一開始就千方百計地削弱帝黨勢力，並控制用人權和軍權，以防不測。
四月二十七日（6月15日），即光緒發布變法詔令後的第4 天，慈禧太后迫令光緒在一天之內連下三道"上諭"：
第一個"上諭"，免去翁同龢軍機大臣、戶部尚書等職務，驅逐回籍，藉以孤立光緒。第二個「上諭」，規定新授任二品以上的官員，須到皇太后面前謝恩，以此控制用人大權，以堵塞光緒帝破格任用維新人士的渠道。第三個"上諭"，任慈禧太后的親信榮祿為直隸總督，統帥董福祥的甘軍、聶士成的武毅軍、袁世凱的新建陸軍，以控制京津和華北地區的兵權。
慈禧太后還派親信控制了京師及頤和園的警衛權。為了嚴密監視光緒帝的活動，慈禧太后在宮廷內布滿了爪牙，出入宮門的人一律受檢查。可見，新政剛開始，後黨集團就已做好了政變的準備。"布此天羅地網，視皇上已同斧底遊魂，任其跳躍，料其不能逃脫」。
光緒帝對後黨的進攻也曾予以反擊。七月十九日（9月4日），下令將阻撓禮部主事王照上書的禮部尚書懷塔布、侍郎許應驊等6名尚書、侍郎全部革職，並獎勵敢於上書言事的王照。二十日（5日），賞加維新派楊銳、劉光第、林旭、譚嗣同4人四品卿銜，在軍機處章京上行走。二十二日（7日），又下令將李鴻章等人逐出總理衙門。
頑固派更加惶駭，立山率領內務府數十人以及太監李蓮英，跪在慈禧太后腳下失聲痛哭，攻擊光緒，並懇求皇太后臨朝「訓政"，新舊兩派的鬥爭已達高潮。榮祿加緊調兵，京津地區盛傳八月間慈禧太后擬在偕光緒帝前往天津「閱兵」時發動政變，廢掉光緒。
頑固派策動政變的風聲日益緊迫，光緒帝一籌莫展。康有為急向光緒提出三策：第一，仿照日本設立參謀部，收回軍權，皇帝自為海陸軍大元帥；第二，改元為維新元年，斷髮易服，以表示變法的決心；第三，遷都上海，以擺脫後黨的包圍。
乍看起來這三策氣勢猛烈，其實是空言無補，根本無法行得通。可見，康有為一介書生，僅僅依靠一個空頭皇帝，根本沒有力量對付由頑固派的政客、軍閥等實權人物所組成的陰謀集團。
直到此時，康有為才意識到非有武力不足以解救危局。於是，他想起了曾經加入過強學會、在小站練新軍的袁世凱，認為袁世凱握有重兵，「可救上者，只此一人」。康有為自以為得計，便專折向光緒帝作了推薦。
袁世凱（1859——1916），字慰亭，別號容庵，河南項城人，出身於官僚地主家庭。早年兩次參加科舉，未能考中，一怒之下投筆從戎，投靠准軍將領吳長慶麾下，後隨軍到朝鮮。光緒十一年（1885年），受李鴻章賞識，升任駐朝鮮「總理交涉通商事宜」全權代表。
光緒二十一年，調天津小站編練新軍，擁有一支7000多人的新式武裝，屬榮祿統轄。
光緒二十四年八月一日（9月16 日），光緒帝召見袁世凱，賞以侍郎銜，專辦練兵事宜。次日再次召見，面諭袁世凱此後可「與榮祿各辦各事」，互不掣肘。詭計多端的袁世凱心向後黨，自忖「無寸功，受重賞，決不為福」，便立即去拜謁榮祿、剛毅、王文韶，旨在謀求後黨寬諒。
其實，當袁世凱進京陛見時，後黨即採取緊急防範措施調聶士成軍5000人到天津陳家溝一帶布防，切斷北京與小站之間的通道，以防不測。
光緒帝感到大難臨頭，於七月二十九日（9月14日）命楊銳帶出密詔給康有為。密詔說：「今朕位幾不保，汝康有為、楊銳、林旭、譚嗣同、劉光斂等，可妥速密籌，設法相救。朕十分焦灼，不勝企望之至。」楊銳讀後驚惶失措，竟將密詔扣壓4天後才交給林旭。
光緒帝等了幾天不見康有為復命，心急如焚。八月二日（17日），再次給康有為一密詔，交林旭帶出。密詔說，「朕今命汝督辦官報，實有不得已之苦衷，非楮墨所能罄也。汝可迅速出外不可遲延。汝一片忠愛熱腸，朕所深悉。其愛惜身體，善自調攝，將來更效助驅，共建大業，朕有厚望焉。」
三日（18日），林旭把兩道密詔一齊交給了康有為。康有為立即召集譚嗣同、梁啓超、康廣仁等在南海會館共商對策。他們讀了密詔抱頭痛哭，但誰也想不出辦法以挽救危局。最後還是決定由譚嗣同當夜密訪袁世凱，勸袁勤王，殺榮祿，除舊黨，圍頤和園，以兵劫持慈禧太后。
袁世凱當即表示對光緒帝忠誠不渝，並說："殺榮祿乃一狗耳。"並假惺惺地提出誅殺榮祿的方案。五日（20日），袁世凱趕回天津，當即向榮祿告密。榮祿大驚，遂向慈禧太后告變。慈禧太后怒氣衝天，於六日（21日）晨將光緒帝囚禁在南海瀛台，她再次臨朝「訓政」。
從此，光緒這位積極施行新政以發憤為雄、委用維新志士以革除冗官弊政、行西法以求振作的大清帝國的年輕皇帝，在極端痛苦中默默地度過了他的後半生。慈禧太后立即用光緒帝的名義發布上諭，宣布自即日起由皇太后"訓政"，並下令捉拿康有為等維新派。
康有為在英國公使館的幫助下，於五日（20日）逃至塘沽，次日乘船往香港避難。梁啓超在日本使館的幫助下，由天津乘日艦逃往日本。譚嗣同拒絕出逃，並堅決表示：「各國變法，無不從流血而成，今中國未聞有變法而流血者，此國之所以不昌也，有之，請自嗣同始。」
十三日（28日），譚嗣同、楊銳、林旭、劉光第、康廣仁、楊深秀等六人，被殺於北京菜市口，史稱「戊戌六君子」。譚嗣同臨刑不懼，面對舊黨的屠刀吟出「我自橫刀向天笑，去留肝膽兩崑崙"的慷慨悲壯的詩句。
頑固派把支持變法的張蔭桓等帝黨官僚遣戍新疆，將陳寶箴、江標等人革職永不敘用。除京師大學堂和各地新式學堂被保留外，其餘新政措施均被廢棄。接著，一切舊制也隨之復辟，變法運動宣告失敗。
這場改良運動失敗的根本原因是正在形成過程中的中國民族資產階級的力量十分單薄，遠不是封建勢力的對手。他們雖然廣泛地進行了變法維新的輿論動員，但所爭取到的有力支持者甚少，除了不掌握實權的皇帝和少數帝黨官僚外別無勢力。
改良派所宣傳的變法理論和西方的天賦人權、自由平等、開議會、行立憲以及三權分立等政治目標，只限於使人耳目一新、眼界開闊、思想解放等方面，而真正能夠接受和支持這些新事物的人則為數甚少，出現了曲高和寡的冷清局面，就連康有為也逐漸有所認識。
他在百日維新期間主動降低了調門。例如他在《日本變政記》的按語中多次強調開議會的重要性，同時卻又宣稱當時的中國只能「以君權雷厲風行」，而開國會「尚非其時也」。事實上，脫離現實，僅僅依靠少數人的政治改革，不管改革家有多麼精心的設計方案，到頭來總是難免碰壁和破產。
戊戌變法運動雖然失敗了，但是它的巨大的歷史意義卻是顯而易見的：第一，戊戌變法運動充分顯示了民族資產階級及其知識分子的政治朝氣，表達了這一新興階級的政治追求。他們在國難當頭、瓜分危機迫在眉睫的關頭挺身而出，單槍匹馬地掀起了變法圖存、維護民族獨立和發展資本主義的救國運動，反映了時代的要求、民族的意志和中國社會發展的趨勢，亦標誌著中華民族的覺醒。
第二，變法維新運動積極提倡資產階級新學，努力追求西方先進的政治制度，傳播西方的社會政治學說和科學文化，點燃了愛國、民主的火炬，喚起了近代民族意識，促進了中國人民的覺醒，也促進了資產階級革命的早日到來。